CV DESTINATO AI FINT DELTA PUBBTICAZIONE

Teresa Colombo - Curriculum vitae et studiorum

itolo di studioffiliazione riltuto p.t t. Applicazioni del Calcolo "Mauro Picone" - Consiglio Nazionale delle

icerche (IAC-CNR)ia Dei Taurini 19 00185- RomaJta

ISTRIJZIONE:

lO710212011l Dottorato di Ricerca in Biologia Umana e Genetica - Dipartimento di Biotecnologie

Cellulari ed Ematologia - Università "La Sapienza" di RomaTitolo della Tesi:Analisi integrata di profili di espressione di miRNA e mRNA in Leucemie (Leucemia

Linfoblastica Acuta e Cronica)Relatore : Professor Giuseppe Macino

l)gI2OOT) Master of Philosophy - Centro di Genomica e Biologia dei Sistemi - New York University

Argomento generale delle 3 esperienze di ricerca svolte:Aspetti Sperimentali e Computazionali della

biologia dei microRNA in piante e nematodiRelatori:Primo Trimestre di Laboratorio: Professor Nikolaus Rajewsky (Matematica e Biologia dei Sistemi)

Secondo Trimestre di Laboratorio: Professor Gloria Coruzzi (Reti e Genomica delle Piante)

Terzo Trimestre di Laboratorio: Professor Fabio Piano (Biologia dei Sistemi di Animali Modello)

lO7l10l2}O3l Master di II tivello (1 10/l 10 con lode) - Dipartimento di Scienze Biochimiche -

Università "La Sapienza" diRomaTitolo della Tesi: Nuove annotazioni funzionali alla banca dati SUMACE dalla banca dati SwissProt.

Relatore: Professoressa Manuela Helmer-Citterich - Centro di Bioinformatica Molecolare - Università

"Tor Vergata" di Roma

l25llol2\02l Laura in Scienze Biologiche (110/110 con lode), Università "La Sapienza" di Roma

Titolo della Tesi: Approcci molecolari allo studio di mutanti di IRNA mitocondriali del lievito

S,cerevisiae.Relatore: Dr.ssa Silvia Francisci

ESPERIENZE PROFESSIONALI :

l}ll2Ol4-O3l2OI4) Contratto di collaboratore per attività didattica [4 CFU] - Dipartimento di

Biochimica, Università "La Sapienza" di Roma

lO4l20l3-ad oggi]Assegno di Ricerca - Istituto per le Applicazioni del Calcolo "M. Picone" - Consiglio

Nazionale delle Ricerche diRomaLtzl2}lz-Oll2}l3) Incarico di Collabor azione - Istituto per le Appli cazioni del Calcolo "M. Picone" -

Consiglio Nazionale delle Ricerche di Roma

[11/2010-10lz}l}1Assegno di Ricerca - Dipartimento di Biotecnologie Cellulari ed Ematologia -

Università "La Sapienza" di Roma

l}g12006-09l2}07l Contratto per attività di Ricerca -'Max-Delbruck Center for Molecular Medicine'-

I di4Roma, 2610lll5

Berlin-Buch (Cermany)

I l/2003-0812004) Tirocinio formativo - Centro di Bioinformatica Molecolare - Università "TorVergata" di Roma

CONOSCENZE INFORMATICHE :

Programmazione: R, Perl, UNIX shell scripting, SQLAnnotazione e analisi di dati di espressione massivi: R/Bioconductor, samtools,

B owt i e/Top HatlCu ffI- in ksVisualizzazione dei Dati: Cytoscape, pathVisio, yEdPacchetti di produttività: TEX (LaTEX, BibTEX), Vim, I pacchetti più comuni per le piattaforme

Windows, OS X, and Linux (LibreOffice, Office)Sistemi Operativi: Linux (Ubuntu, CentOS), Microsoft Windows, Mac OS X

LEZIONI E SEMINARI:[Gennario-Marzo 2014, aa.201312014] Tutor per il corso di "Bioinformatica" del corso di Laurea

Magistrale in Ingegneria Biomedica - Facoltà di Ingegneria Civile e Industriale, Università "LaSapienza" di RomaTitolari del Corso: Prof Lorenzo Farina e Dr Paola Paci

[Gennario-M arzo 201,4, aa. 201312014] Titolare del Corso di "struttura, Regolazione e Funzione del

Genoma" per il Master in "Bioinformatica: applicazioni biomediche e farmaceutiche" - Dipartimento di

Biochimica, Università "La Sapienza" di Roma

fGennario-M arzo 2012, aa. 201112012) Tutor per il corso di "struttura, Regolazione e Funzione del

Genoma" per il Master in "Bioinformatica: applicazioni biomediche e farmaceutiche" - Dipartimento di

Biochimica, Università "La Sapienza" di RomaTitolare del Corso: Professor Giuseppe Macino

l23l\2l2ol2, O2l03l20l2l Due lezioni su: "Metodi sperimentali per la trascrittomica massiva e metodi

computazionali per i dati così prodotti"PRESSO: Università'Campus BioMedico' - Roma

127 I 0212012l Seminario : "Epigenetica"PRESSO: Corso di Biochimica - Corso di Laurea in Fisica - Università "La Sapienza" di Roma

Titolare del Corso: Professoressa Allegra Via

[05 1 1 4 12009, 05 127 120 1 0, 05 1 19 1 20 1 1 ] Seminario : "Bioinformatica Medica"PRESSO: Corso di Genetica e Biologia I - Corso di Laurea in Medicina - Università "La Sapienza" di

RomaTitolare del Corso: Professoressa Raffaella Elli

fGennario-M arzo 2OlO, aa 200912010] Tutor per il corso di "struttura, Funzione e Regolazione del

Genoma" per il Master in "Bioinformatica: applicazioni biomediche e farmaceutiche" - Dipartimento di

Biochimica, Università "La Sapienza" di RomaTitolare del Corso: Professor Giuseppe Macino

2di4Roma, 2610ll15

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[II semestre 2004,II semestre 2005,I semestre 2005] Tutor per il laboratorio del corso di Principi diBiologia I e II - Corso di Laurea in Medicina - New York UniversityTitolari del Corso: Professori Richard L. Borowsky e David A Scicchitano

FREOUENZA DI CORSI DI FORMAZIONE DI ALTO LIVELLO:[15- 16 Lug. 2011] CAMDA 20lI Yahiazione critica dell'analisi di dati massivi - Menna, Austria

U0-12 Nov.201ll Metodi Statisticiper I'analisidi mRNA-Seq e ChIP-seq usando Bioconductor -Valencia, Spagna

! 6- 18 Sett. 2009l Next Generation Sequencing Workshop - Bari, Italia115-20 Giu. 2008lAspetti Statistici e Computazionali dell'Analisi didati diMicroarray (CSAMA0S)Bressanone, Italia14-12 Apr.20081 Introduzione alla Statistica Bayesiana usando R e WinBUGS - Rome, Italia[28-30 Apr. 2008] Statistica Multivariata con R - Rome, Italia[2-8 Nov. 2005] Genomica Computazionale e Comparativa, Cold Spring Harbor, USA

PUBBLICAZIONI SCIENTIFICHE :

LAVORI ACCETTATI PER PUBBLICAZIONE:1. [Accettato per pubblicazione in Genes Chromosomes Cancer) Simona Tàvolaro*, Teresa Colombo*,

Sabina Chiaretti, Nadia Peragine, Valerio Fulci, Maria R. Ricciardi, Monica Messina, SilviaBonina, Fulvia Brugnoletti, Marilisa Marinelli, Valeria Di Maio, Francesca R. Mauro, Ilaria DelGiudice, Giuseppe Macino, Robin Foà, and Anna Guarini. 'Increased Chronic LymphocyticLeukemia Proliferation Upon IgM Stimulation is Sustained by the Upregulation of miR-132 and miR-212', Genes Chromosomes Cancer. (* uguale contributo degli autori).

2. [Accettato per pubblicazione in Current Bioinformatics] Giulia Fiscon, Paola Paci, T. C. & Iannello, G.,'A New Procedure to Analyze RNA Non-Branching Structures', Current Bioinformatics.

LAVORI PUBBLICATI:

2.

J.

Carissimi, C.; Carucci, N.; Colombo, T.; Piconese, S.; Azzalin, G.; Cipolletta, E; Citarella, F.; Barnaba,

V.; Macino, G. & Fulci, V. (2014), 'miR-21 is a negative modulator of T:cell activation.', Biochimie.Paci, P.; Colombo, T. & Farina, L. (2014), 'Computational analysis identifies a sponge interactionnetwork between long non-coding RNAs and messenger RNAs in human breast cancer.', BMC Syst Biol8,83.Krell, J.; Frampton, A. E.; Mirnezami, R.; Harding, V.; Giorgio, A. D.;Alonso, L. R.; Cohen, P.;

Ottaviani, S.; Colombo, T.; Jacob, J.; Pellegrino, L.; Buchanan, G.; Stebbing, J. & Castellano,L. (2014),'Growth Arrest-Specific Transcript 5 Associated snoRNA Levels Are Related to p53 Expression andDNA Damage in Colorectal Cancer.', PLoS One 9(6), e98561.Pedace, L.; Cozzolino, A. M.; Barboni, L.; Bernardo, C. D.; Grammatico, P.; Simone, P. D.; Buccini, P.;

Ferrari, A.; Catricalà, C.; Colombo, T.; Donati, P. & Morrone, A. (2014) 'A novel variant in the 3'

untranslated region of the CDK4 gene: interference with microRNA target sites and role in increasedrisk of cutaneous melanoma.', Cencer Genet, 207, 168-169Frampton, A. E.; Castellano, L.; Colombo, T.; Giovannetti, E.; Krell, J.; Jacob, J.; Pellegrino, L.; Roca-

3di4

1.

4.

5.

Roma.26101115

-r},r*e Gl',**'b

Alonso, L.; Funel, N.; Gall, T. M. H.; Giorgio, A. D.; Pinho, F. G.; Fulci, V.; Britton, D. J.;Ahmad, R.;Habib, N. A.; Coombes, R. C.; Harding, V.;KnÒsel, T.; Stebbing, J. & Jiao, L. R. (2014),'MicroRNAscooperatively inhibit a network of tumor suppressor genes to promote pancreatic tumor growth andprogression.', G as tro e nt ero I o gy 146(l), 268-7 1 .e 1 8.

6. Paolo Tieri, Vinca Prana, T. C. D. S. & Castiglione, F. (2014), Multi-scale Simulation of T HelperLymphocyte Differentiation, lzu Sérgio Campos, ed,, 'Advances in Bioinformatics and ComputationalBiology', pp.123-134.

1. Sturchio, E.; Colombo, T.; Boccia, P.; Carucci, N.; Meconi, C.; Minoia, C. & Macino, G. (2014),'Arsenic exposure triggers a shift in microRNA expression.', Sci Total Environ 472,672-680.

8. Castiglione, F.; Tieri, P.; Graaf, A. D.; Franceschi, C.; Liò, P.; Ommen, B.Y.;Mazzàt, C.; Tuchel, A.;Bernaschi, M.; Samson, C.; Colombo, T.; Castellani, G. C.; Capri, M.; Garagnani, P.; Salvioli, S.;

Nguyen, V. A.; Bobeldijk-Pastorova, I.; Krishnan, S.; Cappozzo, A.; Sacchetti, M.; Morettini, M. &Ernst, M. (2013), 'The onset of type 2 diabetes: proposal for a multi-scale model.', JMIR Res Protoc2(2), e44.

9. Krell, J.; Frampton, A. E.; Colombo, T.; Gall, T. M. H.; Giorgio, A. D.; Harding, V.l Stebbing, J. &Castellano, L. (2013), 'The p53 miRNA interactome and its potential role in the cancer clinic.',Epi genomic s 5(4), 417 --428.

10. Sturchio, E.; Colombo, T.; Carucci, N.; Meconi, C.; Boccia, P. & Macino, G. (2012), '[Molecularbiomarkers in workers and population exposed to inorganic arsenic: preliminary study in vitrof.', G ltalMed Lav Ergon 34(3 Suppl), 678-481.

1 1. Fulci, V.; Scappucci, G.; Sebastiani, G. D.; Gianniui, C.; Franceschini, D.; Meloni, F.; Colombo, T.;

Citarella, F.; Barnaba, V.; Minisola , G .; Galeazzi, M. & Macino, G. (20 I 0), 'miR-223 is overexpressed inT:lymphocy,tes of patients affected by rheumatoid arlhritis.', Hum Immunol Tl(2),206--211.

12. Fulci, V*; Colombo, T.*i Chiaretti, S.* ; Messina, M.; Citarella, F.; Tavolaro, S.; Guarini, A.; Foà, R. &Macino, G. (2009), 'Characterization of B- and T-lineage acute lymplioblastic leukemia by integratedanalysis of MicroRNA and mRNA expression profiles,', Genes Chromosomes Cancer 48(12), 1069-1082. 1- uguale contributo degli autori).

13. Magrelli, A.; Azzalin G.; Salvatore, M.; Viganotti, M.; Tosto, F.; Colombo, T.; Devito, R.; Masi, A. D.;Antoccia, A.; Lorenzetti, S.; Maranghi, F.; Mantovani, A.; Tanzarella, C.; Macino, G. & Tàruscio, D.(2009),'Altered microRNA Expression Pattems in Hepatoblastoma Patients.', Transl Oncol 2(3), 157 --163.

14. Stoeckius, M.;Maaskola, J.; Colombo, T.;Rahn, H.-P.; Friedl2inder, M. R.;Li, N.; Chen, W;Piano, F. &Rajewsky, N. (2009), 'Large-scale sorling of C. elegans embryos reveals the dynamics of small RNAexpression.', l{qt Methods 6(10), 7 45-'7 5 1.

15. Ma, A.; Peluso, D.; Gherardini, P. F.; de Rinaldis, E.; Colombo, T.;Ausiello, G. & Helmer-Citterich, M.(2007),'3dLOGO: a web server for the identification, analysis and use of conserved proteinsubstructures.', Nucleic Acids Res 35(Web Server issue), W416-W419.

16. Lall, S.; Grùn, D.; Krek, A.; Chen, K.; Wang, Y.-L.; Dewey, C.N.; Sood, P.; Colombo, T.; Bray, N.;Macmenamin, P.; Kao, H.-L.; Gunsalus, K. C.; Pachter, L.; Piano, F. & Rajewsky, N. (2006), 'A genome-wide map of conserved microRNA targets in C. elegans .' , Curr Biol 16(5), 460--471 .

Roma,26101l15 4di4