AFLP

Polimorfizm długości amplifikowanych fragmentów

Justyna Wieczorek

Piotr Szumiło

Filip Poszumski

Charakterystyka AFLP

• Polimorfizm długości amplifikowanych fragmentów (AFLP) jest metodą umożliwiającą fingerprinting DNA, która łączy zalety PCR i RFLP.

• Wymaga bardzo małej ilości wyjściowego DNA i polega na badaniu obecności lub braku amplifikacji specyficznych fragmentów restrykcyjnych, podczas gdy w metodzie RFLP porównujemy długość specyficznych fragmentów restrykcyjnych.

• Łączy trawienie enzymami restrykcyjnymi z reakcją PCR.

Przebieg metody

1. Pierwszy etap AFLP polega na trawieniu oczyszczonego DNA dwoma enzymami restrykcyjnymi

2. Nastepnie do otrzymanych fragmentów przyłączane są adaptory o długości 20-30 nukleotydów

3. Po ligacji adaptorów prowadzona jest reakcja preamplifikacji. Przyłączają się startery preselekcyjne, komplementarne do adaptora, miejsca restrykcyjnego, oraz posiadające na końcu 3’ jeden nuleotyd selektywny

4. Po amplifikacji niespecyficznej przeprowadza się amplifikację specyficzną – startery posiadają 2-4 specyficzne nukleotydy

5. Rozdział produktu następuje na żelu poliakrylamidowym. Detekcja prążków odbywa się przez barwienie srebrem bądź autoradiograficznie, jeśli wcześniej użyto znakowane radioaktywnie adaptory

Schemat metody

Odczytywanie wyników

Zalety i wady metody

• Do zalet należy zaliczyć możliwość analizy wielu segregujących loci na jednym autoradiogramie. Ze względu na dużą rozdzielczość i wiarygodność, AFLP jest wykorzystywany do identyfikacji odmian hodowlanych.

• Zaletą jest również krótki czas analiz

• Duże doświadczenie i umiejętność analizy wyników można zaliczyć do wad metody.

Bibliografia

• Biotechnologia roślin pod red. Stefana Malepszego, PWN 2001

• Przykładay analiz DNA pod red. Ryszarda Słomskiego,

AR w Poznaniu 2004

• www.racjonalista.pl