Kalkulator Biochemiczny

Jak litery zmienić w liczby.ćwiczenie 2.

Co można wyczytać z sekwencji?

20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych

Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka

20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo....

Skład aminokwasów odpowiada za właściwości fizyczne białka

Aminokwasy hydrofobowe/niepolarne

A V L I P Y F W M C

Ala Val Leu Ile Pro

Tyr Phe Trp CysMet

alifatycznearomatyczne

zawierającesiarkę

Aminokwasy hydrofilowe/polarne

N Q S T K R H D E

N, Asn Q, Gln S, Ser T, Thr K, Lys

R, Arg H, HisD, Asp E, Glu

naładowane (+)

naładowane (-)

Diagram Venn’a

Specyficzne własności reszt aminokwasowych decydują o strukturze i aktywności biologicznej białek.

cechy:hydrofobowe/hydrofilowealifatycznearomatyczne, oddziaływujące warstwowo polarne-neutralnepolarne naładowane dodatnio/ujemniekwasowe, zasadoweC-β rozgałęzionemałe/dużezawierające siarkętworzące wiązania wodorowewzmacniacze/łamacze struktur

•masa

•stała dysocjacji

•współczynnik ekstyncji

•średnia objętość w strukturze natywnej

•średnia liczba cząsteczek wody

•masa

•stała dysocjacji

•współczynnik ekstyncji

•średnia objętość w strukturze natywnej

•średnia liczba cząsteczek wody

M = 71.09Vr = 67 Å3 (0.067nm3)

vr = 0.74 cm3/g

hr = 1 (mol/mol)

...w liczbach

Ala, A

His, H

M = 138.16Vr = 118 Å3 (0.118 nm3)

vr = 0.67 cm3/g

hr = 4 (mol/mol)

pKa =6.2

ε = 5860λmax = 211.nm

Proste dodawanie

masa objętość całkowita objętość właściwa stopień hydratacji

Lizozym (białko jaja kurzego)

Mw masa = 14302 Da

V objętość całkowita = 16728.9 Å3

v2 objętość właściwa = 0.704 cm3/g

hr stopień hydratacji = 270 mol/mol

>6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCEKVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

>6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCEKVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

Molowy współczynnik absorpcji

absorpcja Tyr, Trp i Cys nie różni się znacząco w różnych roztworachbiałka nie zawierają innych chromoforów w UV

(model Edelhoch’a, roztwór denaturujący:6M Gdn-HCl )

λ=280 nm εMTyr = 1280εMTrp = 5690εMCys = 180εMCys-Cys = 120

εMGdn = (NTyr) εMTyr + (NTrp) εMTrp + (NCys) εMCys

Molowy współczynnik absorpcji(Lizozym)

λ=280 nm

εMGdn = 38010 (M-1cm-1) (kalulator)

εMGdn = 37860 (M-1cm-1) (literatura)

(NTyr)=3

(NTrp)=6

(NTyr) =4

Molowy współczynnik absorpcji(Lizozym w roztworze natywnym)

λ=280 nm Prawo Beera:

AGdn=εMGdnlcMGdn

Anativ=εMlcM

l = 1cmcM = cMGdn

εM = Anativ/AGdn

εMGdn

εM = Anativ/AGdn

εMGdnεM = 38010 M-1cm-1

ε = 2.65 cm-2g-1

cM na 1OD280 = 2.6 ×10-5 Mc na 1OD280 = 0.377 gcm-3

pH punktu izoelektrycznegoi ładunek

ładunek dodatnipKai: Arg 12.48 Lys 10.53 His 6.00

ładunek ujemnypKaj: Asp 3.86 Glu 4.25 Tyr 10.07 Cys 8.33

pI = pH(net Charge =0)

Ni – suma Arg, Lys i His, Nj – suma Asp, Glu, Tyr, Cys

Krzywa miareczkowania

Lizozym:pI 9.215max ładunek dodatni: 9max ładunek ujemny: 20

Zadanie:

znaleźć sekwencję: kurzej owalbuminy (ovalbumin

chicken) BSA (bovine serum albumin)

obliczyć: masę cząsteczek pH punktu izoelektrycznego współczynnik ekstynkcji

http://www.expasy.ch/