HOMOLOGIA – cecha zero-jedynkowa Dwa geny (białka) o wspólnym pochodzeniu, wysokim podobieństwie i wspólnej funkcji. Jak bardzo dwa homologiczne geny/białka są podobne? Ogólna zasada: (dla sekwencji o długości > 100 aa lub nt) białko-białko >25% DNA-DNA >70% Poniżej tych wartości nic nie jest pewne. Np. dwa białka o podobieństwie sekwencji aminokwasowej wynoszącej 15% mogą mieć identyczną strukturę 3-rzędową. Podobieństwo sekwencji aminokwasowej dwóch białek ≠ identyczność dwóch sekwencji aminokwasowych
http://avery.rutgers.edu/WSSP/StudentScholars/WSSP08/DotPlotter/DotPlotPractice.swf
DotPlotter wielkość okna = 1
DotPlotter wielkość okna = 10
G A A T T C A G T T A
G G A T C G A
Dopasowanie = 2 Niedopasowanie = -1 Kara za przerwę = -2
Dopasowanie = 1 Niedopasowanie = -3 Kara za przerwę = -4
Macierz substytucji – dwuwymiarowa macierz zawierająca wartości
prawdopodobieństwa zamiany jednej reszty aminokwasowej lub
nukleotydowej na inną w trakcie ewolucji sekwencji
A T C G
A 2 -1 -1 -1
T -1 2 -1 -1
C -1 -1 2 -1
G -1 -1 -1 2
E-value – Oczekiwana liczba przypadkowych dopasowań
z punktacją większą niż obserwowana
Bit score - znormalizowana punktacja uwzględniająca warunki
jego naliczania i przyjęte systemy punktacji
Score – ogólna wartość dopasowania
Top Related