Dane nr 7

Analiza danych w programach Analiza danych w programach bioinformatycznychbioinformatycznych

Panek PaulinaPauch JoannaPawłowska UrszulaPawłowski CyprianPryczynicz Ewa

GRUPA II

Dane nr 7numer osobnika

ojcowie

matki

waga markery

PROGRAMY

Programy użyte do analizy naszych danych:Programy użyte do analizy naszych danych: GDAGDA QTL ExpressQTL Express SASSAS EMLDEMLD GOLDGOLD PHASEPHASE

GDA

Struktura pliku wejściowego

10 loci

Allele

HIPOTEZY

Program ten sprawdza nam postawioną Program ten sprawdza nam postawioną przez nas HIPOTEZĘ:przez nas HIPOTEZĘ:

H0: dane locus jest w równowadze H-WH0: dane locus jest w równowadze H-W

H1: dane locus nie jest w równowadze H-WH1: dane locus nie jest w równowadze H-W Lmax przyjmujemy 0,01Lmax przyjmujemy 0,01 jeżeli Lmax<Lt to przyjmujemy H0jeżeli Lmax<Lt to przyjmujemy H0 jeżeli Lmax>Lt to przyjmujemy H1jeżeli Lmax>Lt to przyjmujemy H1

WYNIKI

Locus 1 jest w równowadze H-W

Locus 8 jest w równowadze H-W

Kombinacja locus 2 do locus 6 nie jest w równowadze H-W

Kombinacja locus 4 do locus 6 jest w równowadze H-W

AnalizaAnalizazaburzeńzaburzeń

Najczęściej występujące allele

Loci wzięte pod uwagę

----->Współczynnik D przyjmuje wartości

-0,25>D>0,25 --------->Jeżeli D=0 to dane

loci jest w równowadze

Wartość testu

Wartość oszacowana

odchylenie

QTL ExpressQTL Express

Half-sib Analysis

PLIKIPLIKI

Do tego programu trzeba było stworzyć Do tego programu trzeba było stworzyć 3 pliki wejściowe:3 pliki wejściowe:

- - Genotype File Genotype File

- Map File- Map File - Phenotype File - Phenotype File

Plik z wymyślonymi odległościami markerów

na chromosomie

WYNIKIWYNIKI

WYNIKIWYNIKI

Mamy 2 rodziny, ponieważ mamy 2 ojców

WYNIKIWYNIKI

Najbardziej prawdopodobna lokalizacja QTL

100cM

Wartość testu F Wartość testu LRT

WYNIKIWYNIKI

Największego skupienia QTL

należy spodziewać się

w pozycji 100cM

SASSAS

Struktura pliku wejściowego

WYNIKIWYNIKI

Możliwe są 4 haplotypy:11,12,21,22

W kombinacji loci 4 5 utworzyły się następujące haplotpypy 11, 21, 22

W count mamy podana ich liczebność

a w percent ich procentową frekwencję

WYNIKIWYNIKIrekombinowane

nierekombinowane

rekombinacje

EMLDPlik wejściowy – rozszerzenie .dat

55 10Liczba osobnikówLiczba markerów

Poszczególne allele

Liczba porządkowa osobników (1-55)

HapFreq plik wynikowy1 2 3

1 – markery

2 – sprzężenia pomiędzy poszczególnymi markerami

3 – wielkość próby (ilość osobników)

Plik wynikowy - LD

Wartości nierównowagi sprzężeń pomiędzy markerami

Statystyka DStatystyka D

Markery w największej nierównowadze sprzężeń

Markery będące najbliżej równowagi sprzężeń

GOLD- DGOLD- D

Statystyka D’Statystyka D’

Nierównowaga sprzężeń

Nierównowaga sprzężeń

Najbliżej równowagi sprzężeń

GOLD – D’GOLD – D’

Statystyka r2

Markery najbliżej równowagi sprzężeń

Markery w pełnej nierównowadze sprzężeń

GOLD – rGOLD – r22

PHASEPHASEIle osobnikówIle markerówS- Snipy

Przekonwertowane dane:11 112, 21 H22 2

PHASE – uruchomienie z wiersza poleceń

-n : nie został podane numery osobników

-f2 : zaznaczamy, że chcemy pracować na pliku, który wcześniej przekonwertowaliśmy1 1112, 21 H22 2

100 : ile powtórzeń ma program wykonać

Pliki wynikowe :

Plik o rozszerzeniu .out_freqs : - zawarte w nim są frekwencje haplotypów

dla całej populacji, oraz podana jest częstość ich występowania dla całej populacji.

Plik o rozszerzeniu .out_pairs : - podanie w nim są haplotypy, których

wystąpienie jest możliwe u danego osobnika.

.out_freqs

1. Ile programutworzył haplotypów dla danej populacji

2. Jakie to haplotypy

3. Frekwencje poszczególnych haplotypów.

4. Błąd, jaki program wykonał podczas obliczania.

1 432

.out_pairs.out_pairs

Numery Numery osobnikówosobników

Dziękujemy za uwagęDziękujemy za uwagę