doc. Ing. Richard Hrabal, CSc. - clab.vscht.cz
Transcript of doc. Ing. Richard Hrabal, CSc. - clab.vscht.cz
doc. Ing. Richard Hrabal, CSc.
NMR laboratoř, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, číslo dveří 42
telefon 220 443 805, e-mail [email protected])
základy NMR spektroskopie
přístrojové vybavení
návštěva laboratoře
15. říjen 2015
22. říjen 2015
technologie využití NMR spektroskopie pro řešení prostorové
struktury proteinů
praktické příklady
Kurt Wüthrich Nobel Price Winner in Chemistry 2002
G. Wagner, K. Wüthrich. 1982. Sequential resonance assignments in protein 1H nuclear magnetic resonance spectra. Basic pancreatic trypsin inhibitor.
J. Mol. Biol. 155, 347-366.
Co lze pomocí NMR spektroskopie studovat na
biomolekulách?
• identifikace substrátu (kovalentní struktura)
• prostorové uspořádání (vyšší typ struktury, sekundární, terciární…..)
• dynamické vlastnosti (celé molekuly nebo jen vybrané části)
• schopnosti vzájemné interakce, event. interakce s jinými substráty
• struktura komplexů, dynamika a rovnováha
• vynikající metoda pro návrh nových typů léčiv (SAR)
Úvodní poznámky
• NMR spektroskopie využívá magnetických vlastností jader atomů.
• Absorpční (emisní) spektroskopie, podobně jako IČ nebo UV.
Detekuje absorbci radiofrekvenčního záření jádry atomů v molekule.
• Aktivní jsou pouze jádra se spinovým kvantovým číslem (I) 0. Tato jádra
mohou absorbovat RF záření.
• Sudé hmotové číslo & sudé atomové číslo I = 0 (12C, 16O)
• Sudé hmotové číslo & liché atomové číslo I = celočíselný (14N, 2H, 10B)
• Liché hmotové číslo I = polovinový (1H, 13C, 15N, 31P)
• Spinové stavy jádra jsou kvantovány.
m = I, (I - 1), (I - 2), … , -I
m je magnetické kvantové číslo.
• Pro 1H, 13C, 15N, 19F, 31P (nejběžnější měřená jádra) platí:
I = 1/2 m = 1/2, -1/2
• To znamená, že tato jádra mohou zaujmout pouze dva stavy (energetické hladiny).
• Další důležitou vlastností částic s nábojem je tzv. magnetický moment (m), který
může být vyjádřen
m = g I h / 2p
• Je to vektorová veličina, která má velikost a směr (nukleární magnet)
• h je Planckova konstanta
• g je gyromagnetický poměr (konstanta), která je závislá na povaze jádra.
• Různá jádra mají různý magnetický moment.
Vliv externího magnetického pole Bo (jádra I = 1/2)
• V základním stavu nejsou jaderné spiny uspořádané a neexistuje mezi nimi žádný
energetický rozdíl. Jsou tzv. degenerované:
• Vlivem silného externího magnetického pole dojde však k jejich uspořádání buď v
souhlasném nebo opačném směru s ohledem na směr magnetického pole:
• Vždy existuje malý přebytek jader uspořádaných souhlasně se směrem externího
magnetického pole než nesouhlasném.
Bo
Bo= 0
Energie a populace spinových stavů
• Vlivem externího magnetického pole dojde k vytvoření dvou hladin, mezi kterými
je rozdíl v energii. Tyto hladiny jsou obsazeny souhlasně a nesouhlasně
orientovanými jadernými spiny:
• Rozdíl v populaci jednotlivých stavů je dán rozdílem v jejich energiích a řídí se
Boltzmanovým rozdělením:
Na / Nb = e DE / kT
• DE pro 1H při 400 MHz (Bo = 9.5 T) je 3.8 x 10-5 Kcal / mol
Na / Nb = 1.000064
• Rozdíl v populacích je velmi malý ve srovnání s ostatními spektroskopickými
metodami.
Bo = 0
Bo > 0 DE = h n
a
b
Zvyšující se rozdíl v populacích obou spinových stavů a a b pro jádro 1H v
závislosti na externím magnetickém poli.
Je-li stav b obsazen 106 spinů, stav a obsahuje106+přebytek.
Bo = 0
21,14 T
900 MHz
9,40 T
400 MHz
2,35 T
100 MHz
16 spinů
64 spinů
135 spinů
Bo
b
a
Energie a citlivost • Energie (jednoho spinu) je přímo úměrná magnetickému momentu jádra a velikosti externího magnetického pole:
E = - m . Bo E(up) = g h Bo / 4p --- E(down) = - g h Bo / 4p
DE = g h Bo / 2p
•Energetický rozdíl mezi oběma stavy určuje intenzitu signálu, tj. citlivost
měřeného jádra),
•Větší magnety (vyšší Bo) způsobují vyšší citlivost NMR přístrojů.
• Jádra s větší gyromagnetickou konstantou g absorbují více energie a jsou tudíž
citlivější. Výsledná citlivost je úměrná m a Na - Nb, a magnetickému toku v RF
cívce, což opět závisí na g, konkrétně g3.
• Přidáme-li k tomu nižší přirozené zastoupení 13C, citlivost tohoto jádra se sníží
dokonce o faktor 6400 vzhledem k 1H.
g13C = 6,728 rad / G
g1H = 26,753 rad / G
1H je ~ 64x citlivější než 13C
jen z důvodu konstanty g
10-10 10-8 10-6 10-4 10-2 100 102
wavelength (cm)
g-rays x-rays UV VIS IR m-wave radio (NMR)
Energie a frekvence
• Energie je též přímo úměrná frekvenci elektromagnetického záření…
DE = h n
n = g Bo / 2p
DE = g h Bo / 2p
• Pro jádro 1H je tato frekvence při využití komerčně dostupných magnetů
(2,35 – 23,49 T) v rozsahu 100-1000 MHz.
Precesní pohyb jader
• Každé jádro má tzv. moment hybnosti I, který je vlastností všech (nejen
magneticky aktivních jader). Jádro si lze potom představit rotující kolem vlastní z
osy.
• Má-li jádro nenulový magnetický moment (I 0) dostaneme rotující atomový
magnet. Interakcí s externím polem Bo vzniká kroutící moment. Bez ohledu na
původní orientaci vektoru m, tento má vždy snahu orientovat se podle externího
pole Bo.
l
m
Bo Bo
nebo...
m
m
Precesní pohyb jader (pokračování)
• Precesní pohyb je výslednicí interakce síly, která se snaží přimět vektor m k
souhlasné nebo nesouhlasné orientaci s vektorem Bo, a síly udržující jej v rotaci:
• Vektor magnetického momentu vykonává precesní pohyb okolo osy z (směru
externího magnetického pole). Frekvence tohoto pohybu se nazývá Larmorova
frekvence a značí se w:
wo = 2pn
• Tento jev lze přirovnat k pohybu osy otáčejícího se setrvačníku pod vlivem
gravitace.
• Frekvence tohoto precesního pohybu je přímo úměrná rozdílu energií dvou
spinových stavů, což lze odvodit na základě kvantové mechaniky.
Bo
wo m
wo = - g Bo (radiany)
Makroskopická magnetizace
• Nyní je možné zavést pojem makroskopická magnetizace Mo, který je přímo
úměrný rozdílu populací (Na - Nb), kdy byly příspěvky jednotlivých vektorů m
zprůměrovány:
• Každý vektor m může být rozložen na složku v ose z a v rovině <xy>. Distribuce
komponent v rovině <xy> je náhodná, takže se zprůměrují a navzájem vyruší.
Velikost makroskopické magnetizace je potom dána rozdílem populací
spinových stavů a a b (Na – Nb).
• Mezi m and Mo je podstatný rozdíl. Zatímco m je kvantován (může se vyskytovat ve
dvou stavech a a b ), Mo odráží stav celé populace spinů a představuje kontinuum.
Mo
z
x
y y
x
z
Bo Bo
NMR excitace • Nyní potřebujeme, aby systém absorboval energii. Zdrojem je oscilující
elektromagnetické záření s frekvencí wo generované střídavým proudem :
• Je-li frekvence RF pole B1 a precesního pohybu magnetizace Mo stejná, je
dosaženo tzv. rezonanční podmínky a systém absorbuje energii.
• Vzájemnou interakcí RF pole B1 a magnetizace Mo dojde k jejímu překlopení
kolem tohoto pole B1 o úhel b, který odpovídá velikosti dodané energie a době
jejího působení.
B1 = C * cos (wot)
x Bo
Mo
z
i
B1
Vysílač (y)
y
Mo
z
x
i
B1
y
b
Návrat magnetizace Mo zpět do rovnováhy (detekce signálu) • Při absenci excitujícího magnetického pole B1 se Mxy bude snažit přejít zpět na Mo (do výchozího rovnovážného stavu) obnovením původní distribuce populací Na / Nb. Tento jev se nazývá relaxace.
• Oscilace vektoru Mxy vytváří fluktující magnetické pole, které generuje elektrický proud v přijímací cívce:
z
x Mxy
y
z
x
y
Mo rovnováha...
wo
z
x
Mxy
Přijímací cívka (-x)
y
NMR signál
wo
Laboratorní a rotující soustava souřadnic
• Systém koordinát doposud používaný se nazývá laboratorní soustava
souřadná. Jedná se o fixní systém, ve kterém jaderné spiny rotují rychlostí wo,
což znesnadňuje jakoukoliv další analýzu.
• Řešením je souřadná soustava, která sama rotuje rychlostí wo, tzv. rotující
soustava souřadná. Z fyzikálního pohledu odstraníme takto vliv frekvence
generované externím magnetickým polem Bo.
• V rotujícím systému souřadnic se vektor Mxy nepohybuje za podmínky, že jsme v
rezonanci (w pole B1 je přesně frekvence jádra wo). Jsme-li mimo rezonanci,
pohyb vektoru je stále pomalý ve srovnání s rychlostí rotace wo.
z
x Mxy
y
Bo
z
x Mxy
y wo
Laboratorní soustava Rotující soustava
Free Induction Decay (FID)
• Nyní analyzujme signál, který se objeví v přijímací cívce po sklopení vektoru
makroskopické magnetizace do roviny <xy> (p / 2 puls).
• Po aplikaci RF pulsu se vzorek postupně dostane do rovnováhy, t.j. obnoví se
původní obsazení energetických hladin a vektor makroskopické magnetizace se
dostane zpět do osy z, okolo níž vykonává precesní pohyb.
• V rotující soustavě souřadnic w - wo. Relaxace Mo v rovině <xy> je exponenciální.
V příjímací cívce detekujeme zanikající cosinový signál.
čas
w = wo
Mxy
w - wo <> 0
čas
Mxy
w
wo
t
t
FID (pokračování) • V reálném vzorku je mnoho spinových systémů, jejichž frekvence jsou odlišné od
frekvence B1 (carrier frequency). Protože jsme efektivně excitovali všechny tyto
spiny, dostaneme kombinaci signálů a různé frekvenci Free Induction Decay
(FID):
I = f(t)
• Po zpracování Fourierovou transformací dostaneme:
I = f(n)
Základní NMR parametry
• Chemický posun
• Interakční konstanta
• Intenzita signálu
• Počet signálů ve spektru
• Relaxační vlastnosti jádra (NOE)
8.5 8.0 7.5 7.0 6.5 6.0 5.5
N
H
H
H
OH CH2 CH3
Chemický posun
• Jestliže má každý druh jádra svoji charakteristickou frekvenci, proč je NMR
spektroskopie tak užitečná?
• Vlivem tzv. chemického okolí dochází ke změnám magnetického pole, které
působí na každé jádro stejného typu. Hovoříme o tzv. efektivním magnetickém
poli Beff, které je tvořeno hlavním magnetickým polem Bo a lokálním
magnetickým polem Bloc.
Beff = Bo - Bloc --- Beff = Bo( 1 - s )
s je tzv. konstanta magnetického stínění.
frekvence wo
vyšší
pole
nižší
pole
velikost stínění s
NMR škála (d, ppm)
• Každý signál ve spektru je charakterizován svou pozicí vyjádřenou ve
frekvenčních jednotkách. Problémem je však skutečnost, že Bloc je mnohem
menší než Bo (rozsah tisíce Hz oproti milionům Hz) a také závislost na velikosti
Bo.
• Proto používáme relativní stupnici (odstranění velké frekvence generované
externím magnetickým polem) a vztahujeme posun každého signálu k signálu
referenčnímu (standardu).
• Potom je pozice signálu stejná pracujeme-li se 100 MHz (2.35 T) nebo 900 MHz
(21,14 T) magnetem.
• Př. Tetramethylsilan (TMS) je standardem jak pro 1H, tak pro 13C spektroskopii.
Je dobře rozpustný, inertní a poskytuje vždy jeden signál.
w - wref d = x 106 ppm (parts per million) wref
H 3 C S i C H 3
C H 3
C H 3
Příklady rozsahů chemických posunů v ppm • 1H ~ 15 ppm:
13C ~ 220 ppm:
0
TMS
ppm
2 10 7 5 15
Alifatické H
Alkoholy, Ha
Olefiny
Aromatické H
Amidy Kyseliny
Aldehydy
ppm
50 150 100 80 210
Alifatické CH3
CH2, CH
Uhlíky v sousedství
alkoholů, ketonů
Olefiny
Aromatika,
konjugované alkeny
C=O v kyselinách,
aldehydech, esterech
0
TMS
C=O v
ketonech
s (HF) < s (HCl) < s (HBr) < s (HI)
Indukční efekt.
• Izolovaný atom 1H má kulově symetrický orbital 1s.
• Nyní přidáme -CH3, čímž získáme methan. Elektronový oblak 1H (kteréhokoliv ze
4 ekvivalentních atomů) se deformuje vlivem elektronegativnějšího atomu uhlíku
(přitahuje elektrony 1s).
• Tímto způsobem se sníží elektronová hustota okolo jader 1H, dojde k jejich
odstínění a posunu k vyšším hodnotám magnetického pole (ppm). Nahradíme-li
jeden z vodíků halogenem, pozorujeme, že čím je příslušný halogen
elektronegativnější, tím dochází k většímu odstínění ostatních jader 1H.
Jinými slovy, s rostoucí elektronegativitou připojeného atomu (skupiny
atomů), klesá stínící konstanta s.
H (1s)
H (1s) C (sp3)
Mezomerní efekt
• NH2 v anilinu vykazuje +M efekt dojde k většímu stínění aromatických protonů,
než v případě benzenu (7.24 ppm). NH2 skupina dodává elektrony do
aromatického systému a ten jich obsahuje více než benzen.
• Z rezonančních struktur je vidět větší elektronová hustota v polohách ortho a para.
Protony v těchto polohách jsou tedy více stíněny a tedy posunuty k nižším
hodnotám ppm.
7.08
6.55
6.70
N
H
H
H
H
H
N
H
H
H
H
H
H H N
H
H
H
H
H
H H N
H
H
H
H
H
H H
Mezomerní efekt (…)
• Na druhé straně, nitrobenzen vykazuje výrazný -M efekt. Všechny aromatické
protony jsou více odstíněny a tím pádem posunuty k vyšším hodnotám ppm než
benzen.
• Opět polohy ortho a para mají tento efekt výraznější.
N
H
H
H
H
H
O O N
H
H
H
H
H
O O N
H
H
H
H
H
O O
N
H
H
H
H
H
O O
7.55
8.15
7.70
Anizotropní efekt
• Jakákoliv chemická vazba je anizotropní, protože je orientována v prostoru.
• Významný jev zejména u násobných vazeb a aromatických kruhů ( π-elektrony)
• Jestliže takovouto vazbu (vazebné elektrony) vložíme do externího magnetického
pole, bude indukovat lokální magnetické pole, které bude také anizotropní.
• Magnetické pole působící na jádra v okolí takovéto vazby bude též anizotropní.
Lokální magnetické pole bude buď zvyšovat nebo naopak snižovat efektivní
magnetické pole. Bude-li tento efekt kladný nebo záporný záleží na pozici
příslušného jádra vůči takovéto vazbě.
C C Bo
„Ring current“ efekt
• Anizotropní efekt aromatického jádra je vytvářen systémem konjugovaných
dvojných vazeb.
• Siločáry indukovaného magnetického pole jsou kolmé k rovině aromatického
kruhu.
• Vodíky v rovině kruhu jsou odstíněny (posun k vyšším hodnotám ppm), zatímco
vodíky nad nebo pod rovinou kruhu jsou stíněné (nižší hodnoty ppm).
Bo
Bring
+ + -
-
„Ring current“ efekt (…)
• Toto je důvod, proč je chemický posun aromatických protonů v rozmezí 6 až 9 ppm:
• Extrémním příkladem tohoto efektu je [18]anulen:
H
H
H 7.27 7.79
7.41
H
H
H
H
H
H
H H
H H
H
H
H
H
H
H H
H
+9.28 -2.99
Spin-spinové interakce
Bo
1Hj 1Hk
13C
( )( )( )kjjkkjkjjk
DD
jk IIeIeIbH
3 Hznmb jk 15012)2,0(
Přímá spin-spinová interakce
kjkj
J
jk IJIH
p2 HzJ jk 250
Nepřímá spin-spinová interakce
Bloc Bloc
Přímá spin-spinová interakce v pevných látkách
)250( HzJ jk )15012( Hzb jk
projeví se v běžném spektru ztráta rozlišení
Bo
Obrázek z: Brinkman A., Dipolar Recoupling in Magic-Angle-Spinning NMR, disertace,
Stockholmská univerzita 2001
statické spektrum
rotace pod magickým
úhlem (54,7), 870 Hz
rotace pod magickým
úhlem (54,7), 12 000 Hz
Hjk Hjk
Hjk Hjk Hjk
Hjk
Hjk
Hjk
Hjk
Hjk
kapaliny z důvodu izotropního pohybu molekul zprůměrování interakce = 0
Přímá spin-spinová interakce v kapalinách
Spin – spinová interakce se neprojeví přímo ve spektrech, nicméně její efekt lze
měřit v podobě tzv. křížové relaxace, což se využívá v experimentech, které
využívají tzv. nukleární Overhauserův efekt (NOESY, ROESY)
H H
rIS < 5-6 Ǻ
Nepřímá spin-spinová interakce
• Energetické hladiny jednotlivých jader jsou též ovlivňovány spinovými stavy jader v
okolí. Toto je nazýváno nepřímou spin-spinou interakcí. Nepřímá interakce je to
proto, že je zprostředkována vazebnými elektrony (na rozdíl od přímé dipól-
dipólové interakce jaderných spinů):
• Magnetický moment jádra polarizuje vazebné elektrony, resp. jejich magnetické
momenty a tato polarizace je přenášena na další jádra.
Bo
1H 1H
C
E = JAB * IA * IB
Nepřímá spin-spinová interakce Interakční konstanta (intenzita a počet čar)
• Každý atom 1H ve skupině CH2 „vidí“ 4 možné stavy atomů 1H v sousední
skupině CH3.
• Naproti tomu každý atom 1H skupiny CH3 „vidí“ 3 možné stavy protonů CH2
skupiny.
• 2 protony skupiny CH2 a 3 protony skupiny CH3 jsou navzájem ekvivalentní.
4.0 3.5 3.0 2.5 2.0 1.5 1.0 0.5
C H 3
O
O
C H 3
1.30 1.20 4.10 4.00
C H 2
Nepřímá spin-spinová interakce
Interakční konstanta (intenzita a počet čar)
• Je-li jádro A v interakci s n jádry (spin ½), která jsou identická je počet čar v
multipletu A roven n + 1 .
• Signál CH2 skupiny se objeví jako kvartet (4 čáry), zatímco CH3 skupina jako
triplet (3 čáry).
• Je-li jádro A v interakci s n jádry, která mají spin I platí pro počet čar multipletu A:
• Vzdálenost jednotlivých čar v multipletu je rovna velikosti interakční konstanty v
Hz. Je stejná v obou multipletech jak CH2, tak CH3 skupiny (7 Hz).
aa
ab ba
bb
aaa
aab aba baa
abb bab bba
bbb
CH3 CH2
m = 2 n I + 1
Interakční konstanta (pokračování)
Interakční konstanta (intenzita a počet čar)
• Z předchozího diagramu lze též odvodit intenzity jednotlivých čar multipletu.
Protože existuje stejná pravděpodobnost, že se systém nalézá v jakémkoliv stavu
(stavy v řádcích jsou energeticky degenerované), poměr intenzit je 1:2:1 pro CH3 a
1:3:3:1 pro CH2 skupinu.
• Obecně lze intenzitu čar získat z koeficientů binomického rozvoje:
• Pro rychlou orientaci slouží tzv. Pascalův trojúhelník.
1 : n / 1 : n ( n - 1 ) / 2 : n ( n - 1 ) ( n - 2 ) / 6 : ...
1
1 1
1 2 1
1 3 3 1
1 4 6 4 1
Schéma moderního NMR spektrometru s chlazenou
měřící sondou, tzv. kryosondou
Computer
25 Bar
Temperature 17K
Temperature 4K
Historické NMR spektrometry
CW-NMR spektrometr s rezonanční frekvencí 40 MHz (1961), ÚPT Brno
První komerčně dostupný CW-NMR spektrometr s rezonanční frekvencí 30 MHz (1952), Varian Inc.
Průřez supravodivým magnetem Pohled shora
Kapalný dusík
(-196oC)
Solenoid
Evakuovaný
plášť
Měřící sonda
Měřený vzorek
y
x
z
Kapalné helium
(-269oC)
Nárůst velikosti magnetického pole NMR spektrometrů
0
100
200
300
400
500
600
700
800
900
1950 1960 1970 1980 1990 2000
Rok uvedení na trh
Praco
vn
í fr
ekven
ce [
MH
z]
2020
1000
1100
1200
1300
2010
900 MHz 1H NMR spektrum lysozymu
900 MHz magnet firmy Oxford Instruments
900 MHz magnet firmy Bruker
Saunders M., Wishnia A. and Kirkwood J.G: J.Am.Chem.Soc.79, 3289
(1957).
Bruker official website: http://www.bruker-biospin.com/av1000-apps.html
Citlivost a rozlišení se počítají
1 GHz NMR spectrum of 2 mM ubiquitin
40 MHz 1000 MHz
Schéma moderního NMR spektrometru s chlazenou
měřící sondou
Computer
25 Bar
Temperature 17K
Temperature 4K
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
500 TBI 600 TCI (cryo)
Srovnání citlivosti 500 MHz sondy TBI a 600 MHz kryosondy
CTCI při měření 1H
620:1 6600:1 1) 500 versus 600 MHz
2) využití kryotechnologie
3) 12 let vývoje technologie
NMR spektroskopie
Sensitivity enhancement: 1.8-fold
Sensitivity between CryoProbe (CP) TCI and Room Temperature (RT) TXI probe
Stabilizace magnetického pole v čase
• Vlivem driftu Bo dochází k postupné změně polohy
měřeného signálu.
• Řešením je systém nazývaný „field lock“.
•Jedná se o jakýsi separátní NMR spektrometr, který pracuje nejčastěji se
signálem deuteria a podle velikosti změny Bo a tedy polohy signálu 2H
koriguje hlavní pole Bo.
C6H12 (bez locku)
Homogenizace magnetického pole v prostoru
• Nehomogenita Bo vzniká vlivem nedokonalé konstrukce magnetu, okolních
feromagnetických předmětů, nehomogenity vzorku…
• Odstraňuje se malými změnami Bo pomocí tzv. korekčních cívek. Tento proces se
nazývá shimování.
• Korekční cívky jsou umístěny okolo hlavní cívky v různých směrech a lze jimi
definovaně modifikovat hlavní pole.