Kalkulator Biochemiczny
description
Transcript of Kalkulator Biochemiczny
Kalkulator Biochemiczny
Jak litery zmienić w liczby.ćwiczenie 2.
Co można wyczytać z sekwencji?
20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych
Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka
20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo....
Skład aminokwasów odpowiada za właściwości fizyczne białka
Aminokwasy hydrofobowe/niepolarne
A V L I P Y F W M C
Ala Val Leu Ile Pro
Tyr Phe Trp CysMet
alifatycznearomatyczne
zawierającesiarkę
Aminokwasy hydrofilowe/polarne
N Q S T K R H D E
N, Asn Q, Gln S, Ser T, Thr K, Lys
R, Arg H, HisD, Asp E, Glu
naładowane (+)
naładowane (-)
Diagram Venn’a
Specyficzne własności reszt aminokwasowych decydują o strukturze i aktywności biologicznej białek.
cechy:hydrofobowe/hydrofilowealifatycznearomatyczne, oddziaływujące warstwowo polarne-neutralnepolarne naładowane dodatnio/ujemniekwasowe, zasadoweC-β rozgałęzionemałe/dużezawierające siarkętworzące wiązania wodorowewzmacniacze/łamacze struktur
•masa
•stała dysocjacji
•współczynnik ekstyncji
•średnia objętość w strukturze natywnej
•średnia liczba cząsteczek wody
•masa
•stała dysocjacji
•współczynnik ekstyncji
•średnia objętość w strukturze natywnej
•średnia liczba cząsteczek wody
M = 71.09Vr = 67 Å3 (0.067nm3)
vr = 0.74 cm3/g
hr = 1 (mol/mol)
...w liczbach
Ala, A
His, H
M = 138.16Vr = 118 Å3 (0.118 nm3)
vr = 0.67 cm3/g
hr = 4 (mol/mol)
pKa =6.2
ε = 5860λmax = 211.nm
Proste dodawanie
masa objętość całkowita objętość właściwa stopień hydratacji
Lizozym (białko jaja kurzego)
Mw masa = 14302 Da
V objętość całkowita = 16728.9 Å3
v2 objętość właściwa = 0.704 cm3/g
hr stopień hydratacji = 270 mol/mol
>6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCEKVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
>6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCEKVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
Molowy współczynnik absorpcji
absorpcja Tyr, Trp i Cys nie różni się znacząco w różnych roztworachbiałka nie zawierają innych chromoforów w UV
(model Edelhoch’a, roztwór denaturujący:6M Gdn-HCl )
λ=280 nm εMTyr = 1280εMTrp = 5690εMCys = 180εMCys-Cys = 120
εMGdn = (NTyr) εMTyr + (NTrp) εMTrp + (NCys) εMCys
Molowy współczynnik absorpcji(Lizozym)
λ=280 nm
εMGdn = 38010 (M-1cm-1) (kalulator)
εMGdn = 37860 (M-1cm-1) (literatura)
(NTyr)=3
(NTrp)=6
(NTyr) =4
Molowy współczynnik absorpcji(Lizozym w roztworze natywnym)
λ=280 nm Prawo Beera:
AGdn=εMGdnlcMGdn
Anativ=εMlcM
l = 1cmcM = cMGdn
εM = Anativ/AGdn
εMGdn
εM = Anativ/AGdn
εMGdnεM = 38010 M-1cm-1
ε = 2.65 cm-2g-1
cM na 1OD280 = 2.6 ×10-5 Mc na 1OD280 = 0.377 gcm-3
pH punktu izoelektrycznegoi ładunek
ładunek dodatnipKai: Arg 12.48 Lys 10.53 His 6.00
ładunek ujemnypKaj: Asp 3.86 Glu 4.25 Tyr 10.07 Cys 8.33
pI = pH(net Charge =0)
Ni – suma Arg, Lys i His, Nj – suma Asp, Glu, Tyr, Cys
Krzywa miareczkowania
Lizozym:pI 9.215max ładunek dodatni: 9max ładunek ujemny: 20
Zadanie:
znaleźć sekwencję: kurzej owalbuminy (ovalbumin
chicken) BSA (bovine serum albumin)
obliczyć: masę cząsteczek pH punktu izoelektrycznego współczynnik ekstynkcji
http://www.expasy.ch/