Post on 11-Jan-2016
description
NIFTY – nieinwazyjny test prenatalny wykorzystujący sekwencjonowanie nowej
generacji
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Workflow
Praktyka kliniczna
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Obieg informacji (workflow)
Praktyka kliniczna
Najczęściej występujące aneuploidie płodowe
•Trisomia 21 (1/700-750)
•80% osób osiąga wiek dojrzały
Zespół Downa
•Trisomia 18 (1/6000)
•<10% osiąga < 1 rok życia
Zespół Edwardsa
•Trisomia 13 (1/10000-20000)
•Większość umiera zaraz po urodzeniu
Zespół Patau
Others: Turner syndrome (XO), Klinefelter syndrome (XXY), triple X syndrome (XXX), etc.
Zachorowalność na zespół DownaMaternal
ageT21 risk
<30 1/1000
30 1/900
35 1/400
36 1/300
37 1/230
38 1/180
39 1/135
40 1/106
42 1/60
44 1/35
46 1/20
48 1/16
49 1/12
Znacząco wzrasta wraz z wiekiem matki po 35
Nie ma znaczenia rasa, kraj pochodzenia, czy styl życia
Tradycyjne badania/testy przesiewowe i diagnostyczne
Typ testu / Metoda badania Inwazyjnie / nieinwazyjnie
Wiek ciąży (tygodnie)
Wskaźnik wykrywalności/ ryzyko
Badania biochemiczne (I trymestr) Nieinwazyjne 11-13 65%-70% wskaźnik
wykrywalności*
Badania biochemiczne (II trymestr)
Nieinwazyjne 15-19 69%-81% wskaźnik wykrywalności*
Badanie USG - Ocena przezierności karkowej (NT) Nieinwazyjne 11-13 64%-70% wskaźnik
wykrywalności*
Test zintegrowany Nieinwazyjne 11-13 & 15-19
85%-88% wskaźnik wykrywalności*
Test zintegrowany + NT Nieinwazyjne 11-13 & 15-19
94%-96% wskaźnik wykrywalności*
Amniopunkcja Inwazyjne 16-21 0.5-1% ryzyko poronienia
Biopsja kosmówki (CVS) Inwazyjne 10-13 1-2% ryzyko poronienia
Kardocenteza (PUBS) Inwazyjne 18-24 1-2% ryzyko poroniania
* Dane reprezentujące 5% wyników fałszywie dodatnich Fergal D, Jacob A, et al. The New England Journal of Medicine, 2005
Badania biochemiczne (I trymestr)
Badania biochemiczne (II trymestr)
Ocena przezierności karkowej (NT)
Test zintegrowany
Test zintegrowany + NT
Amniopunkcja
Biopsja Kosmówki (CVS)
Kardocenteza (PUBS)
Badania przesiowe Badania diagnostyczne
• Biochemia; USG• Nieiwazyjne• Tanie• Mniej dokładne• Niższy wskaźnik
wykrywalności• Wysoki wskaźniki wyników
fałszywie dodatnich
• Kariotypowanie • Inwazyjne• Drogie• Wysoka dokładność• Wysoki wskaźnik
wykrywalności• Niski wskaźnik wyników
fałszywie dodatnich
NIFTY
Kiedy NIFTY?
NIFTY
Od 12 tygodnia ciąży
Kobiety w zaawansowanym wieku lub z grupy wysokiego ryzyka
Odmowa wykonania testów
inwazyjnych
Przeciwskazania do wykonania testu
inwazyjnego
Nawracające poronienia lub IVF
NIFTY przeciwskazania
Wykryte zrównoważone translokacje i niski poziom mozaicyzmu
Kobieta w ciąży jest nosicielem chromosomalnej aneuploidii
Jeśli któryś z rodziców ma nieprawidłowości chromosomowe na przykład duplikacje, delecji, translokacje itp.
Jeśli kobieta w ciąży została poddana - terapii komórkami macierzystymi,- transfuzji krwi (w okresie do 6 miesięcy przed zajściem w ciążę) - przeszczepowi narządu to istnieje ryzyko, że wynik będzie zafałszowany obcym DNA
Co to jest NIFTY ?
Non-Invasive Fetal TrisomY
Bardzo dokładny test przesiewowy
Wysoki współczynnik detekcji i niski odsetek wyników fałszywie dodatnich
Nieinwazyjna metoda oparta na NGS i analizie bioinformatycznej
Badanie płodowego DNA znajdującego się we krwi matki
Ocenia ryzyko wystąpienia trisomii 21, 18 i 13
Charakterystyka NIFTY
Dokładny
Bezpieczny
Szybki
Optymalizacja
Prosty
Nowe technologie wykrywania w oparciu o NGS;Czułość i swoistość> 99%
Brak ryzyka zakażenia wewnątrzmacicznego i poronienia
Ryzyko trisomii płodu można ocenić już od 12 tygodnia ciąży
Można uniknąć wykonywania badań inwazyjnych, gdy nie jest konieczne
Potrzebne jest tylko 10 ml krwi obwodowej
NIFTY
An introduction
Podstawy metody
Clinical validation
Workflow
Clinical practice
Odkrycie naukowe
Charakterystyka płodowego wolnego DNAwe krwi matki
• Krótkie fragmenty 145-200bp, pochodzące z trofoblastu
• Można wykryć już od 5 tygodnia ciąży.
• Zanika zaraz po porodzie.
NGS – next generation sequencing
TA
G
CC
TA
G
CC
1. incorporation 1. Incorporation2. Elute and scan
1. Incorporation2. Elute and scan 3. Cleavage
ANALIZA BIOINFORMATYCZNA
Zdrowy płód Trisomia 21
Analiza statystyczna
Częstość występowania sekwencji mapowanych na chromosomie 21
Dodatkowa kopia chromosomu 21
Częstość występowania sekwencji mapowanych na chromosomie 21
Prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii
Wstęp
Postawy metody
Badania kliniczne
Workflow
Praktyka kliniczna
Wiarygodne i dokładne wynikiDouble blind validation study in 3464
singleton pregnanciesT21 T18 T13
NIFTY positive 189 64 10
Karyotyping positive 188 63 10
False positive No. 1* 1* 0
False Negative No. 0 0 0
Detection Rate 100.00% 100.00% 100.00%
False Positive Rate 0.03% 0.029% 0.00%
Positive Predictive Rate 99.49% 98.44% 100.00%
Specificity 99.97% 99.97% 100%
False Negative Rate 0.00% 0.00% 0.00%
Lau, T.K., et al., Clinical utility of noninvasive fetal trisomy (NIFTY) test--early experience. J Matern Fetal Neonatal Med, 2012. 25 (10): p. 1856-9.
No. of cases
Positive ResultsNegative resultsT21 T18 T13
NIFTY 11,105 140 42 0 10915
Karyotyping 182 + 2818 139 41 0 2818
False positive rate 0.03% 0.03% n/a
False negative rate 0% 0% n/a
Detection rate 100% 100% n/a
Specificity 99.6% 99.6% n/a
NIFTY test in 11,105 singleton pregnancies in real clinical setting
Dan, S., et al., Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11 105 pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn, 2012: p. 1-8.
OPUBLIKOWANIE WYNIKI BADAŃ ZWIĄZANE Z TESTEM NIFTY
Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11 105 pregnancies with mixed risk factors. (Prenatal Diagnosis 2012)
Noninvasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma DNA sequencing (Journal of Maternal-Fetal and Neonatal Medicine, 2012)
Prenatal Detection of Aneuploidy and Imbalanced Chromosomal Arrangements by Massively Parallel Sequencing (PLoS ONE, 2012)
Clinical utility of Non-Invasive Fetal Trisomy (NIFTY) test – Early experience (The Journal of Maternal-Fetal and Neonatal Medicine )
Noninvasive prenatal genetic testing for fetal aneuploidy detects maternal trisomy X. (Prenatal Diagnosis)
PUBLIKACJE DOSTĘPNE DO POBRANIA NA STRONIE: http://www.test-nifty.com.pl/dla-lekarzy/edukacja-medyczna/
T21 może zostać pominięte przy zastosowaniu tradycyjnego testu przesiewego
Sample ID: PDP10003761
Age: 31
Screening test: 1/510( Low
risk)NIFTY: T21
Karyotyping: 47, XX, +21
20
Przykłady
Możliwość określenia innych rzadkich trisomii
T9
Sample ID: PDB11AJ00026
Age: 41
NIFTY: T9
Karyotyping: T9
T16
Sample ID: PDB11AJ00783
Age: 30
NIFTY: T16
FISH: T16
Możliwość określenia innych rzadkich trisomii
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Obieg informacji (workflow)
Praktyka kliczna
Test workflow
Porada przed testem Pobranie krwi Oznaczenie próbekPrzygotowanie osocza
Badania laboratoryjne Analiza bioinformatyczna Dostarczenie raportu
Porada po badaniu
Centrum dystrybucji próbek
Laboratorium kliniczne BGI: 10 dni roboczych
Szpital/Klinika/Gabinet
Wstęp
Podstawy metody
Badania walidacyjne
Workflow
Praktyka kliniczna
RaportWynik testu genetycznego
Niskie ryzyko: Wynik badania wskazuje, że prawdopodobieństwo trisomii jest niskie, brak szczególnych rekomendacji, zalecamy rutynowe badania kontrolne
Wysokie ryzyko: Wynik badania wskazuje na wysokie prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii. Rekomendujemy wykonanie badań inwazyjnych
98% pacjentów
Inne rzadko występujące aneuploidie
Zaburzenia ilości innych chromosomów autosomalnych mogą być wykryte. Nie są one jednak podane do wiadomości w standardowy raporcie
Zaburzenia ilości chromosomów płciowych nie są podane w standardowym raporcie, chyba że klinika/szpital/gabinet wpsółpracujący z BGI ustalą to w osobnej umowie
Wyniki innych badań prenatalnych, takich jak testy biochemiczne i USG należy rozważyć. Badanie diagnostyczne, takie jak amniopunkcja / kordocenteza jest sugerowane
Materiał do badań
Krew obwodowa matki• 10 ml StreckTube• Temperatura pokojowa• Wyraźnie oznaczone (barcode)• 72 godziny na dostarczenie do
centrum dystrybucji próbek
Podsumowanie
Nieinwazyjny test przesiewowy•10 ml krwi obwodowej matki•Brak ryzyka wystąpienia zakażenia wewnątrz-
macicznego czy poronienia
Dokładność•Czułość >99%•Specyficzność >99%
Czas •3 tygodnie od momentu pobrania
Wczesna detekcja•Od 12 tygodnia ciąży