Kolekcja szczepów bakteryjnychKolekcja szczepów bakteryjnychNarodowego Instytutu LekówNarodowego Instytutu Leków

(d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego)(d. Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego)

w Warszawiew Warszawie

Janusz FiettJanusz Fiett

Kolekcja założona w roku 1995 wKolekcja założona w roku 1995 wCentralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek

kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz kierowanym przez prof. Walerię Hryniewicz stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków) stanowiącym (po połączeniu z Instytutem Leków)

część NIZP, a następnie NIL, w postaci: część NIZP, a następnie NIL, w postaci:

Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych Zakładu Profilaktyki Zakażeń i Zakażeń Szpitalnych

Zakładu Mikrobiologii MolekularnejZakładu Mikrobiologii Molekularneji Samodzielnej Pracowni Wirusologii i Samodzielnej Pracowni Wirusologii

Zespół prowadzi również dwaZespół prowadzi również dwaKrajowe Ośrodki ReferencyjneKrajowe Ośrodki Referencyjne

Kolekcja przez wiele lat finansowana ze Kolekcja przez wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzenie Badawcze Specjalne Urządzenie Badawcze

„MIKROBANK” i „MIKROBANK-2”„MIKROBANK” i „MIKROBANK-2”

Znaczenie kolekcjiZnaczenie kolekcjiKolekcja jest unikatowym zbiorem tego typuKolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu

nie tylko w skali kraju, ale i regionu nie tylko w skali kraju, ale i regionu Centralnej i Wschodniej Europy. Centralnej i Wschodniej Europy.

Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzonaJest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzona na tym obszarze, w której znaczna część szczepówna tym obszarze, w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem opornościjest scharakteryzowana pod względem oporności

na antybiotyki i chemioterapeutyki, a takżena antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnejzbadana metodami biologii molekularnej

pod względem wzajemnego pokrewieństwa, pod względem wzajemnego pokrewieństwa, posiadanych mechanizmów zjadliwościposiadanych mechanizmów zjadliwości

i oporności na leki i oporności na leki

Charakterystyka kolekcjiCharakterystyka kolekcjiKolekcja liczy ponad 34000 izolatów:Kolekcja liczy ponad 34000 izolatów:

międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, międzynarodowe szczepy referencyjne (np. do kontroli podłoży, antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych)antybiogramów, mechanizmów oporności, cech biologicznych)

własne szczepy referencyjnewłasne szczepy referencyjne szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych szczepy pozyskiwane w ramach krajowych i międzynarodowych

programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. programów monitorowania tzw. drobnoustrojów alarmowych tj. szczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznegoszczególnie niebezpiecznych dla zdrowia publicznego

szczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnychszczepy izolowane z epidemii szpitalnych i pozaszpitalnych szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu szczepy z zakażeń bakteryjnych podlegających obowiązkowemu

zgłaszaniuzgłaszaniu szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów szczepy scharakteryzowane genetycznie w ramach programów

naukowych naukowych a także szczepy wytworzone na drodze manipulacji a także szczepy wytworzone na drodze manipulacji

genetycznychgenetycznych

Bezpieczeństwo kolekcjiBezpieczeństwo kolekcji

Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez:Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnić poprzez: utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70utrzymywanie kolekcji w głębokim zamrożeniu (-70ooC)C) bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach bankowanie szczepów w 2, a w części w 4 powtórzeniach

(każde w innej zamrażarce)(każde w innej zamrażarce) liofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszychliofilizację szczepów najwrażliwszych i najcenniejszych klimatyzację pomieszczenia zamrażarekklimatyzację pomieszczenia zamrażarek wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez

rozprężanie COrozprężanie CO22

monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy monitorowanie zasilania, temperatury pomieszczenia oraz pracy zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający zamrażarek przez system alarmowy powiadamiający pracowników o awariipracowników o awarii

Schemat postępowania z izolatamiSchemat postępowania z izolatami

Wobec przychodzącego materiału:Wobec przychodzącego materiału: sprawdzana jest czystość mikrobiologicznasprawdzana jest czystość mikrobiologiczna często potwierdzana jest przynależność gatunkowaczęsto potwierdzana jest przynależność gatunkowa czyniony jest wpis do książki laboratoryjnejczyniony jest wpis do książki laboratoryjnej szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy szczep jest bankowany i wprowadzany do bazy

danych kolekcjidanych kolekcji określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub

poprzez określenie MIC)poprzez określenie MIC) ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka ewentualnie prowadzona jest dalsza charakterystyka

(metodami serologicznymi oraz z wykorzystaniem (metodami serologicznymi oraz z wykorzystaniem analizy DNA (PCR, RT PCR, sekwencjonowanie, analizy DNA (PCR, RT PCR, sekwencjonowanie, RFLP, hybrydyzacja) polegająca na:RFLP, hybrydyzacja) polegająca na:

ustalaniu relacji miedzy izolatami – typowanieustalaniu relacji miedzy izolatami – typowanie określaniu obecności poszczególnych mechanizmów określaniu obecności poszczególnych mechanizmów oporności na antybiotyki, wirulencji itpoporności na antybiotyki, wirulencji itp

ProblemyProblemy

problemy z infrastrukturą informatycznąproblemy z infrastrukturą informatyczną

pogorszenie dostępu do danych za pogorszenie dostępu do danych za pośrednictwem strony GBIF (?!); pośrednictwem strony GBIF (?!); dostarczone dane o szczepach są nadal dostarczone dane o szczepach są nadal „okrojone”„okrojone”

opóźnienia w indeksowaniu przez GBIF opóźnienia w indeksowaniu przez GBIF wprowadzonych rekordówwprowadzonych rekordów

Sukcesy i osiągnięciaSukcesy i osiągnięcia

kolekcja istnieje już 13 latkolekcja istnieje już 13 latstopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać za satysfakcjonującysatysfakcjonującypracownicy zespołu prowadzą pracownicy zespołu prowadzą Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych

Zakażeń Ośrodkowego Układu NerwowegoZakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Lekowrażliwości

DrobnoustrojówDrobnoustrojów współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności współtworzymy Ogólnopolską Siecią Monitorowania Oporności Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Drobnoustrojów oraz Optymalizacji Profilaktyki i Terapii Zakażeń (OPTY) Zakażeń (OPTY) współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce współpracujemy z Ośrodkiem Badania Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz Mikrobiologicznej (udostępnianie szczepów z kolekcji oraz konsultacje na potrzeby przeglądów)konsultacje na potrzeby przeglądów)prowadzimy Narodowy Program Ochrony Antybiotykówprowadzimy Narodowy Program Ochrony Antybiotyków

Molecular surveillance of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by multiple-locus variable number tandem repeat fingerprinting (formerly multiple-locus variable number tandem repeat analysis) and spa typing in a hierarchic approach.Karynski M, Sabat AJ, Empel J, Hryniewicz W.Diagn Microbiol Infect Dis. 2008 Nov;62(3):255-62.

Countrywide molecular survey of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains in Poland.Łuczak-Kadłubowska A, Sulikowska A, Empel J, Piasecka A, Orczykowska M, Kozinska A, Hryniewicz W.J Clin Microbiol. 2008 Sep;46(9):2930-7.

Molecular survey of beta-lactamases conferring resistance to newer beta-lactams in Enterobacteriaceae isolates from Polish hospitals.Empel J, Baraniak A, Literacka E, Mrówka A, Fiett J, Sadowy E, Hryniewicz W, Gniadkowski M; Beta-PL Study Group.Antimicrob Agents Chemother. 2008 Jul;52(7):2449-54.

Highly variable penicillin resistance determinants PBP 2x, PBP 2b, and PBP 1a in isolates of two Streptococcus pneumoniae clonal groups, Poland 23F-16 and Poland 6B-20.Izdebski R, Rutschmann J, Fiett J, Sadowy E, Gniadkowski M, Hryniewicz W, Hakenbeck R.Antimicrob Agents Chemother. 2008 Mar;52(3):1021-7.

Wybrane istotne publikacje w roku

2008

Współpraca z KSIB/GBIFWspółpraca z KSIB/GBIF

w bazie zewnętrznej, z której dane w bazie zewnętrznej, z której dane udostępniane są za pośrednictwem GBIF udostępniane są za pośrednictwem GBIF umieszczono informacje o ponad 5000 umieszczono informacje o ponad 5000 izolatach bakteryjnych (w tym roku izolatach bakteryjnych (w tym roku przygotowano ponad 1000 rekordów)przygotowano ponad 1000 rekordów)

dostępne (indeksowane) są 2483 (?!)dostępne (indeksowane) są 2483 (?!)

Sprawy informatyczno - Sprawy informatyczno - bioróżnorodnościowebioróżnorodnościowe

Udostępnionych na zewnątrz jest 5169 Udostępnionych na zewnątrz jest 5169 szczepów (baza szczepów (baza mysqlmysql na serwerze na serwerze cls.edu.plcls.edu.pl))Dostęp do nich jest możliwy poprzez dwa Dostęp do nich jest możliwy poprzez dwa protokoły:protokoły:biocasebiocase - dostęp poprzez ten protokół jest - dostęp poprzez ten protokół jest zarejestrowany w GBIF i KSIB.zarejestrowany w GBIF i KSIB.(Punkt (Punkt dostępu: dostępu: http://cls.edu.pl/biocase/pywrapper.cgi?dsa=kolekcja)http://cls.edu.pl/biocase/pywrapper.cgi?dsa=kolekcja)

Ale…Ale…

(wyjątki z korespondencji informatyka z biologiem)(wyjątki z korespondencji informatyka z biologiem)

……nasz serwer …nasz serwer …

... ma kłopoty z pythonem... ma kłopoty z pythonem

Na szczęście…Na szczęście…

tapir…tapir…

… … jest to drugi protokół, poprzez który można jest to drugi protokół, poprzez który można [będzie] dostawać się do naszej bazy.[będzie] dostawać się do naszej bazy.

Punkt dostępu:   http://cls.edu.pl/ksib/tapir/www/tapir.php/Kolekcja

Nad sprawami informatyki czuwają…Nad sprawami informatyki czuwają…

Na koniec trochę agitacji…Na koniec trochę agitacji…

LOCUS FJ360884 1074 bp DNA linear BCT 01-NOV-2008 DEFINITION Escherichia coli clone 421 extended-spectrum beta-lactamase TEM-167 (blaTEM-167) gene, complete cds. ACCESSION FJ360884 VERSION FJ360884.1 GI:209974341 KEYWORDS . SOURCE Escherichia coli ORGANISM Escherichia coli Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. REFERENCE 1 (bases 1 to 1074) AUTHORS Gharout,A., Brasme,L., Touati,A., Madoux,J., Benallaoua,S. and de Champs,C. TITLE Escherichia coli isolate from hospital environment producing a TEM-type extended-spectrum beta-lactamase in Bejaia, Algeria

Wkrótce w kinach film z udziałem Wkrótce w kinach film z udziałem dwóch innych gatunków dwóch innych gatunków

zwierząt…zwierząt…

Dziękuje Państwu za uwagęDziękuje Państwu za uwagę i za współpracę.i za współpracę.

Powodzenia!Powodzenia!