ELM

• Elm jest serwisem stworzonym do przewidywania funkcjonalnych miejsc w białkach eukariotycznych (motywów).

• Potencjalne motywy są identyfikowane przy pomocy wyrażeń regularnych lub ukrytych modeli markowa (HMM)

• Dla zwiększenia mocy przewidywania wprowadzone zostały filtry kontekstowe i logiczne.

Filtry

• Kompartmenty komórkowe

• Systematyka

• Struktura

Filtr strukturalny

1. Przewidywanie najlepszej strukury badanego białka.

2. Klasyfikacja domeny (ASTRAL)

3. Przewidywanie struktury drugorzędowej

4. Określenie orientacji aminokwasów w przestrzeni.

Baza Danych Struktur.

• Struktury PDB pochodzą z klasyfikacji ASTRAL.

• Struktury w których brakuje gęstości elektronowych dzielone są na podstruktury.

• Użytkownik ma możliwość określenia jakości struktury (rozdzielczość, b–factor).

Przewidywanie najlepszej strukury badanego białka.

1. Tworzenie profilu 3 iteracje PSI-BLAST’a, e-value 0.001 na bazie NR.

2. BLAST na bazie pdb z ASTRAL– wybór najlepszej struktury.

3. Ponowny alignment badanej sekwencji do najlepszej struktury przy użyciu SW.

4. Modelowanie – Jackal

Przewidywanie struktury drugorzędowej

• Odczytywanie struktury drugorzędowej z przewidzianej struktury trzeciorzędowej (DSSP). Sprawdzanie orientacji znalezionych ELM’ów w strukturze drugorzędowej.

Określenie orientacji aminokwasów w przestrzeni.

• Badanie powierzchni kontaktu aminokwasu z solwentem.

Scomo

C = x 100 Smax

Wewnątrz > 30 %, 30% < Pośredni < 60%, Zawnątrz > 60%

Chalcone synthase L. Luteus

.

Elm Name Positions Elm Description Cell Compartment Pattern

LIG_Clathr_ClatBox_1 342-346

Clathrin box is a motif found on cargo adaptor proteins, near their C-terminus. It interacts with the N-terminus of Clathrin heavy chain, with the so called beta propeller structure.

cytoplasm, cytoskeleton, clathrin-coated endocytic vesicle

L[IVLMF].[IVLMF][DE]

LIG_FHA_1

73-76 111-114 125-128 145-148 264-267 380-383

FHA domain interaction motif 1, threonine phosphorylation is required

nucleus, cytoplasm, plasma membrane

T..[ILA]

MOD_PKA_2 42-44 324-326 350-352

PKA phosphorylation site cytoplasm R.([ST])

MOD_CK1_1 122-125 191-194 385-388

CK1 phosphorylation site nucleus, cytoplasm

S..([ST])

MOD_PKA_1 349-352 PKA is a protein kinase involved in cell signalling

cytoplasm, cAMP-dependent protein kinase complex

[RK][RK].[ST]

LIG_WW_4 26-27

Class IV WW domains interaction motif; phosphorylation-dependent interaction.

nucleus, cytoplasm [ST]P