HOMOLOGIA – cecha zero-jedynkowa Dwa geny (białka) o wspólnym pochodzeniu, wysokim podobieństwie i wspólnej funkcji. Jak bardzo dwa homologiczne geny/białka są podobne? Ogólna zasada: (dla sekwencji o długości > 100 aa lub nt) białko-białko >25% DNA-DNA >70% Poniżej tych wartości nic nie jest pewne. Np. dwa białka o podobieństwie sekwencji aminokwasowej wynoszącej 15% mogą mieć identyczną strukturę 3-rzędową. Podobieństwo sekwencji aminokwasowej dwóch białek ≠ identyczność dwóch sekwencji aminokwasowych

http://avery.rutgers.edu/WSSP/StudentScholars/WSSP08/DotPlotter/DotPlotPractice.swf

DotPlotter wielkość okna = 1

DotPlotter wielkość okna = 10

G A A T T C A G T T A

G G A T C G A

Dopasowanie = 2 Niedopasowanie = -1 Kara za przerwę = -2

Dopasowanie = 1 Niedopasowanie = -3 Kara za przerwę = -4

Macierz substytucji – dwuwymiarowa macierz zawierająca wartości

prawdopodobieństwa zamiany jednej reszty aminokwasowej lub

nukleotydowej na inną w trakcie ewolucji sekwencji

A T C G

A 2 -1 -1 -1

T -1 2 -1 -1

C -1 -1 2 -1

G -1 -1 -1 2

E-value – Oczekiwana liczba przypadkowych dopasowań

z punktacją większą niż obserwowana

Bit score - znormalizowana punktacja uwzględniająca warunki

jego naliczania i przyjęte systemy punktacji

Score – ogólna wartość dopasowania