Autoreferat przedstawiaj cy dorobek i osi gni cia...
Transcript of Autoreferat przedstawiaj cy dorobek i osi gni cia...
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
1
Zacznik 3
Autoreferat przedstawiajcy dorobek i osignicia naukowe w
jzyku polskim
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
2
Dr in. Jadwiga Anna Lorenc Katedra Chemii Bioorganicznej Wydzia Inynieryjno-Ekonomiczny Uniwersytet Ekonomiczny we Wrocawiu
Autoreferat
1. Stopnie naukowe.
a. magister inynier chemii 1976, Politechnika Wrocawska, Wydzia Chemii;
b. doktor nauk chemicznych 2000, Uniwersytet Opolski, Wydzia Matematyki,
Fizyki i Chemii, rozprawa pt.: Badania spektralne i dipolometryczne nitrowych
pochodnych 2-alkiloaminopikolin i ich N-tlenkw, promotor dr hab.in. Aniela
Puszko.
2. Zatrudnienie w jednostkach naukowych.
a. 1980-1988, asystent, Akademia Ekonomiczna im. Oskara Langego we Wrocawiu,
Wydzia Inynieryjno-Ekonomiczny, Zakad Chemii Organicznej;
b. 1988-2000 specjalista, Akademia Ekonomiczna im. Oskara Langego we
Wrocawiu, Wydzia Inynieryjno-Ekonomiczny, Zakad Chemii Organicznej;
c. od 2006, adiunkt, Uniwersytet Ekonomiczny (dawniej Akademia Ekonomiczna
im. Oskara Langego) we Wrocawiu, Wydzia Inynieryjno-Ekonomiczny,
Katedra Chemii Bioorganicznej.
3. Osignicie wynikajce z art. 16 ust. 2 ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach
naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki (Dz. U. nr 65,
poz. 595 ze zm.): Waciwoci spektroskopowe i strukturalne aminowych i nitrowych
pochodnych pirydyny, ich N-tlenkw i soli
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
3
3.1 Lista publikacji
Nr Publikacjaa IF
b
1H Lorenc J., Kucharska E., Michalski J., Hanuza J., Mugeski E., Chojnacki H., Excited electronic states of 2-ethylamino-(3 or 5-methyl)-4-nitropyridine, J. Mol. Struct. 614 (2002) 257-266
1.122
2H Lorenc J., Kucharska E., Hanuza J., Chojnacki H., Excited electronic states of 2-ethylamino-(3 or 5)-methyl-4-nitropyridine and 2-methylamino-(3 or 5)-
methyl-4-nitropyridine, J. Mol. Struct. 707 (2004) 47-57
1.200
3H Lorenc J., Hanuza J., Mczka M., Kucharska E., Kaminskii A.A., Kaino T., Yaima T., Yokoo A., Vibrational spectra and chemical quantum calculations for 2-adamantylamino-5-nitropyridine crystals a novel material
for laser Raman converters, Spectrochim. Acta A 61 (2005) 685-695
1.290
4H Lorenc J., Solvent effect and quantum chemical calculations of the electron
energy levels for nitro derivatives of 2-(N-methylamino)-picolines, J. Mol. Struct. 748 (2005) 91-100
1.440
5H Lorenc J., Dymiska L., Mehmed Abudelrhman F.A., Hanuza J., Talik Z., Mczka M., Macalik L., Vibrational dynamics and molecular structure of 1H- and 3H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridine and its methyl derivatives based
on DFT chemical quantum calculations, Chem. Phys. 334 (2007) 90-108
1.805
6H Lorenc J., Bryndal I., Marchewka M., Ssiadek W., Lis T., Hanuza J., Crystal and molecular structure of 2-aminopyridinium-4-hydroxybenzeno-
sulfonate IR and Raman spectra, DFT calculations and physicochemical
properties, J. Raman Spectrosc. 39 (5), (2008) 569-581
3.526
7H Lorenc J., Bryndal I., Marchewka M., Kucharska E., Lis T., Hanuza J., Crystal and molecular structure of 2-amino-5-chloropyridinium hydrogen
selenate its IR and Raman spectra, DFT calculations and physicochemical
properties, J. Raman Spectrosc. 39 (2008) 863-872
3.526
8H Wandas M., Lorenc J., Kucharska E., Mczka M., Hanuza J., Molecular structure and vibrational spectra of 3 (or 4 or 6)-methyl-5-nitro-2-
pyridinethiones: FT-IR, FT-Raman and DFT quantum chemical calculations, J. Raman Spectrosc. 39 (2008) 832-841
3.526
9H Lorenc J., Palasek B., Hanuza J., Mczka M., Wakowska A., Rotational disorder in 2-piperidyl-5-nitro-6-methylpyridine: Structural phase transition
and its vibrational characteristics, J. Raman Spectrosc., 40 (2009) 324-334
3.147
10H Lorenc J., Bryndal I., Syska W., Wandas M., Marchewka M., Pietraszko A., Lis T., Maczka M., Hermanowicz K., Hanuza J., Order-disorder phase transitions and their influence on the structure and vibrational properties of
new hybrid material: 2-Amino-4-methyl-3-nitropyridinium trifluoroacetate,
Chem. Phys. 374 1-3 (2010)1-14
2.017
11H Lorenc J., Hanuza J., Janczak J., Structural and vibrational study of 3- or 5-methyl substituted 2-N-ethylamino-4-nitropyridine N-oxides, Vib. Spectrosc. 59 (2012) 59-70
2.083
12H Lorenc J., Dimeric structure and hydrogen bonds in 2-N-ethylamino-5-methyl-4-nitro-pyridine studied by XRD, IR and Raman methods and DFT
calculations, Vib. Spectrosc. 61 (2012) 112-123
2.083
SUMA IF 26.765 a Nazwisko autora do korespondencji zostao wytuszczone.
b Impact factor (wg listy Journal Citation Reports) podany jest dla roku opublikowania artykuu. Artykuom z roku
2011 i 2012 zosta przypisany Impact Factor z roku 2010.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
4
3.2 Omwienie celu naukowego wyej wymienionych prac i osignitych
wynikw.
Wstp
Zwizki wchodzce w skad cyklu prac habilitacyjnych s pochodnymi pirydyny bd
jej N-tlenkw. Zawieraj w swojej budowie zarwno podstawniki elektrono-donorowe jak
i elektrono-akceptorowe usytuowane w rnych pozycjach piercienia pirydynowego. Tymi
podstawnikami s: grupa aminowa, metylo- bd etyloaminowa, grupa metylowa, grupa N-
tlenkowa, tionowa, adamantyloaminowa, piperydylowa i inne. Ich wzajemne oddziaywanie
poprzez elektrony piercienia pirydynowego prowadzi do rnego typu oddziaywa
wewntrz- i midzyczsteczkowych. Szczegln rol peni w nich sprzenie podstawnikw
z piercieniem oraz wewntrzczsteczkowe przeniesienie adunku. Bardzo wanym
zjawiskiem strukturalnym tych zwizkw jest wystpowanie rnego typu wiza
wodorowych. Innym powodem zainteresowania t grup zwizkw, s ich potencjalne
zastosowania. Mog by stosowane jako: materiay optycznie nieliniowe [1], czujniki
fotochemiczne [2-5], konwertory wiata z bliskiej podczerwieni na obszar widzialny. Takie
waciwoci mog wykazywa zwizki z niecentrosymetryczn struktur komrki
elementarnej, a jest ona czsto wynikiem przyczenia dwch masywnych grup do jednej
czsteczki wchodzcej w skad czsteczki podstawowej.
Zwizki z serii 2-N-alkiloamino-3(-4 lub 5)-nitropikolin mog stanowi komponenty
materiaw optycznie nieliniowych. 2-Adamantyloamino-5-nitropirydyna charakteryzujca
si bardzo du nieliniowoci optyczn jest nowym organicznym materiaem dla
konwerterw laserw Ramana [6]. N-tlenek 3-metylo-4-nitropirydyny jest jednym
z najlepszych elektrooptycznych materiaw w obszarze wiata widzialnego [7]. Niektre
pochodne pirydyny oraz N-tlenku pirydyny wykazuj niezwyk bioaktywno [8] i znajduj
zastosowanie jako antybiotyki, kancerostatyki, cytostatyki, rodki antygrzybicze lub
antykonwulsyjne.
1,2,3- oraz 1,2,4-triazole maj due zastosowanie jako farmaceutyki [9,10] lecz
rwnie mog by stosowane przy opracowywaniu fungicydw, herbicydw i regulatorw
wzrostu rolin [11,12]. Triazole s rwnie materiaami wybuchowymi, laserami
fotochemicznymi, materiaami termochemicznymi i barwnymi laserami w obszarze bliskiego
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
5
UV. Merkaptany to zwizki, ktre midzy innymi znalazy zastosowanie jako: porednie
komponenty materiaw antybakteryjnych i przeciwzapalnych [13-15].
Trifluorooctan 2-amino-4-metylo-3-nitropirydyniowy, 4-hydroksybenzenosulfonian 2-
aminopirydyniowy oraz wodoroselenian 2-amino-5-chloropirydyniowy nale do szczeglnej
grupy materiaw tzw. organiczno-organicznych i organiczno-nieorganicznych soli
hybrydowych. Tego typu zwizki s zdolne do tworzenia jedno, dwu i trjwymiarowych sieci
supramolekularnych [16]. Czsto wykazuj waciwoci ferroelektryczne, a wystpujce
w nich przejcia fazowe najczciej s zwizane ze zmian porzdku orientacyjnego
podstawnikw [17]. S nieliniowymi materiaami optycznymi.
Dla penego opisu waciwoci fizykochemicznych materiaw wchodzcych w skad
pracy habilitacyjnej niezbdne byo poznanie ich struktury, nastpstwa poziomw
energetycznych, waciwoci spektroskopowych oraz roli wiza wodorowych w stabilizacji
ich struktury krystalicznej.
W cyklu 12 publikacji przedstawione zostay wyniki bada 21 zwizkw, pochodnych
pirydyny. Wikszo badanych materiaw uzyskaam po raz pierwszy i po raz pierwszy
opisaam metody ich syntezy.
Gwnym celem naukowym prezentowanych prac byo zbadanie:
struktury zwizkw,
oddziaywa wewntrz- i midzyczsteczkowych,
roli wiza wodorowych w stabilizacji struktury krystalicznej,
waciwoci spektroskopowych.
oraz okrelenie form tautomerycznych badanych zwizkw.
Badania te wykonano z zastosowaniem dyfrakcji rentgenowskiej, skaningowej
dyfrakcji kalorymetrycznej DSC, spektroskopii absorpcyjnej w podczerwieni, rozproszenia
Ramana oraz elektronowej spektroskopii absorpcyjnej UV/VIS i fluorescencyjnej.
Badania eksperymentalne zostay wsparte obliczeniami kwantowo chemicznymi.
Geometrie i czstoci drga wasnych badanych czsteczek obliczone zostay metod ab initio
lub metod funkcjonaw gstoci B3LYP na poziomie 6-31G, 6-31G(d,p) lub 6-
311++G(d,p). Dla zwizkw o zbadanej strukturze krystalicznej w obliczeniach
wykorzystano dane rentgenograficzne, stosujc wyznaczone t metod pooenia atomw
jako dane wejciowe. Obliczenia wykonaam za pomoc programw Gaussian 98W i
Gaussian 03W [18]. Rozkad energii potencjalnej (PED) drga normalnych obliczyam przy
uyciu programu Balga [19] lub Veda 4 [20]. Mody drga wewntrznych zdefiniowano przy
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
6
pomocy wsprzdnych wewntrznych przedstawionych w pracy Pulay'a [21]. Teoretyczne
widma IR oraz Ramana zostay wygenerowane za pomoc programu AniMol [22] z
wykorzystaniem wynikw oblicze z programu GAUSSIAN 98 W i GAUSSIAN 03 W. Do
przeliczenia teoretycznych intensywnoci Ramana (IR) zastosowaam program komputerowy
RAINT [23].
Opis osigni naukowych
A. Po raz pierwszy w literaturze wiatowej opisane zostay struktury krystalograficzne
siedmiu zwizkw.
4-hydroksybenzenosulfonian 2-aminopirydyniowy (APBS), hybrydowa sl
organiczno organiczna zbudowana z anionu kwasu 4-hydrosybenzenosulfonowego i kationu
2-aminopirydyniowego jest zwizkiem stabilnym, nie wykazujcym temperaturowych przej
fazowych. Z tego powodu badania struktury krystalicznej zostay przeprowadzono jedynie
w temperaturze pokojowej [6 H]. Na podstawie tych bada ustaliam, e kryszta zbudowany
jest z jednego kationu 2-aminopirydyniowego i jednego anionu 4-hydroksybenzeno-
sulfonianowego (Rys.1). APBS krystalizuje w ukadzie jednoskonym o grupie przestrzennej
P21/n (Z = 4). Piercie pirydynowy kationu jest prawie paski, a grupa aminowa z pozycji
2 ley w przyblieniu w jego paszczynie z niewielkim odchyleniem atomu azotu i dwch
atomw wodoru (-0.054(2), -0.26(2) i 0.04(2)). Potwierdzeniem protonowania azotu
piercieniowego jest wiksza wartoci kta C2-N1-C6 (123.4(1)) i mniejszy kt N1-C2-C-3
(117.7(1)). Podobn zmian tych parametrw geometrycznych zaobserwowano
w strukturach salicylanu 2-aminopirydyniowego [24] i benzoesanu 2-aminopirydyniowego
[25]. Anion sulfonianowy ma nieznacznie znieksztacon tetraedryczn struktur podobn
do innych zwizkw zawierajcych ten anion [26]. Dwa wizania wodorowe powstae
pomidzy wodorami azotu piercieniowego i aminowego kationu 2-aminopirydyniowego oraz
atomami tlenu anionu 4-hydroksybenzenosulfonianowego tworz motyw 8-czonowego
piercienia typu R22(8). Wizania powstajce pomidzy grup hydroksylow jednego anionu
z tlenem ssiedniego tworz dwuwymiarow struktur zawierajc wizania O-HO.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
7
Rys. 1. Asymetryczny fragment soli APBS z ponumerowanymi atomami i wizaniami wodorowymi
zaznaczonymi przerywan lini [6 H].
Struktura krysztau wodoroselenianu 2-amino-5-chloropirydyniowego (ACPSe)
[7H] jest zbliona do opisanej wyej struktury APBS. Piercie pirydynowy jest paski,
a podstawniki le prawie w paszczynie piercienia. Jedynie dla atomu azotu aminowego
i atomu chloru odnotowano nieznaczne odchylenie (-0.0009(5), 0.061(4)). Warto kta C2-
N1-C6 (123.0(2)) jest bardzo zbliona do odpowiedniego kta kationu w APBS. ACPSe
krystalizuje w ukadzie jednoskonym podobnie jak APBS, lecz o grupie przestrzennej P21/c
(Z = 4). Obecno grup: OH, NH+ i NH2 silnie ze sob oddziaywujcych, prowadzi do
powstania dwuwymiarowej sieci powizanej wizaniami wodorowymi NHO i OHO
(Rys.2).
Wizania wodorowe typu OHO, pomidzy anionami powoduj tworzenie dugiego
zygzakowego acucha rozcigajcego si wzdu osi b i zoonego jedynie z anionw
(HSeO4-)n. Kationy s natomiast umieszczone pomidzy tymi acuchami i poczone
z anionami wizaniami wodorowymi typu NAHO. W wyniku wzajemnego oddziaywania
anionw i kationw powstaj warstwy lece w paszczynie bc, wzajemnie poczone przez
sabe oddziaywania typu CHO, w ktrych obserwuje si charakterystyczne motywy R24(8)
i R23(10). W rezultacie tworzy si trjwymiarowa struktura [10H].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
8
Rys. 2. Fragment sieci krystalicznej wodoroselenianu 2-amino-5-chloropirydyniowego [7H].
Trzecia z badanych soli pochodnych aminopirydyny - trifluorooctan 2-amino-4-
metylo-3-nitropirydyniowy (PTA) [10H] krystalizuje w ukadzie rombowym i grupie
przestrzennej Pbca (Z=16). Asymetryczna jednostka komrki elementarnej zoona jest
z dwch kationw 2-amino-4-metylo-3-nitropirydyniowych (oznaczonych jako A i B) oraz
dwch anionw trifluorooctanowych (1 i 2). Podobnie jak w przypadku APBS i ACPSe
protonowanie atomu azotu piercieniowego zostao potwierdzone wartoci kta C-N-C,
wynoszcego 123.0(2) i 123.3(2) odpowiednio dla kationu A i B (redni kt dla 2-amino-3-
nitropirydyny wynosi 118.6) [27]. Dugoci wiza i kty s natomiast porwnywalne
z wartociami wyznaczonymi dla innych struktur zawierajcych kation 2-amino-3-
nitropirydyniowy [28-30].
Piercie pirydyny, tak jak dla struktur omawianych wczeniej [6H, 7H], jest w
zasadzie paski, atomy azotu pochodzcego od grupy nitrowej, jak te wgla grupy
metylowej le prawie w paszczynie piercienia, natomiast atomy tlenu grupy nitrowej s
znacznie wychylone poza jego paszczyzn. Kty dwucienne pomidzy paszczyznami
piercienia i tlenami grupy nitrowej s bardzo due i wynosz 55 i 51 dla kationu A oraz 36
dla kationu B. Dla wikszoci badanych struktur pochodnych 2-amino-3-nitropirydyny
odnotowano koplanarn geometri grupy nitrowej lub niewielkie jej skrcenie nie
przekraczajce 10 [27-32]. Przyczyn tak znacznego skrcenia grupy nitrowej
prawdopodobnie jest midzyczsteczkowe oddziaywanie typu CHO midzy wodorami
grupy metylowej i atomami tlenu grupy nitrowej ssiedniego kationu. Atomy wodoru grup
NH2 i NH+ dwch kationw A i B oddziaujc z dwoma anionami 1 i 2 tworz motyw
poczonych wizaniem wodorowym dwch dimerw z wewntrznymi omioczonowymi
piercieniami. Dodatkowo przeciwnie zorientowane grupy NH+ i NH2 angauj si w
midzyczsteczkowe wizanie wodorowe z atomami tlenu ssiednich akceptorowych
anionw karboksylanowych, tworzc w ten sposb motyw wstki rwnolegej do osi a. W
temperaturze pokojowej (293 K) obserwuje si nieuporzdkowanie grupy CF3 anionu
trifluorooctanowego oraz grupy nitrowej kationu amino-metylo-nitropirydyniowego. W fazie
wysokotemperaturowej rwnie atomy tlenu grupy nitrowej kationu A wykazuj nieporzdek
w dwch pozycjach (Rys. 3a) [10H].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
9
a) b)
Rys. 3. Asymetryczna jednostka komrki elementarnej PTA a) w fazie wysokotemperaturowej i b) w fazie
niskotemperaturowej [10H].
W temperaturze 100 K (faza niskotemperaturowa) asymetryczna jednostka jest taka
sama, ale grupa nitrowa w kationie A i trifluorometylowa w anionie 1 zajmuj pozycje
uporzdkowane. Nieporzdek utrzymuje si jedynie w grupie CF3 anionu 2 z nieznacznie
tylko zmienionymi wspczynnikami obsadze. Uporzdkowanie grupy nitrowej w kationie A
powoduje zmniejszenie kta dwuciennego z paszczyzn piercienia pirydynowego (Rys. 3b)
[10H]. Najwaniejsze rnice parametrw geometrycznych badanej soli w temperaturze
pokojowej (HT) i niskiej (LT) zestawiono w tabeli 1.
Tabela 1. Rnice wybranych dugoci wiza i ktw molekuy soli w wysokotemperaturowej
i niskotemperaturowej fazie.
Fragment
molekuy
Kt
Wizanie
HT
[ / deg]
LT
[ / deg]
Kation A CNC 123.0(2) 122.8(2) C-NO2 55 i 51 43 Kation B CNC 123.3(2) 123.1(2) C-NO2 36 35 Anion 1 C-O
1.245(2) 1.222(2)
1.247(2) 1.243(2)
Anion 2 C-O
1.228(2) 1.238(2)
1.241(2) 1.249(2)
Z grupy N-tlenkowych pochodnych pirydyny zbadano struktury krysztaw N-tlenku
2-N-etyloamino-4-nitropirydyny (ENPO) [33] i jego metylowych pochodnych z grup
metylow w pozycji 3 lub 5, tj. N-tlenku 2-N-etyloamino-3-metylo-4-nitropirydyny
(EN3MPO) (Rys. 4b) i N-tlenku 2-N-etyloamino-5-metylo-4-nitropirydyny (EN5MPO)
(Rys. 4a) [11H]. Na podstawie dyfrakcyjnych bada rentgenowskich stwierdzono, i zwizki
te krystalizuj w jednoskonym ukadzie krystalograficznym, a ENPO i EN3MPO rwnie
w tej samej grupie przestrzennej P21/c (odpowiednio Z=16 i Z=4). EN5MPO natomiast,
w grupie przestrzennej P21/n (Z = 4). We wszystkich trzech materiaach piercie pirydynowy
jest paski.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
10
Asymetryczna jednostka ENPO zoona jest z dwu krystalograficznie rnych
czsteczek, poczonych ze sob wizaniami wodorowymi typu NAHO, tworzcymi si
pomidzy wodorem grupy aminowej jednej czsteczki a tlenem grupy N-tlenkowej drugiej
czsteczki. Dugo wizania N-O w grupie N-tlenkowej, wynoszca 1.3153(13) wskazuje,
i wizanie to ma charakter wizania pojedynczego. Grupa nitrowa usytuowana w pozycji
4 jest koplanarna z paszczyzn piercienia pirydynowego, chocia w innych nitrowych
pochodnych N-tlenku pirydyny obserwuje si wyrane jej skrcenie [11H,34,35] .
Wprowadzenie grupy metylowej do piercienia pirydynowego w pozycje 3 lub
5 powoduje odmienne zorientowanie czsteczek w komrce elementarnej. W krysztale
EN3MPO [11H] s one zorientowane rwnolegle wzdu osi a, podczas gdy w EN5MPO
antyrwnolegle wzdu tej samej osi. Upakowanie czsteczek w obu krysztaach jest gwnie
zdeterminowane przez oddziaywania typu van der Waals'a i w mniejszym stopniu przez
wizanie wodorowe. W odrnieniu od ENPO [33] w obu metylowych pochodnych
obserwuje si skrcenie grupy nitrowej w stosunku do piercienia pirydynowego.
Rys. 4. Struktury krystaliczne a) N-tlenku 2-N-etyloamino-5-metylo-4-nitropirydyny, b) N-tlenku 2-N-
etyloamino-3-metylo-4-nitropirydyny [11H].
Jednake z powodu silnego efektu sterycznego podstawnikw w izomerze EN3MPO,
wystpujcych w pozycjach: 1, 2, 3 i 4 oraz znacznie silniejszego oddziaywania sterycznego
grupy metylowej usytuowanej w pozycji 3, kt skrcenia grupy nitrowej jest zdecydowanie
wikszy ni w EN5MPO i wynosi -22.0(3) [11H]. W krysztaach obu izomerw
odnotowano sabe oddziaywanie typu NAHO, pomidzy wodorem grupy etyloaminowej i
atomami tlenu grupy nitrowej ssiednich czsteczek. Badania krystalograficzne wskazuj
rwnie na istnienie do silnych wewntrzczsteczkowych wiza wodorowych
powstajcych na skutek oddziaywania atomu wodoru grupy etyloaminowej z atomem tlenu
grupy N-tlenkowej. W wyniku tych oddziaywa tworz si stabilne picioczonowe
piercienie chelatowe.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
11
W wyniku odtleniania EN3MPO i EN5MPO otrzymaam dwie izomeryczne
pochodne: 2-N-etyloamino-3-metylo-4-nitropirydyn (EN3MP) i 2-N-etyloamino-5-metylo-
4-nitropirydyn (EN5MP), jednake tylko jedna z nich wystpuje w stanie krystalicznym
[36].
2-N-etyloamino-5-metylo-4-nitropirydyna (EN5MP) krystalizuje w ukadzie
trjskonym w grupie przestrzennej
1P (Z = 2) [12H]. Asymetryczna elementarna komrka
EN5MP, podobnie jak komrka N-tleneku 2-N-etyloamino-4-nitropirydyny, zawiera dwie
symetrycznie niezalene czsteczki A i B poczone ze sob wizaniami wodorowymi typu
NAHNP, utworzonymi pomidzy piercieniowym atomem azotu czsteczki A i wodorem
grupy etyloaminowej czsteczki B oraz pomidzy atomem azotu piercieniowego czsteczki
B i wodorem grupy etyloaminowej czsteczki A. Powstae dwa wizania wodorowe tworz
dimer AB z wewntrznym, 8-czonowym piercieniem. Na skutek oddziaywa typu Cpyr-
HO pomidzy atomami tlenu grupy nitrowej czsteczki jednego rodzaju (A), z wodorem
piercienia pirydynowego drugiej czsteczki (A), dimery ukadaj si w dugie wstki o
ukadzie ABBAAB (Rys. 5).
Rys. 5. Obraz fragmentu struktury krystalicznej EN5MP wzdu osi a, pokazujcy wewntrzczsteczkowe
oddziaywania typu N-HN i C-HO (linia przerywana). Czsteczki A s czarne natomiast B czerwone [12H].
Akceptorowe atomy tlenu grupy nitrowej oddziauj rwnie z wodorami grupy
metylowej piercienia pirydynowego z ssiedniej wstki, lecz obydwa rodzaje
oddziaywa charakteryzuj si bardzo ma si. Jednake te oddziaywania w sieci
krystalicznej powoduj, e czsteczki A i B rni si ktem skrcenia grupy nitrowej w
stosunku do paszczyzny piercienia pirydynowego. W czsteczce A ten kt wynosi 25, a w
czsteczce B a 43. Na podstawie pasma CT w widmach elektronowych EN5MP,
oszacowaam kt skrcenia grupy nitrowej na okoo 38 [37].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
12
W 2-piperydylo-5-nitro-6-metylopirydynie (PNMP) zaobserwowaam przemian
fazow, dlatego jej struktury krystaliczne zostay okrelone w obu fazach nisko-
i wysokotemperaturowej [9H]. W temperaturze pokojowej PNMP krystalizuje w ukadzie
tetragonalnym z grup przestrzenn I41/a (Z = 16). Piercie pirydyny przyjmuje konfiguracje
trans w stosunku do piercienia piperydynowego, z ktrym poczony jest wizaniem C-N.
Drgania tego wizania wpywaj na zwikszon mobilno piercienia piperydynowego
wywoujc rotacyjne nieuporzdkowanie w czsteczce, ktre sprawia, e dugoci wiza
w jednostce piperydyny przyjmuj wartoci od 1.300(9) do 1.522(10) . Czsteczki
w komrce elementarnej s upakowane w dwch prostopadych do siebie paszczyznach,
a odlego midzy paszczyznami wynosi okoo 3.50 , co sugeruje moliwo
wystpowania w nich oddziaywa typu - lub CH, mimo i czsteczki te uoone
s antyrwnolegle, a struktura jest centrosymetryczna.
Obnianie temperatury powoduje przejcie fazowe krysztau z ukadu tetragonalnego
do jednoskonego, opisywanego grup przestrzenn I2/a, nie powodujc przy tym zmian
w obrbie fragmentu pirydynowego. W obu fazach pirydyna wraz z podstawnikami NO2
i CH3 wykazuje strukturalne uporzdkowanie, a piercieniowe atomy wgla s tylko
nieznacznie odchylone od paszczyzny. rednia dugo wiza piercienia pirydynowego w
fazie wysokotemperaturowej wynosi 1.369(5) , a kty midzy wizaniami zmieniaj si w
granicach 117.3 123.8. Wyznaczona dugo wizania C-NO2 (1.399(6) ) znacznie
odbiega od dugoci tego wizania w p-nitroanilinie [38]. Odnotowano rwnie nieznaczne
odchylenie od paszczyzny piercienia dla atomw tlenu grupy nitrowej oraz dla atomu wgla
grupy metylowej [9H].
W fazie niskotemperaturowej wystpujcej poniej 170 K asymetryczna jednostka
komrki elementarnej zbudowana jest z dwch jednostek rnicych si nieco konformacj
i poczonych ze sob za pomoc oddziaywania typu C-HO. Bi-molekularna jednostka
powstaje na skutek oddziaywanie pomidzy wodorem piercienia pirydynowego C(3)-H(3)
czsteczki A i tlenem grupy nitrowej czsteczki B, prostopadle uoonych wzgldem siebie
(Rys. 6a). W temperaturze 170 K piercie piperydyny ma konformacj krzesekow, a kty i
dugoci wiza nie odbiegaj od standardowych. Dugo wizania czcego oba piercienie
C(2)-N(11) zmniejsza si w czsteczce A, natomiast zwiksza w czsteczce B. Zmianie
ulegaj rwnie dugoci i kty wiza czcych podstawniki NO2 i CH3 z piercieniem
pirydynowym. Wyhamowanie rotacji w niskiej temperaturze powoduje moliwo
wzajemnego zblienia si czsteczek, powstawanie sabego wizania wodorowego typu
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
13
CHO (Rys. 6a) i kurczenie si komrki elementarnej o okoo 2.3%. W fazie
wysokotemperaturowej dua mobilno fragmentu piperydylowego jest czynnikiem
hamujcym powstawanie wiza wodorowych (Rys. 6b).
a) b)
Rys. 6. Struktura krystaliczna PNMP: a) w fazie niskiej temperatury b) w fazie temperatury pokojowej [9H].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
14
W tabeli 2 przedstawiono podstawowe informacje dotyczce omawianych wyej
struktur krystalicznych.
Tabela 2. Podstawowe dane krystalograficzne badanych pochodnych pirydyny.
Nazwa zwizku
Ukad krystalograficzny
Parametry sieci Grupa przestrzenna Z
ENPNO jednoskony a = 12.678(3) b = 11.591(2) c = 11.535(3)
= 99.88(3) P21/c 8
EN3MPO jednoskony a = 6.8340(14) b = 12.435(3) c = 11.087(2)
= 92.42(2) P21/c 4
EN5MPO jednoskony a = 5.707(1) b = 16.333(3) c = 10.117(2)
= 99.44(2) P21/n 4
EN5MP trjskony a = 8.148(2) b = 9.529(2) c = 11.941(2)
= 85.96(3) = 85.50(3) = 75.76(3)
P1 2
PNMP HT
tetragonalny
a = 13.968(2) b = 13.968(2) c = 23.522()5
= 90 I41/a
16
LT jednoskony a = 13.712(3) b = 23.446(5) c = 13.960(3)
= 92.90(3) I2/a 8
PTA HT
rombowy
a = 11.480(5) b = 10.713(5) c = 36.33(2)
= = Pbca
16
LT rombowy a = 11.381(5) b = 9.643(5) c = 39.34(2)
= = Pbca 16
ACPSe jednoskony a = 11.664(4) b = 5.424(2) c = 14.142(5)
=104.33(4) P21/c (C2h5) 4
APBS jednoskony a = 8.257(3) b = 12.578(4) c = 11.447(4)
=104.26(4) P21/n (C2h2) 4
HT faza wysokotemperaturowa (temperatura pokojowa), LT faza niskotemperaturowa
Wykonaam obliczenia teoretyczne wszystkich wymienionych struktur, a punktem
wyjcia do tych optymalizacji byy wsprzdne atomw pochodzce z danych
rentgenograficznych. Zastosowaam pakiety programowe Gaussian 98W i Gaussian 03W,
otrzymujc bardzo dobr zgodno geometrii obliczonych czsteczek z wyznaczon
eksperymentalnie.
B. Identyfikacja wiza wodorowych w oparciu o badania spektroskopii oscylacyjnej -
relacja do danych rentgenowskich
Wszystkie zwizki dyskutowane w pracach wchodzcych w skad cyklu
monotematycznego zbadaam metodami spektroskopii w podczerwieni i Ramana.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
15
Jednoskony kryszta N-tleneku 2-N-etyloamino-4-nitropirydyny ENPO jest
stabilizowany sieci wiza wodorowych typu N-HO, utworzonych pomidzy atomami
wodoru grupy etyloaminowej i tlenu grupy N-tlenkowej ssiedniej czsteczki [33]. Dugoci
dwu wiza wodorowych tego samego typu wystpujcych midzy czsteczkami w
temperaturze pokojowej 293 K oraz w 105 K wynosz odpowiednio: N-H = 0.839(10)
0.850(17) i 0.928(09) 0.904(17); HO = 2.171(2) 2.125(3) i 2.103(2) 2.045(3); NO =
2.888(2) 2.845 i 2.942(2) 2.885(2) i kty 143.2(12) 142.(2) i 152.9(1) 154.1(3)
[33]. Z danych literaturowych [39-44] wiadomo, e wizania wodorowe typu N-H...O o
dugoci NO w zakresie 2.700 2.800 i ktami 157 178 s uwaane za silne, dlatego
wizania wystpujce w ENPO sklasyfikowaam jako rednio silne w skali ocen wizania
wodorowego tego typu.
Porwnanie widm ENPO w roztworze benzenu i CCl4 z widmami proszkw tego
zwizku pokazuje, e rozszczepienie pewnych pasm wynikajce z obecnoci dwch
odrbnych krystalograficznie czsteczek w krysztale jest nieznaczne i wykazuje zmiany
liczby falowej zaledwie o kilka cm-1. Przykadami takiego rozszczepienia s pasma drga
grupy nitrowej asNO2 (15411546+1539 cm-1), C-NO2 (801802+806 cm
-1). Odmiennie
zachowuj si drgania z udziaem grupy N-H oraz N-O. Pasma tych drga wykazuj bardzo
due rozszczepienie i znaczn zmian liczby falowej przy porwnaniu widm roztworw
i proszkw. Wyjtkowo due przesunicie i rozszczepienie pasma obserwuje si dla drgania
rozcigajcego wizanie N-H grupy etyloaminowej, ktre dla widm ENPO w roztworach
przesuwa si z 3328 cm-1 do 3297 + 3224 cm-1 dla fazy polikrystalicznej. Wyrana zmiana
liczby falowej jest potwierdzeniem zaangaowania atomu wodoru grupy N-etyloaminowej
w wizanie wodorowe - rozszczepienie za wiadczy o istnieniu dwch wiza wodorowych
o rnej mocy. Silniejsze wizanie wodorowe przesuwa liczb falow drgania rozcigajcego
ku niszym wartociom, zwiksza intensywno integraln oraz szeroko pasma [45-47].
W analizowanych widmach, pasmo charakteryzujce si nisz liczb falow (3224 cm-1),
lecz wiksz intensywnoci integraln i szerokoci zostao przypisane do duszego
wizania N(13)-H(13a). Drugie pasmo przy 3297 cm-1 odnosi si do wizania N(3)-H(3a)
[33].
Drugim bardzo charakterystycznym drganiem wizania N-H jest jego drganie
zginajce poza paszczyzn, tzw. drganie wachlarzowe. Drganie to zachowuje si
w odmienny sposb ni drganie rozcigajce; im wiksz si wykazuje wizanie wodorowe
tym jego liczba falowa bardziej wzrasta. W widmach ENPO pasmo drga zginajcych poza
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
16
paszczyzn (N-H)HB pojawia si przy 689 cm-1 dla silniejszego i przy 639 cm-1 dla
sabszego wizania wodorowego. Porwnujc pasma powyszych drga w widmach
wykonanych w temperaturze pokojowej i w 8 K, zaobserwowaam znaczn zaleno od
temperatury wycznie silniejszego wizania wodorowego. Z analizy wynika, i w przypadku
silniejszego z wiza N-H, liczby falowe drga rozcigajcego i wachlarzowego znacznie
przesuwaj si w typowy sposb: 32243203 cm-1 i 689704cm-1. Z tak duego
przesunicia pasm wysnuam wniosek, e sia wizania wodorowego wzrasta wskutek
obniania temperatury.
Analiza zmierzonych widm IR i Ramana potwierdza struktur krystaliczn
wyznaczon metod rentgenograficzn, wyranie wskazujc obecno
midzyczsteczkowych wiza wodorowych.
Kolejne dwa zwizki: N-tlenek 2-N-etyloamino-3-metylo-4-nitropirydyny
(EN3MPO) i N-tlenek 2-N-etyloamino-5-metylo-4-nitropirydyny (EN5MPO), zasadniczo
rni si od omawianego wczeniej [33] jedynie podstawieniem jednego z atomw wodoru
piercieniowego grup metylow [11H]. Okazuje si jednak, e piercieniowa grupa
metylowa w istotny sposb zmienia struktur czsteczki oraz oddziaywania pomidzy
czsteczkami. Badania rentgenograficzne wskazuj na znacznie silniejszy efekt steryczny tej
grupy w stosunku do ssiedniej grupy nitrowej w EN3MPO ni w izomerze z grup metylow
w pozycji 5 - EN5MPO. Miar tego efektu jest kt skrcenia grupy nitrowej podstawionej
w pozycji orto w stosunku do grupy metylowej w piercieniach pirydynowych obu
izomerw, ktry dla EN3MPO jest znacznie wikszy (-22.0(3)). Dane XRD wskazuj
rwnie na obecno wizania wodorowego, jednak to oddziaywanie ma zdecydowanie inny
charakter ni w przypadku ENPO[33]. S to wewntrzczsteczkowe wizania (OH) o
dugociach 2.139(13), 2.071(16) i ktach (NA-HO) 110.6, 109.3, odpowiednio dla 5-
i 3-metylo izomeru. Chocia w strukturze krysztau EN5MPO zaobserwowaam rwnie
midzyczsteczkowe wizania wodorowe typu NAHO powstajce pomidzy wodorem
grupy etyloaminowej i tlenem grupy nitrowej, to geometria silniejszego z tych wiza
wskazuje na jego sab si (NO3i 3.259, NO2
i 3.389 i N-HO3i 113.4) [11H]. W
EN3MPO najkrtszy tego typu kontakt NO3i wynosi 3.818 i nie moe by rozwaany
jako wizanie wodorowe. Tak wic za przesunicie drga wizania N-H grupy aminowej w
obu przypadkach odpowiedzialne jest wewntrzczsteczkowe wizanie wodorowe. W
widmach IR i Ramana obu badanych izomerw obserwowane jest przesunicie w kierunku
niszych liczb falowych i poszerzenie pasm drga rozcigajcych wizanie N-H, wiadczce
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
17
o obecnoci wizania wodorowego. Pasmo drgania rozcigajcego (N-H) pojawia si
w widmie IR EN3MPO przy 3225 cm-1, natomiast dla izomeru z grup metylow w pozycji 5,
przy 3338 cm-1. Pasma drga deformacyjnych zachowuj si w odmienny sposb: liczby
falowe drga zginajcych ulegaj podwyszeniu wraz ze wzrostem siy tego oddziaywania.
Szerokie pasma drga zginajcych poza paszczyzn s obserwowane w widmach IR przy
658 i 568 cm-1, odpowiednio dla 3-metylo- i 5-metylopochodnych. Rnica pomidzy
liczbami falowymi drga obu izomerw wynosi 113 i 90 cm-1 odpowiednio dla drgania
rozcigajcego i zginajcego poza paszczyzn. Wielko przesunicia pasm drga
rozcigajcych NH w obu izomerach potwierdzaj badania XRD, ktre jednoznacznie
wskazuj na silniejsze oddziaywanie w 3-metylowym izomerze.
W reakcji odtleniania otrzymaam dwie metylowe pochodne 2-N-etyloamino-4-
nitropirydyny [36]. Poniewa 3-metylowa pochodna w temperaturze pokojowej jest cieka,
badania skoncentrowaam na 2-N-etyloamino-5-metylo-4-nitropirydynie (EN5MP), dla
ktrej okrelono struktur rentgenowsk [12H]. Badania XRD dostarczyy informacji
o wystpowaniu dwu rodzajw oddziaywa typu midzyczsteczkowego wizania
wodorowego w komrce elementarnej. S one zwizane z oddziaywaniem atomu wodoru
grupy etyloaminowej z azotem piercienia pirydynowego (NAHNP), oraz atomw tlenu
grupy nitrowej z wodorami grupy metylowej i wodorem piercienia pirydynowego (CH).
W tych pierwszych, odpowiadajcych za powstawanie dimerw AB, odlegoci midzy
donorem i akceptorem protonu wynosz odpowiednio: NANP = 3.135 i 3.143 [12H].
Podobnie tworzone s dimery w krysztaach 2-aminopirydyny [48], 2-amino-3-nitropirydyny
[27,28] i 2-amino-4-nitropirydyny [49], dla ktrych odlegoci NN wynosz 2.96 3.07 i
s nieznacznie krtsze w porwnaniu z obserwowanymi w badanym zwizku. Tego typu
oddziaywania znajduj odbicie w widmach IR w postaci charakterystycznych, szerokich
pasm obserwowanych w zakresach, w ktrych oczekiwane s drgania NHHB. Wykonane
przeze mnie obliczenia DFT dla dimeru, uwzgldniajce oddziaywania HB, daj nastpujce
wartoci liczb falowych drga grupy NH: (NH)HB przy 3275, 3260 cm-1; (NH)HB przy
1576, 1562, 1536, 1450 cm-1; (NH)HB przy 617, 619, 633, 670 cm-1, a (HN) przy 81 i 57
cm-1 (Rys. 7) [12H]. Szerokie kontury pasm HB, eksperymentalnego widma IR,
obserwowane w regionach 3100-3600, 1250-1700, 450-650 i 50-200 cm-1 rozoyam na kilka
skadowych funkcji Lorenza. Pasma przy 3490, 3263 i 3174 cm-1 przypisaam odpowiednio
do drga s, as i nadtonu 2 s grupy NH w podwjnym systemie wiza NAHNP. Multiplet
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
18
z zakresu drga zginajcych poza paszczyzn zbudowany z typowych trzech skadowych z
maksimami przy okoo 630, 560 i 480 cm-1, odpowiada za drgania poza paszczyzn
omioczonowego piercienia utworzonego przez dwa wizania wodorowe NAHNP
pomidzy A i B czsteczkami EN5MP. W obszarze 50 200 szerokiemu sabemu pasmu
mona przypisa drgania rozcigajce HN oraz pewne drgania sieci.
Rys. 7. Wizualizacja obliczonego, rozcigajcego drgania wodorowego NAHNP., czcego dwie molekuy
EN5MP (RS (HN) = 81 cm-1) [12H].
Do oszacowania siy tych wiza zastosowaam dwie metody: kryterium Novaka [50]
oraz obliczenia NBO (Natural Bond Orbital). Analizujc obliczenia NBO zaobserwowaam
wyran zmian gstoci elektronowej na atomach azotu monomerw A i B w utworzonym
dimerze. Obnienie wartoci gstoci elektronowej zaobserwowaam rwnie na atomach
wodoru uczestniczcych w wizaniu wodorowym. Oddziaywanie pomidzy woln par
elektronow atomu azotu pirydynowego i niewicymi orbitalami *(C-C) jest wyraone
wielkoci energii stabilizacji E(2) rwnej 10.02 i 9.78 kcal/mol dla odpowiedniego wizania.
Na skutek tworzenia si wizania wodorowego pojawia si oddziaywanie pomidzy woln
par elektronow azotu piercieniowego i niewicym orbitalem *(NA-H) o podobnej
wartoci 10.57 kcal/mol, wiadczcej o powstaniu redniej mocy wizania wodorowego. Do
podobnej konkluzji prowadzi analiza algorytmem Novaka [50].
Mimo, i badanie XRD sugeruje istnienie oddziaywa drugiego typu tj. CHO,
to odlegoci (CO) pomidzy atomami wgla grupy metylowej i wgla piercieniowego
z pozycji 3 oraz atomami tlenu grupy nitrowej ssiednich czsteczek lub ssiednich wstek
s zdecydowanie wiksze i wynosz okoo 3.5 , chocia dla 2-amino-5-nitropirydyny [51] i
2-N,N-dietyloamino-5-nitropirydyny [52] mieszcz si w przedziale 2.63 2.74 . Tak due
wartoci odlegoci (CO) sugeruj, e tego typu oddziaywanie nie powinno wpywa na
ksztat i przesunicia pasm drga CH w widmach. Sabe pasma obserwowane w widmach IR i
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
19
Ramana przy 3025 (3032) oraz 3098 (3107) cm-1, odpowiedzialne za drgania (CH)
piercienia pirydynowego le w typowym obszarze tego rodzaju drga dla wolnej
pirydyny [53]. Rwnie pasma drga grupy nitrowej le w typowych dla nitrowych
pochodnych pirydyny zakresach [10H, 9H, 54, 55]. wiadczy to o braku oddziaywa tego
typu w badanym materiale.
Zbadaam wpyw rozpuszczalnika na przesunicie pasm w widmach UV/VIS czterech
izomerycznych metylo-nitro- pochodnych 2-N-metyloaminopirydyny, w ktrych grupa
nitrowa i metylowa zajmoway nastpujce pozycje: 4,3; 4,5; 5,3 i 3,5 [4H]. Spodziewaam
si, e znajdujce si w rnym usytuowaniu piercienia pirydynowego podstawniki
o waciwociach elektrono-donorowych i elektrono-akceptorowych mog tworzy wewntrz-
lub midzyczsteczkowe wizania wodorowe. Pomiary widm wykonaam w stanie staym,
rozproszonym w Nujolu i w roztworach trzech rnicych si polarnoci rozpuszczalnikw:
n-heptanu, acetonitrylu i alkoholu etylowego. Badania eksperymentalne porwnaam
z obliczeniami kwantowo chemicznymi dla form syn i anty kadego z izomerw. Do oblicze
optymalizacji czsteczek i stanw singletowych zastosowaam dwie metody: B3LYP
i MPW1PW91 na poziomie 6-31 z funkcj polaryzacji G(d,p), z ktrych ta pierwsza daa
wyniki bardziej zblione do eksperymentalnych. Najlepsze zgodnoci pomidzy
eksperymentem i obliczeniami otrzymaam dla widm w roztworach n-heptanu, a najgorsze dla
widm w Nujolu, w ktrych oddziaywania midzyczsteczkowe typu HB s odpowiednio
najsabsze i najsilniejsze. Najmniej wraliw na zmian polarnoci rozpuszczalnika okazaa
si 2-N-metyloamino-5-metylo-3-nitropirydyna, pochodna z wewntrzczsteczkowym
wizaniem wodorowym pomidzy protono-donorow grup N-metyloaminow i protono-
akceptorow grup nitrow.
W przeciwiestwie do imidazolowych pochodnych pikolin [56,57], ktrych struktury
krystaliczne i oddziaywania pomidzy molekuami zostay w wikszoci przypadkw
zbadane metod XRD i potwierdzone badaniami spektroskopowymi, wystpowanie
podobnego typu oddziaywa w 5-, 6- i 7-metylowych pochodnych 1,2,3-triazolo[4,5-
b]pirydyny oparam jedynie na obliczeniach kwantowo chemicznych, widmach IR i Ramana
oraz analogii do podobnych pocze [5H]. Obliczenia DFT przeprowadzone, dla
izolowanych czsteczek 7MTP, 6MTP, 5MTP w stanie gazowym, lokuj wartoci liczb
falowych drgania rozcigajcego wizanie NH w regionie 3487 3526 cm-1. Drugie
charakterystyczne drganie (NH) oczekiwane jest w obszarze 698 707 oraz 458 531 cm-1,
przy znacznym procentowym ich udziale w funkcji PED.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
20
W eksperymentalnych widmach IR w obszarze okoo 3000 cm-1 zaobserwowaam
bardzo szerokie pasmo o maej intensywnoci., ktrego kontur rozciga si od ok. 3200 do ok.
1600 cm-1. Taki ksztat widma jednoznacznie wskazuje na oddziaywania typu wizania
wodorowego. Z bada XRD imidazolowych analogw [56,57] wynika, e powstaj wizania
wodorowe pomidzy atomem wodoru grupy aminowej NH piercienia imidazolowego i
atomem azotu piercienia pirydynowego (NI-HNP) o odlegoci midzy donorem i
akceptorem 2.795(3) 2.869(25) . Szeroki kontur obserwowany w zakresie 3200 1600
cm-1 rozoyam za pomoc funkcji Lorentza na 4 komponenty przy 3035 3090, 2700
2750, 2450 2515 i 1750 1830 cm-1. Trzy z nich tworz typowy kontur ABC wynikajcy z
rezonansu drgania rozcigajcego wizania wodorowego (NHN) i nadtonu 2(NHN).
Czwarty skadnik wskazuje na istnienie 2 nastpujcych typw wiza HB, w ktrych
uczestnicz atomy azotu zarwno piercienia pirydynowego jak i triazolowego: NTHNT i
NTHNP. Oczekiwany nadton 2(NHN) pojawi si w zakresie 1750 1850 cm-1 i jest to C-
skadnik rozoonego konturu wizania wodorowego.
Wizania (NH) zazwyczaj pojawiaj si jako wyrane pasma w widmach IR i jako
sabe w widmach Ramana w obszarze 500 1000 cm-1. Dla badanych zwizkw
zaobserwowaam szerokie, o redniej intensywnoci pasma IR i sabe Ramana (wartoci
podane w nawiasie) przy 901(870), 936(880) i 900(886) cm-1 odpowiednio dla izomerw 5, 6
i 7MTP. W obszarze niskich czstoci w przedziale 70 150 cm-1 pewne pasma przypisaam
drganiom rozcigajcym wizanie (NHN).
Dla oszacowania siy wiza wodorowych zastosowaam analiz Novaka [50], ktra
opiera si na zalenoci: 0-/R-R0, gdzie 0 odpowiada liczbie falowej pasma rozcigajcego
drgania wolnego wizania NH (np. z oblicze DFT), - to liczba falowa pasma tego
drgania, obserwowana w widmie IR, a R0 i R odpowiednio dugoci wizania N-H. Na
podstawie oblicze DFT widm IR oraz Tabeli 1 i Rys 7 z [50] oszacowaam si wiza
wodorowych dla niektrych badanych zwizkw. Dugoci wiza HA i wartoci liczb
falowych drga rozcigajcych (NH) i zginajcych poza paszczyzn (NH), dla wybranych
pochodnych, zostay zebrane w tabeli 3.
Z danych krystalograficznych krysztau PNMP [9H] w fazie niskotemperaturowej
(pomiar w 170 K) wynika, e jego struktura jest stabilizowana sabymi
midzyczsteczkowymi wizaniami wodorowymi typu C-HO, powstajcymi na skutek
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
21
oddziaywania atomu wodoru piercienia pirydynowego oraz atomu tlenu grupy nitrowej
nalecych do dwch czsteczek o odmiennej konformacji.
Tabela 3. Obliczone dugoci wizania N-H i liczby falowe pasm drga rozcigajcych i zginajcych poza
paszczyzn wizania N-H dla wybranych zwizkw.
Zwizek Obliczona dugo
wizania N-H []
Liczba falowa
pasma (N-H) [cm-1]
Liczba falowa
pasma (N-H) [cm-1]
5MTPa 1.316 - (3188) 901 (870) 6MTPa 1.492 3160 (-) 936 (880) 7MTPa 1.819 3124 (3116) 900 (886) 5MIPb 1.281 2850 2500 876 (874) 6MIPb 1.405 2890 2500 875 (874) 7MIPb 1.508 2850 2500 867 (858) EN5MPc 1.135
1.182 3490 3262
560 630
W nawiasach podano wartoci liczb falowych z widm Ramana. a [5H], b [56], c [12H]
Wyznaczone dugoci wiza w systemie wizania wodorowego C(3a)-H(3a)O(1b),
wynosz: d(D-H) 1.02; d(HA) 2.56; d(DA) 3.328 , a kt DHA 131.6 [9H], co
wskazuje, i jest to sabe oddziaywanie. Jednake istnienie nawet sabej interakcji tego typu,
znajduje potwierdzenie w analizie zalenoci temperaturowych widm IR, w ktrych
zaobserwowaam rozszczepienie pasm pochodzcych od drga wizania C-H
zaangaowanego w tworzenie wizania HB. W temperaturze okoo 200 K, przy przejciu od
tetragonalnej do jednoskonej struktury krysztau PNMP nastpuj rozszczepienia pasm
pochodzcych od drga wizania C-H zaangaowanego w wizanie wodorowe typu CHO.
Rozszczepienia tych pasm obserwowane s przy: 30103016+3008, 13691378+1370
oraz 244254+248 cm-1 i powstaj w trakcie przejcia fazowego w temperaturze okoo 200-
240 K [9H]. Niewielkie zmiany liczb falowych pasm drga wizania C-H, wskazuj na
przynaleno tego wizania do grupy sabych wiza wodorowych.
Analiza widm serii metylowych pochodnych 5-nitro-2-pirydynotionw [8H], z grup
metylow w pozycjach: 3 3MPT, 4 4MPT oraz 6 6MPT, potwierdzia istnienie wiza
wodorowych w tych zwizkach. Szerokie pasma o charakterystycznym konturze wystpujce
w widmach IR w regionie 3500 2500 cm-1 sugeroway istnienie wiza wodorowych. Dwie
gwne, szerokie skadowe z maksimum przy okoo 2800 i 3050 cm-1, powstae z rozoenia
pasma, przypisaam drganiom rozcigajcym dwch typw wiza wodorowych: NHO i
NHS, powstajcych pomidzy grupami: pirydyniow N-H oraz nitrow NO2 i tionow C=S.
Potwierdzeniem tego typu oddziaywa we wszystkich trzech izomerach s szerokie ta
wystpujce w zakresie 1200-1300 cm-1, ktrych pochodzenie naley wiza z drganiami
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
22
zginajcymi w paszczynie (N-HS) lub (N-HO) oraz szerokie pasma wystpujce w
zakresie 90-130 cm-1, odpowiadajce drganiom rozcigajcym wiza wodorowych
(NHO) i (NHS) [8H]. Pozycje tych pasm s zgodne z opisanymi w literaturze
podobnymi wizaniami wodorowymi [50, 58-61].
W obliczeniach wykonanych dla trifluorooctanu 2-amino-4-metylo-3-
nitropirydyniowego (PTA) uwzgldniam oddziaywania pomidzy dwiema czsteczkami
soli [10H]. W oparciu o wsprzdne atomw pochodzcych z bada rentgenowskich
obliczyam geometri dimeru zoonego z dwch kationw pirydyniowych i dwch anionw
trifluorooctanowych, poczonych ze sob sieci wiza typu NPHO i NAHO. Wykonanie
oblicze dla dimeru, w ktrym uwzgldniono oddziaywania midzyczsteczkowe, znacznie
poprawio zgodno wartoci obliczonych liczb falowych drga wiza zaangaowanych
w oddziaywania typu HB z wartociami eksperymentalnymi. Wartoci teoretycznych liczb
falowych drga (NPHO) i (NAHO) rwne 2441 i 2235 cm-1 odpowiadaj szerokiemu
pasmu eksperymentalnemu w zakresie 2500 2000 cm-1. Analiza zalenoci
temperaturowych widm IR i Ramana wykazaa istnienie efektw temperaturowych szeregu
pasm. Zwizane s one z drganiami grup NP-H i NA-H sprzonych z atomami tlenu anionu
poprzez wizania HB oraz z hamowaniem rotacji grupy CF3 w pobliu 160 K (przejcie
fazowe). Dla czci z nich zaobserwowaam wzrost liczb falowych a dla innych
rozszczepienie na dwie skadowe [10H].
Badanie rentgenowskiej struktury 4-hydrosybenzenosulfonianu 2-aminopirydy-
niowego (APBS) dostarczyo informacji o istnieniu sieci wiza wodorowych czcych
kationy 2-aminopirydyniowe z anionami 4-hydroksybenzenosulfonianowymi [6H].
Rys. 8. Obraz oddziaywania typu wizania wodorowego N-HO i O-HO wystpujcego w krysztale 4-
hydrosybenzenosulfonianu 2-aminopirydyniowego [6H].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
23
Mona wyrni dwa typy takich oddziaywa (Rys. 8). W pierwszym, kation 2-
aminopirydyniowy posiadajcy dwa fragmenty protono-donorowe: pirydyniowy NPH oraz
aminowy NAH2, oddziauje z grup HSO3- anionu 4-hydroksybenzenosulfonianowego
tworzc sie wiza wodorowych typu N-HO o rnej dugoci: NPO1=2.755,
NAO2=2.911(2) i NAO3i=2.877(2) [6H]. Drugi typ wiza wodorowych powstaje na
skutek oddziaywania pomidzy fragmentami dwch czsteczek anionu, tj. midzy grup
hydroksylow w pozycji 4 piercienia benzenowego jednej czsteczki oraz atomem tlenu
ssiedniej i jest najkrtszym wizaniem wystpujcym w krysztale tej soli (OO=2.718(2)).
W widmie IR badanego zwizku w obszarze drga rozcigajcych grupy aminowej
zaobserwowaam szerokie pasmo z wyranie oddzielonymi skadowymi przy 3351, 3224
i 3171 cm-1. Pasmom tym przypisaam drgania rozcigajce nastpujcych wiza: NA-
HO2, NA-HO3 oraz najsilniejszego NP-HO1. Oscylacje grupy aminowej s wzajemnie
przesunite, poniewa opisuj nierwnocenne wizania wodorowe grupy aminowej z dwoma
ssiednimi anionami sulfonianowymi. Opisane powyej wizania mog by rozwaane jako
rednio silne wizania wodorowe. W obszarze drga deformacyjnych w paszczynie (N-
H)HB i poza paszczyzn (N-H)HB zaobserwowaam szerokie to odpowiednio w zakresie
1000-1700 cm-1 z maksimum przy okoo 1400 cm-1 i szeroki kontur w obszarze 1100-1300
cm-1. Podobnie szerokie pasma zaobserwowaam dla drga wizania wodorowego drugiego
typu, tj. O-HO. rednio silne wizanie wodorowe O-HO zidentyfikowaam na podstawie
nastpujcych pasm: (O-H)HB przy okoo 2860 cm-1, (O-H)HB w regionie 1200 1300 cm
-1,
i (O-H)HB przy 520 600 cm-1 Pasma drga rozcigajcych wizanie wodorowe (OHN)
i (OHO) rozpoznaam w regionach 90 120 i 100 130 cm-1.
Analogiczne rodzaje midzyczsteczkowych wiza wodorowych znaleziono
w kolejnej badanej soli - wodoroselenianie 2-amino-5-chloropirydyniowym (ACPSe) [7H].
Podobnie jak w APBS, najkrtsze z tych wiza powstaje pomidzy protono-donorow grup
pirydyniow NPH i tlenem anionu wodoroselenianowego, a odlego NO wynosi 2.806 .
Trzy pasma drga rozcigajcych wizania (N-H)HB zidentyfikowaam na podstawie
rozkadu na skadowe Lorenza, a przypisanie im odpowiednich wiza dokonaam w oparciu
o zaleno czstoci drgania od dugoci odpowiedniego wizania (Rys. 9.). Najkrtszemu z
nich przypisaam pasmo drga (NPHO) przy 3235 cm-1, a drganiom rozcigajcym
wizania (NAHO), czcym grup aminow kationu z atomami tlenu ssiednich anionw
wodoroselenianowych, o dugoci 2.873 i 2.921 , pasma przy 3298 i 3351 cm-1. Liczby
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
24
falowe drga zginajcych w paszczynie i poza paszczyzn przypisaam, podobnie jak dla
poprzednich soli, na podstawie klasycznej teorii wizania wodorowego [50, 58-61], jak te w
oparciu o dane uzyskane z oblicze kwantowo chemicznych. Pasma drga deformacyjnych w
paszczynie zoone z mieszanych drga (NP-H) i (NA-H) le przy 1661, 1648, 1622 i
1487 cm-1, natomiast pasma drga poza paszczyzn przy 1071 i 716 cm-1 [7H].
Rys. 9. Zaleno dugoci wizania wodorowego N-HO i liczb falowych pasm obserwowanych
w eksperymentalnym widmie IR soli ACPSe. Rozkad Lorenza konturu pasma IR w regionie 3200 3400 cm-1
[7H].
Czsteczki ACPSe dodatkowo poczone s drugim typem wiza wodorowych,
tj. czcych ze sob dwa aniony poprzez oddziaywanie grupy hydroksylowej jednego
fragmentu anionowego z atomem tlenu drugiego (Rys. 10).
Rys. 10. Upakowanie w krysztale wodoroselenianu 2-amino-5-chloropirydyniowego. Przerywane i kropkowane
linie wskazuj wizania wodorowe i krtkie kontakty [7H].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
25
W tabeli 4 zestawiam podstawowe dane krystalograficzne i spektroskopowe
charakteryzujce wizania wodorowe w badanych w ramach pracy habilitacyjnej zwizkach.
Tabela 4. Geometria wizania wodorowego i wartoci liczb falowych drga rozcigajcych i zginajcych poza
paszczyzn w wybranych zwizkach.
Zwizek Typ wizania d(DA) [] kt DHA[] [cm-1] [cm-1]
ENPO N-HO
HB 2.888 2.942
142.2 154.1
3224 3297
689 639
EN3MPO N-HO IHB 2.071 109.3 3225 658 EN5MPO N-HO IHB 2.139 110.6 3338 568 EN5MP
NA-HNP HB 3.135 3.143
176 3262 600 500
PTA NP-HO NA-HO NA-HO
HB IHB
2.658 2.668 2.851 2.863 2.826 2.856 2.712 2.904
175 178 140 178 112 125
2500 2000 3322
1085 674
APBS NP-H...O NA-HO
HB 2.755(2) 2.911(2) 2.877(2)
167(2) 167(2) 167(2)
3171 3224 3351
1100 1300
O-HO 2.718(2) 168(2) 2850 520 600 ACPSe NP-HO
NA-HO O-HO
HB
2.806 2.873 2.921 2.617
171 159 172 169
3235 3298 3351 2468
715 1071 572
HB - wizanie midzyczsteczkowe, IHB - wizanie wewntrzczsteczkowe
C. Identyfikacja form tautometrycznych
Zastosowanie spektroskopii IR, RS i oblicze teoretycznych pozwolio okreli formy
tautomeryczne metylowych pochodych 1,2,3-triazolo[4,5-b]pirydyny, zsyntezowanych wg
metody opisanej w pracy [62]. Stwierdziam, i 5-metylo-1,2,3-triazolo[4,5-b]pirydyna
(5MTP) i 7-metylo-1,2,3-triazolo[4,5-b]pirydyna (7MTP) wystpuj w tautomerycznej 3H
formie, podczas gdy 6-metylo- izomer (6MTP) istnieje w postaci mieszaniny tautomerw 1H
i 3H [5H]. Imidazolowe analogi badanych triazolopirydyn byy rwnie badane w oparciu
o metody obliczeniowe, spektroskopie IR i Ramana oraz w przypadku 5-metylo-1,2,3-
imidazo[4,5-b]pirydyny (5MIP) badania rentgenograficzne. Te ostatnie pozwoliy
jednoznacznie okreli form tautomeryczn dla 5MIP jako 1H-5MIP. Dla dwu pozostaych
izomerw 6MIP i 7MIP okrelenia waciwej formy dokonano na podstawie widm i oblicze
kwantowo chemicznych. Okrelono 1H- tautomeryczn form dla 5- i 6- metylo-
pochodnych, natomiast 3H- form dla izomeru z grup metylow w pozycji 7 [56].
Stwierdzilimy, e w metyloimidazolopirydynach (MIP) i metylotriazolo-
pirydynach (MTP) znaczny wpyw na miejsce usytuowania wodoru w imidazolowej i
triazolowej grupie NH wywiera pozycja grupy metylowej w piercieniu pirydynowym
[56,57,5H]. Przy okrelaniu waciwej formy tautomerycznej triazolowych pochodnych,
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
26
pomocne okazao si porwnanie eksperymentalnych widm IR i Ramana 1H-triazolo[4,5-
b]pirydyny (1H-TP) z widmami obliczonymi dla obu tautomerw. Najwiksze rnice
zaobserwowaam midzy liczbami falowymi drga rozcigajcych piercieni pirydynowego
(P), triazolowego (T) oraz drgania oddychajcego obu piercieni (P+T), zmierzonymi dla 1H i
obliczonymi dla 3H-tautomeru. Rnice te dla tautomeru 3H wahay si od 8 do 45 cm-1,
podczas gdy dla tautomeru 1H nie przekraczay 10 cm-1, dlatego te drgania stay si kryterium
dla identyfikacji struktury nowych metylowych pochodnych, o nieznanej strukturze
krystalograficznej. Porwnanie obliczonych liczb falowych drga rozcigajcych grup
metylow i drga piercienia pirydynowego, nie dostarczyo spektralnego dowodu na wpyw
miejsca podstawienia grupy metylowej w piercieniu pirydynowym na powstawanie
okrelonej odmiany tautomerycznej. Kolejnym podejciem byo porwnanie widm 3H-
tautomerw 5MTP i 7MTP z 1H-TP i 1H- 6MTP. Zaobserwowaam, e pewne pasma drga
pojawiajce si w 1H-tautomerach nie wystpuj w 3H-formach lub s znacznie przesunite.
Dla formy 1H s to pasma (): 1260 1265; ()+ (CH): 925 935; (): 775 786;
(): 636 650, 458 463 i 268 272 cm-1. Odpowiadajce im pasma pojawiaj si w
widmie 3H tautomeru s zdecydowanie przesunite i wystpuj przy: (): 1277 1296;
()+ (CH): 841 845; (): 703 754; (): 609 620, 477 496 i 302 322 cm-1.
Nastpstwo energetyczne pasm takich drga moe stanowi kryterium spektroskopowe
identyfikacji struktury tautomerycznej badanego materiau z grupy triazolopirydyn.
Odrbn grup pochodnych pirydyny stanowi zsyntezowane wg metody Talika [63]
trzy metylowe izomery 5-nitro-2-pirydynotionw z grup metylow w pozycjach 3, 4 lub 6
[8H]. Wczeniejsze badania pochodnych merkaptopirydyny wskazyway na moliwo
wystpowania tych pocze w dwch tautomerycznych formach: tiolowej lub tionowej [64-
67]. Krystalograficzne badania kilku tionw azotowych heterocykli pokazyway, e
uprzywilejowan form tautomeryczn w stanie staym jest forma tionowa [64].
Santhayanarayana [65] sabe pasmo IR i odpowiadajce mu silne pasmo w widmie Ramana
lece w regionie 2500 2600 cm-1 przypisa drganiu rozcigajcemu (SH). Kirshnakumar
[66] bardzo sabe pasmo wystpujce przy 2517 cm-1 przypisa do drga rozcigajcych
(SH) 2-merkaptopirymidyny, mimo i nie zaobserwowa w tym obszarze pasma w widmie
Ramana. Przy zblionej wartoci 2580 cm-1 sabe pasmo w widmie IR zostao przypisane
pasmu (SH) w 2-tiolopirydynie [67]. Analiza widm absorpcyjnych w podczerwieni i
Ramana wsparta obliczeniami kwantowo chemicznymi DFT obydwu form tautomerycznych
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
27
pozwolia rozstrzygn, ktra z nich dominuje w staych 2-merkapto-5-nitropikolinach-3, -4
lub -6 [8H]. Obliczone liczby falowe rozcigajcych drga grupy tiolowej (S-H) w
izomerach 3-, 4- i 6-metylowych wynosz odpowiednio: 2648, 2648, 2649 cm-1, jednak
bardzo sabe pasma drga w widmach eksperymentalnych IR i Ramana, lece w regionie
2520 2650 cm-1, nie mogy by przypisane wycznie tym drganiom, poniewa w tym
obszarze s rwnie obserwowane nadtony i drgania kombinacyjne. Rwnie w regionach
pasm drga zginajcych (900, 500, 300 cm-1) pojawiaj si silne pasma drga z duym
wkadem drga piercienia pirydynowego. Porwnujc widma eksperymentalne i obliczone
dla formy tionowej wywnioskowaam, e to wanie w tej formie wystpuj badane zwizki.
Brak czystych pasm odpowiadajcych drganiom (S-H), a pojawiajce si w widmach pasma
przy 1070 1092, 730 750 i 208 231 cm-1, wiadcz o obecnoci drga (C=S), (C=S) i
(C=S) [8H]. Przypisanie tych pasm drganiom grupy tionowej znajduje potwierdzenie
zarwno w obliczeniach teoretycznych, jak te w wynikach wczeniejszych bada
eksperymentalnych [67-69]. Wyniki bada pirydynotionw potwierdzaj, e spektroskopia
IR i Ramana stanowi efektywne kryterium w okrelaniu form tautomerycznych.
D. Mechanizm przemian fazowych w pochodnych pirydyny
Zostay wykonane pomiary rnicowej kalorymetrii skaningowej dla szeregu
pochodnych pirydyny. Dla 2piperydylo-5-nitro-6-metylopirydyny (PNMP) [9H] badanej w
zakresie 100 295 K zaobserwowaam wyrane anomalia przy okoo -40 C (~233 K) i -72.4
C (~200 K) podczas ochadzania prbki w tempie 20 C/min oraz przy -35.5 C (~238 K) i
69.0 C (~204 K) podczas jej ogrzewania. Charakter tych anomalii sugeruje, i efekty te maj
cig i quasi cig natur. Badania zalenoci temperaturowych widm Ramana i IR
wykonanych w zakresie 4 295 K pokazuj wyrane rozszczepienia pasm szeregu drga na
dwie lub trzy skadowe, lub widoczne przesunicia ich maksimw. Zmiany, ktre
zaobserwowaam przy okoo 240, 200 i 100 K dotycz pasm drga grupy metylowej
podstawionej w pozycji 6 piercienia pirydynowego, np. rozszczepienie pasm drga
zginajcych w paszczynie przy 14721472 + 1467, 14311434 + 1427, 11641176 +
1163 cm-1. W temperaturze okoo 200 K, podczas przemiany fazowej, zaobserwowaam
rwnie rozszczepienie pasm drga wiza C-H piercienia pirydynowego (30103016 +
3008, 13691378 + 1370 i 244254 + 248 cm-1), ktre mona czy z oddziaywaniem
typu C-HO pomidzy wodorem piercieniowym i tlenem grupy nitrowej [9H]. W
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
28
temperaturze okoo 235 K pojawia si przejcie z fazy tetragonalnej do jednoskonej
zwizane gwnie z termiczn aktywacj libracji fragmentu piperydynowego zachodzcej na
wizaniu C-N, ktrym poczony jest z piercieniem pirydynowym. Zjawisko to zostao
potwierdzone rwnie w badaniach XRD. Ochadzanie PNMP do ok. 200 K powoduje
kontrakcj wymiarw komrki elementarnej. Zmiany w obrazie widm poniej 100 K
s zwizane z zahamowaniem rotacji zarwno piercienia piperydynowego, jak te grup
metylowej i nitrowej prowadzcych do uporzdkowania struktury czsteczki w komrce
elementarnej.
Dla przejcia fazowego PNMP zaproponowany zosta nastpujcy schemat: [9H]
Room temperature phase Low temperature phases
Tetragonal structure Monoclinic structure Contraction of the unit cell
TC1 235 K TC2 203 K
I41/a (C4h6) Z = 16 -----------------------> I2/a (C2h
6) Z = 8 ------------------------ > I2/a
Innym badanym zwizkiem, w ktrym zaobserwowano przemian fazow jest
trifluorooctan 2-amino-4-nitropirydyniowy (PTA), dla ktrego wykonano pomiary DSC
w zakresie temperatur 80 - 293 K [10H].
Badania widm IR i Ramana w zakresie temperatur 4 293 K, wykazay rne
zachowania szeregu pasm w zalenoci od zmiany temperatury pomiaru. Na przykad
asymetryczne drganie rozcigajce as(COO) obserwowane przy 1687 cm-1 wykazuje
bezskokowe przesunicie w kierunku wyszych liczb falowych wraz z obnianiem
temperatury pomiaru. W pasmach drga zwizanych z piercieniow grup aminow NP-H
zaangaowan w wizanie wodorowe z atomami tlenu grupy karboksylowej anionu
trifluorooctanowego, wystpujcych przy 1440, 1329, 1259, 1205 i 135 cm-1,
zaobserwowaam wyrany, stopniowy wzrost liczby falowej lub rozszczepienie na dwie
skadowe przy okoo 160 K. Podobnie zachowuj si pasma drga torsyjnych grupy CF3.
Natomiast niektre pasma odpowiadajce drganiom (N-H)HB, (NO2), (C-NO2) i
(HO)HB, obserwowane odpowiednio przy 3322, 334, 318 i 76 cm-1, wykazuj wyran
zmian temperaturow przy okoo 90 K, co jest efektem stopniowego zwikszenia
uporzdkowania czsteczki na skutek zahamowania rotacji grupy nitrowej. Wiadomo, e
wpyw zmiany temperatury na fonony energii oscylacyjnej odzwierciedla si gwnie przez
zmian rozszerzalnoci cieplnej sieci krystalicznej [70-74], dlatego do interpretacji zmian w
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
29
widmie Ramana tego zwizku zastosowaam formu Cui [73,74]. Zgodnie z t zalenoci
temperaturowe zmiany liczb falowych pasm RS s opisane rwnaniem:
(T) = 0 A(eBo/kBT 1)-1
gdzie 0 jest liczb falow fononu rozproszenia Ramana dla 0 K, kB sta Boltzman'a a A, B
s parametrami dopasowania. Zaleno t zastosowaam do zmierzonych pasm zarwno
wykazujcych jak i nie wykazujcych typowej temperaturowej zalenoci. Obliczone
parametry dopasowania A i B odpowiadajce pierwszorzdowej i drugorzdowej
anharmonicznoci drga oscylacyjnych rni si od siebie zawsze o jeden rzd wielkoci.
Znacznie wiksza warto parametru A oznacza, e drugorzdowa anharmoniczno odgrywa
dominujc rol w rozwaanych drganiach (Rys. 11).
Rys. 11. Temperaturowa zaleno liczby falowej drga rozcigajcych wizanie wodorowe (NHO) w PTA
[10H].
Efekt temperaturowy odzwierciedla si rwnie w temperaturowej zalenoci
powkowej szerokoci pasma .
(T) = 0[1 + 2/eo/2kBT 1],
gdzie 0 jest szerokoci pasma w poowie jego wysokoci (FWHM) dla 0 K, a 0 odpowiada
czstoci w tej temperaturze [74]. Zazwyczaj temperaturowo zalene pasma Ramana
poszerzaj si wraz ze wzrostem temperatury. Jednake przejcie fazowe prowadzi do
dodatkowych anomalii, na przykad skokowej zmiany szerokoci pasma. Faktycznie, taki
efekt zaobserwowaam dla tych pasm, ktre pokazuj nage zmiany liczb falowych. Obliczone
wartoci 0 dla pasm 1260 i 777 cm-1 le w przedziale 4.5 4.75 [10H] i s porwnywalne
z opisujcymi inne wizania wodorowe (Rys. 12) [70-76].
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
30
Rys. 12. Temperaturowa zaleno szerokoci powkowej pasma FWHM dla drga (C-OO) i s(NO2) [10H].
Wyjtkowe zachowanie zaobserwowaam dla drga s(NO2), (NO2) oraz (NHO),
(NAHO), ktre w widmie w niskich temperaturach pokazuj wyrane rozszczepienie na
dwie skadowe. wiadczy to, i w temperaturze poniej 90 K wystpuje pene porzdkowanie
czsteczek w komrce elementarnej. Obserwowan w krysztale PTA pierwszorzdow
przemian fazow typu porzdek nieporzdek tumaczy mechanizm hamowania libracji
fragmentu CF3 wok wizania C-C w anionie oraz grupy NO2 wok wizania C-N
w kationie.
E. Zastosowanie wiata spolaryzowanego w badaniach widm Ramana krysztau 2-
adamantyloamino-5-nitropirydyny
Badane w ramach cyklu wybranych prac pochodne pirydyny otrzymywane byy
najczciej w formie polikrystalicznej lub monokrysztaw, jednake rozmiary ziaren prbek
monokrystalicznych byy niewielkie. Nadaway si one do bada rentgenowskich, ale byy
zbyt mae dla standardowych bada spektroskopowych w wietle spolaryzowanym.
Wyjtkiem by kryszta 2-adamantylamino-5-nitropirydyny, ktry otrzymano w formie pytek
o wymiarach 5 x 4 mm i gruboci 0.5 mm. Przeprowadzenie bada tego krysztau w wietle
spolaryzowanym byo niezbdne dla wyjanienia mechanizmu generacji laserowej w wyniku
wzbudzenia wymuszonego rozproszenia ramanowskiego [6].
Wymuszone widmo Ramana tego krysztau skadao si z sekwencji pasm Stokesa
i anty-Stokesa, ktrych modem promujcym by fonon o liczbie falowej 1280 cm-1. Celem
wykonania pomiarw spolaryzowanych widm spontanicznego rozproszenia Ramana dla tego
materiau byo okrelenie natury oraz symetrii tego drgania i na tej podstawie wyjanienie
mechanizmu wymuszonego efektu ramanowskiego.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
31
Pomiary spolaryzowanych widm ramanowskich krysztau 2-adamantyloamino-5-
nitropirydyny przeprowadzono dla orientacji y(xx) A1-TO), x(yy)x (A1-TO), y(zz)y (A1-
TO), z(xx)z (A1-LO), y(xz)y (B1-TO), x(yz)y (B2-TO) oraz z(xy)z (A2) [3H]. Poprzez analiz
intensywnoci pasm poczon z obliczeniami kwantowo chemicznymi DFT wyjaniono, i
pasmo obserwowane w widmach spontanicznego rozproszenia Ramana przy 1280 cm-1
odpowiada drganiom rozcigajcym (CA-N-CP). Zwizane s one z oscylacjami piercieni
adamantylu (A) i pirydyny (P) wzgldem siebie. S to drgania P NH - A o symetrii A1,
zachodzce za porednictwem wizania aminowego HN midzy tymi piercieniami. Tym
samym modem promujcym efekt wymuszonego rozproszenia Ramana tego krysztau okaza
si fonon SRS=1280 cm-1 odpowiadajcy drganiom dwu masywnych piercieni wzgldem
siebie. Badania w wietle spolaryzowanym pozwoliy rwnie przyporzdkowa inne pasma
symetryczne tego zwizku: s(NO2) 843 cm-1, (CC)A 865 cm
-1, (CCH)P 1101, 1112 cm-1,
(CH2)A 1190, 1264 cm-1.
F. Waciwoci elektronowe wybranych pochodnych pirydyny
2-N-etyloamino-3-metylo-4-nitropirydyna (EN3MP), 2-N-etyloamino-5-metylo-4-
nitropirydyna (EN5MP) [1H] oraz ich 2-N-metyloaminowe analogi (M3MNP i M5MNP)
[2H] badane byy metodami spektroskopii elektronowej. Wykonano dla nich obliczenia
kwantowo chemiczne wyznaczajc energie singletowych i trypletowych stanw
elektronowych. Struktury 2-N-etyloaminowych pochodnych zostay zoptymalizowane
programem MOPAC na poziomie PM3. Energie stanw elektronowych obliczono stosujc
metody ZINDO, B3LYP i MPW1PW91 oraz bazy 6-31 G i Huzinagi z funkcj polaryzacji
(d,p) i bez polaryzacji. Do oblicze geometrii i elektronowych stanw pochodnych
metyloaminowych (M3MNP i M5MNP) zastosowano funkcjona MPW1PW91 oraz baz 6-
31G(d,p), dla ktrej wyniki z poprzedniej pracy okazay si najbardziej zgodne z wynikami
eksperymentalnymi [2H]. Dla metylowych pochodnych, ze wzgldu na mniejsze rozmiary
metyloaminowego podstawnika i moliwo rotacji wok wizania C-N, obliczenia
optymalizacji i elektronowych stanw singletowych i trypletowych zostay wykonane dla
konfiguracji syn i anty.
Dla wszystkich czterech alkiloaminowych pochodnych zmierzono widma UV/VIS
w stanie staym i roztworze etanolu oraz widma luminescencyjne w temperaturze pokojowej
i (z wyjtkiem EN3MP) w temperaturze 15 K. Czas ycia zmierzony dla EN5MP wynoszcy
okoo 2510-6 s jest bardzo krtki w porwnaniu z obserwowanymi dla stanw 3*
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
32
zwizkw aromatycznych [77-79]. Rysunek 13 przedstawia nastpstwo poziomw
elektronowych, wyznaczonych z widm absorpcji, fluorescencji i fosforescencji EN5MP.
Intensywno fluorescencji jest bardzo maa z powodu duego przejcia interkombinacyjnego
S1T1 ISC (Inter System Crossing). Jednoparametryczna zaleno wykadnicza zaniku
fluorescencji sugeruje, e w stanie staym E5MNP wystpuje tylko w formie jednego
konformeru, w ktrym wodr grupy etyloaminowej uczestniczy w midzyczsteczkowym
wizaniu wodorowym. Wykonane pniej badania XRD [12H] potwierdziy t sugesti, lecz
akceptorem w powstaym wizaniu wodorowym okaza si atom azotu piercienia
pirydynowego, a nie jak przypuszczano tlen grupy nitrowej, mimo i w krysztale 2-amino-5-
nitropirydyny [51] za najsilniejsze midzyczsteczkowe oddziaywania typu N-HO
odpowiedzialny jest atom wodoru grupy aminowej i atom tlenu grupy nitrowej drugiej
czsteczki.
Rys. 13. Nastpstwo poziomw elektronowych w elektronowych widmach absorpcji, fluorescencji
i fosforescencji EN5MP [1H].
Widma fosforescencyjne mierzone w temperaturze 15 K dla badanych trzech
zwizkw pokazuj struktur wibronow, skadajc si z pasm drga oscylacyjnych IR
przejcia 0-0. Skadowe wibronowe fosforescencji odpowiadaj gwnie drganiom piercienia
pirydynowego i grupy nitrowej. Porwnujc dane eksperymentalne i teoretyczne
zaobserwowaam dobr zgodno dla etyloaminowych pochodnych. Obliczone energie dla
stanw S3 i S6 s nieco wysze, a dla stanw T1, S1 i S7 nisze ni eksperymentalne dla obu
izomerw. W przypadku metyloaminowych pochodnych zaobserwowaam odwrcenie
kolejnoci poziomw energetycznych dla konformerw syn i anty. Zgodno kilku stanw
energetycznych dla formy syn w powizaniu z dobr zgodnoci kilku pozostaych poziomw
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
33
energetycznych dla formy anty sugeruje, e maa metyloaminowa grupa moe ulega rotacji
na wizaniu C-N dajc w rezultacie struktur poredni midzy syn i anty [2H].
G. Adekwatno metod obliczeniowych do wynikw eksperymentalnych- wybr
czynnikw skalujcych
Dla porwnania teoretycznych liczb falowych z wartociami eksperymentalnymi
stosowaam liniow korelacj [80]. Zastosowanie wspczynnikw skalowania wyranie
poprawiao wspczynniki wyznaczane metod najmniejszych kwadratw dla teoretycznych
liczb falowych IR i Ramana. Na przykad dla EN5MP zastosowanie wspczynnika
skalujcego poprawio wspczynniki rwnania liniowego z nieskalowanych 18.7 i 29.1 na
1.5 i 1.8 cm-1 dla skalowanych wartoci liczb falowych widm Ramana i IR. Wyniki oblicze
kwantowo chemicznych liczb falowych drga zostay liniowo skorelowane do porwnania ich
z wartociami eksperymentalnymi.
Grupa metylowa
Piercieniowe grupy metylowe s dobrze znane i opisane w wielu publikacjach.
Pooenie pasm absorpcyjnych symetrycznych i asymetrycznych drga rozcigajcych oraz
deformacyjnych w paszczynie grupy metylowej nale do najbardziej staych (jeli grupa
metylowa nie ssiaduje z grup karbonylow, ani z atomem innym ni wgiel).
Badania krystalograficzne EN5MP pokazuj, e w ciele staym oddziaywania
pomidzy dimerami realizowane s poprzez niekonwencjonalne wizania wodorowe typu C-
HO pomidzy wodorem grupy metylowej i tlenem grupy nitrowej [12H]. Wizania
wodorowe tego typu charakteryzuj si zwikszeniem czstoci drga rozcigajcych C-H,
dlatego zwane s blue-shifting wizaniami wodorowymi. Przy zaoeniu, e drgania
zginajce grupy metylowej, uczestniczcej w niekonwencjonalnym wizaniu wodorowym,
powinny zachowywa si podobnie jak typowe wodoro-donorowe grupy
w konwencjonalnych wizaniach wodorowych, drgania tych wiza powinny pojawi si
przy wyszych liczbach falowych.
We wszystkich badanych metylowych pochodnych pirydyny (etyloaminowych,
tionowych, triazolowych, imidazolowych i innych) zaobserwowaam wystpowanie pasm
drga grupy metylowej w typowych dla nich regionach i bardzo dobr zgodno
z obliczonymi wartociami liczb falowych, mimo i obliczenia nie uwzgldniay
wystpujcych w ciele staym oddziaywa typu CHO. Asymetryczne i symetryczne
drgania rozcigajce grupy metylowej obserwowaam w przedziale 3012 2930 i 2937
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
34
2892 cm-1, a rnice midzy obliczonymi wartociami wynosiy zaledwie kilka do kilkunastu
cm-1. Naley odnotowa fakt, e obliczone, asymetryczne i symetryczne drgania rozcigajce
fragmentu CH3 i CH2 grupy etyloaminowej le generalnie w niszych regionach ni drgania
piercieniowej grupy metylowej. Zgodno pomidzy eksperymentalnymi i obliczonymi
wartociami liczb falowych odnotowaam rwnie dla asymetrycznych i symetrycznych
drga zginajcych, ktre wystpuj w regionach 1480 1420 i 1390 1370 cm-1. Drgania
wahadowe fragmentu metylowego grupy etyloaminowej pojawiaj si, podobnie jak drgania
as i s w wyszych regionach (1140 1095 cm-1) ni piercieniowej grupy metylowej (1059
1011 cm-1). Wysze wartoci liczb falowych drga zginajcych grupy metylowej
zaobserwowaam dla 7-MTP [5H] oraz 3MPT i 6MPT [8H], dla ktrych odnotowaam
rwnie wiksz rnic pomidzy obliczeniami i eksperymentem (30 35 cm-1). Drgania
torsyjne grup metylowych pochodnych aminowych zostay zaobserwowane w przedziale 220
260 cm-1, natomiast w widmach pochodnych tionowych, triazolowych i imidazolowych
poniej 200 cm-1.
Grupa nitrowa
Jest sabym akceptorem wiza wodorowych, mona si zatem spodziewa, e
obliczone wartoci liczb falowych drga grupy nitrowej zaangaowanej w wizania
wodorowe bd nieznacznie odbiega od wartoci eksperymentalnych. Drgania asymetryczne
i symetryczne grupy nitrowej s zazwyczaj oczekiwane w regionach okoo 1540 1500
i 1370 1320 cm-1, jednak gdy grupa jest wychylona poza paszczyzn piercienia (efekt
steryczny podstawnika w pozycji orto), liczby falowe drga rozcigajcych mog przesun
si w regiony 1565 1540, a symetrycznych nawet do1380 cm-1 [55]. Asymetryczne
i symetryczne drgania prawie komplanarnej grupy nitrowej w EN5MPO pojawiaj si przy
okoo 20 30 cm-1 niszych liczbach falowych ni drgania wychylonej grupy w EN3MPO
[11H]. Najwysze wartoci liczb falowych as(NO2) zaobserwowaam w AANP (1580
1581cm-1) [3H], a najnisze w EN5MPO i PNMP (1506 1500 cm-1) [9H]. W metylowych
pochodnych 5-nitro-2-pirydynotionu odnotowaam nieznaczny wpyw miejsca podstawienia
grupy metylowej na warto liczby falowej drga s(NO2). Najwysze liczby falowe
odnotowaam dla 3MPT (1354 (1354 cm-1)), nisze dla 4MPT (142 (1343 cm-1)) i najnisze
dla 6MPT (1335 (1331 cm-1)) [8H].
Generalnie, wszystkie badane nitrowe pochodne wykazuj charakterystyczne pasma
drga w typowych obszarach: as(NO2) = 1570 1500 cm-1; s(NO2) = 1350 1305 cm
-1;
(NO2) = 850 795 cm-1; (NO2) = 769 689 cm
-1; (NO2) = 586 545 cm-1; (NO2) = 80
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
35
52 cm-1. Drgania grupy nitrowej s zazwyczaj sprzone z innymi tj. z drganiami piercienia
pirydynowego, wodorw piercieniowych, grupy N-tlenkowej. Mimo i w obliczeniach PED
pojawiaj si czsto przy kilku liczbach falowych ze zmiennymi udziaami procentowymi,
to liczby falowe drga, w ktrych ten udzia jest znaczny dobrze zgadzaj si
z eksperymentem. Rysunek 14 przedstawia zaleno obserwowanych liczb falowych
w stosunku do obliczonych drga as(NO2) i s(NO2).
1300
1350
1400
1450
1500
1550
1600
1300 1350 1400 1450 1500 1550 1600 1650
Obliczone liczby falowe [cm-1]
Ob
serw
ow
an
e l
iczb
y f
alo
we [
cm
-1]
Rys. 14 Zaleno obliczonych i obserwowanych liczb falowych as(NO2) i s(NO2) w widmach - IR oraz
RS w pochodnych pirydyny i jej N-tlenku.
Wartoci obliczonych liczb falowych asymetrycznych drga rozcigajcych grup
NO2 wykazuj znacznie lepsz zgodno z obserwowanymi ni drgania symetryczne.
Grupa tionowa
W trzech metylowych pochodnych 5-nitro-2-pirydynotionu zachodzia potrzeba
okrelenia waciwego tautomeru [8H]. Na podstawie analizy widm w podczerwieni
i Ramana oraz oblicze kwantowo chemicznych wykonanych zarwno dla tiolowego jak
i tionowego tautomeru, ustaliam i w tej grupie zwizkw preferowan form tautomeryczn
jest forma tionowa. Atom siarki grupy tionowej jest zaangaowany w wizania wodorowe
typu NHS, natomiast obliczenia wykonalimy dla izolowanej czsteczki, std znaczne
odchylenia pomidzy wartociami obliczonych i eksperymentalnych liczb falowych drga.
Drgania rozcigajce (C=S) pojawiaj si w obliczeniach ze zmiennym udziaem (10
14%) przy 1213, 1164 i 1081 cm-1 i znajduj swj odpowiednik w szerokich pasmach widm
eksperymentalnych przy 1092 1070 cm-1. Znaczne przesunicie w kierunku wyszych liczb
falowych zaobserwowaam dla drga zginajcych poza paszczyzn (C=S), wystpujcych
w formie szerokiego pasma o redniej intensywnoci przy 730 750 cm-1. W obliczeniach
as(NO2)
s(NO2)
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
36
drgania te wystpuj (z 13 22% udziaem) wraz z drganiami piercienia pirydynowego
i grupy nitrowej przy 717, 697 i 703 cm-1.
Piercie pirydynowy
Drgania piercienia pirydynowego i atomw wodoru przyczonych do piercienia s
dobrze udokumentowane w literaturze [53,55,81,82]. Charakterystyczne drgania piercienia
pirydyny to: rozcigajce wizanie C-H wystpujce przy 3100 3000 cm-1, zginajce
w paszczynie przy 1300 1000 cm-1 i zginajce poza paszczyzn przy 900 650 cm-1.
W 2-N-etyloaminowych pochodnych: EN5MP [12H], EN3MPO, EN5MPO [11H] i ENPO
[33], w PNMP [9H], metylowych pochodnych 5-nitropirydynotionw [8H] i pochodnych
triazolopirydyny [5H] pasma drga wizania C-H wystpuj w typowych regionach: (3118
3046 cm-1), (1294 1188 cm-1) oraz (920 856 cm-1) i odbiegaj od wartoci teoretycznych
zaledwie o kilka do kilkunastu cm-1. Podobn zgodno zaobserwowaam dla drga wizania
C-H w solach pirydyniowych [6H, 7H, 10H].
Drugim rodzajem charakterystycznych drga piercienia pirydynowego s drgania C-
C i C-N szkieletu piercienia. Te z nich, ktre nie s wraliwe na podstawniki le
w typowych zakresach i rwnie, jak drgania C-H, s dobrze przewidywane przez obliczenia
kwantowo chemiczne. Pierwsze pasma drga rozcigajcych piercie pirydynowy,
pojawiajce si przy 1636 1633 (1642); 1631 1627 (1627) i 1603 1590 (1601) cm-1,
s wraliwe na sprzenia w piercieniu [11H, 12H]. W EN5MPO i EN5MP, gdzie
te sprzenia s wiksze ni w EN3MPO pojawiaj si one przy wyszych liczbach falowych
(1636 - 1627 cm-1) a wartoci obliczone, podane w nawiasach, s bardzo zblione.
Pasma piercieniowych drga rozcigajcych pojawiaj si w widmach IR i Ramana
w regionach 1640 1590, 1580 1550, 1510 1470 cm-1 i s w dobrej zgodnoci
z obliczonymi wartociami liczb falowych. W obszarze 1450 1150 cm-1 oprcz drga
piercieniowych pojawiaj si drgania zginajce (C-H) w paszczynie, tak samo dobrze
przewidywane przez stosowane metody obliczeniowe. Generalnie mona stwierdzi,
e stosowane metody obliczeniowe doskonale okrelaj pooenie pasm drga
piercieniowych w widmach IR i Ramana wszystkich przedstawionych w cyklu publikacji
pochodnych pirydyny, jej N-tlenku i soli pirydyniowych.
Wizanie wodorowe
Liczby falowe drga wiza biorcych udzia w wizaniach wodorowych typu
NHN, NHO jak rwnie NHS znacznie odbiegaj od wartoci obliczonych, jeli
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
37
obliczana metodami kwantowo chemicznymi czsteczka jest izolowana, bez jakichkolwiek
oddziaywa typu midzyczsteczkowych wiza wodorowych.
Teoretyczne liczby falowe drga rozcigajcych wizanie N-H grupy aminowej
w czsteczkach 5MTP, 6MTP i 7MTP pojawiaj si w regionie 3487 3526 cm-1 i znacznie
rni si od obserwowanych przy 3116 3188 cm-1 [5H]. W obliczeniach czstoci drga
pojedynczej czsteczki ACPSe, znajdujemy dwie wartoci liczb falowych drgania
rozcigajcego grup aminow (3545 i 3175 cm-1) [7H]. Pierwsze z nich odpowiada liczbie
falowej wolnej grupy aminowej, drugie za zaangaowanej w wizanie wodorowe.
Obliczeniowe metody kwantowo chemiczne uwzgldniaj natomiast wewntrzczsteczkowe
wizania wodorowe. W EN5MPO i EN3MPO wartoci obliczonych i obserwowanych liczb
falowych drga rozcigajcych wizanie N-H, ktrego atom wodoru zaangaowany jest
w tworzenie wizania wodorowego z tlenem grupy N-tlenkowej, wynosz odpowiednio:
33673338 i 33053225 cm-1 [11H]. Rnice pomidzy nimi wahaj si pomidzy 30 80
cm-1.
W EN5MP wykonaam obliczenia optymalizacji i czstoci drga zarwno dla
izolowanej jak i poczonego podwjnym wizaniem wodorowym typu NA-HNP dimeru
[12H]. Do oblicze dimerw poszerzyam funkcj bazy o tzw. funkcj dyfuzyjn oznaczan
w bazach Poplea symbolem +. Funkcje dyfuzyjne dobrze opisuj funkcje falowe na
wikszych odlegociach, takich jak oddziaywania van der Waalsa lub wizania wodorowe.
Porwnanie wynikw oblicze wykonanych dla monomeru i dimeru EN5MP wyranie
wskazuje lepsz zgodno oblicze dimeru z eksperymentem. Rnica pomidzy wartoci
eksperymentaln i obliczon liczb falow drgania (NA-H)HB wynosia odpowiednio 200 i 20
cm-1 dla monomeru i dimeru. W obliczeniach dimeru pojawia si rwnie liczba falowa
odpowiadajca rozcigajcemu drganiu wizania wodorowego (HN).
H. Wpyw podstawnikw na symetryczne drganie
Pasma symetrycznego drgania piercie pirydyny pojawiaj si w widmie IR przy 992
i 1031 cm-1[82]. Powszechnie wiadomo, e pasmo symetrycznego, rozcigajcego drgania
piercienia benzenowego ulega przesuniciu, gdy do piercienia przyczone s podstawniki.
Warto tego przesunicia uzaleniona jest od liczby podstawnikw, pooenia wzgldem
siebie oraz od masy tych podstawnikw [75]. Tabeli 5 przedstawia teoretyczne wartoci liczb
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
38
falowych drgania breathing piercienia pirydynowego i odpowiadajcych im pasm
w widmach eksperymentalnych kilku wybranych pocze.
Tabela 5. Obliczone i eksperymentalne wartoci liczb falowych oddychajcego drgania piercienia
pirydynowego w wybranych pochodnych pirydyny i N-tlenku pirydyny.
Zwizek obliczona liczba falowa
eksperymentalna liczba falowa
pirydyna 992 i 1031a
APBS 857 857 ACPSe 845 853 ENPO 930 838 EN3MPO 1004 946 EN5MPO 838 623 EN5MP 979 979 HCNP 651 672
Na podstawie [82 ]
Wybraam cztery zwizki: ENPO, EN3MPO, EN5MPO i EN5MP, charakteryzujce
si wystpowaniem grupy nitrowej w pozycji 4 i grupy etyloaminowej w pozycji 2 piercienia
pirydynowego, zmiennym usytuowaniem lub brakiem grupy metylowej (pozycja 3 lub 5) oraz
tlenu N-tlenkowego. W analizowanych zwizkach na skutek zmian struktury zwizanej
z przesuniciami lub usuwaniem podstawnikw przesuniciu ulega te ich rodek cikoci.
Symetryczne, tzw. "oddychajce" drganie piercienia pirydynowego podobnie jak drganie
piercienia benzenowego, jest silnie uzalenione od wystpowania, wielkoci i wzajemnego
usytuowania w nim podstawnikw. W oparciu o wyniki wasne i dane literaturowe, podjam
prb znalezienia zalenoci wartoci liczby falowej rozcigajcego drgania breathing
piercienia pirydynowego od pooenia rodka cikoci molekuy, a dokadniej od jego
przesunicia w stosunku do niepodstawionej pirydyny. Rzeczywiste rodki cikoci
wybranych czsteczek obliczyam na podstawie wsprzdnych atomw wyznaczonych
w pomiarach XRD, a do okrelenia rodkw cikoci teoretycznych moleku wykorzystaam
dane z optymalizacji ich struktury. Wyniki przedstawiam na Rys. 15. Odlego midzy
rodkami na osi X odnosi si do przesunicia rodka cikoci podstawionej pochodnej
w stosunku do niepodstawionej pirydyny.
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
39
600
700
800
900
1000
1100
1200
0,40 0,60 0,80 1,00 1,20
odlego midzy rodkami cikoci
liczb
a f
alo
wa [
cm
-1]
Obliczone
Eksperymentalne
Log. (Obliczone)
Log. (Eksperymentalne)
Rys.15. Zaleno liczby falowej drgania breathing w wybranych pochodnych pirydyny od przesunicia ich
rodka cikoci w stosunku do rodka cikoci pirydyny.
Zarwno dla eksperymentalnych jak i dla teoretycznie obliczonych struktur czsteczek
oraz liczb falowych drgania oddychajcego piercienia pirydynowego otrzymaam
logarytmiczne zalenoci (Rys. 15).
Podsumowanie
Analizujc wyniki bada przeprowadzonych w ramach prac poddawanych pod ocen
w procesie habilitacyjnym, za najwaniejsze osignicia naley uzna:
1. Opracowanie unikalnych metod syntezy szeregu nowych pochodnych pirydyny
i zmodyfikowanie opisanych wczeniej oraz zsyntezowanie nastpujcych zwizkw:
N-tlenek 2-N-etyloamino-3-metylo-4-nitropirydyny, N-tlenek 2-N-etyloamino-5-metylo-
4-nitropirydyny i ich 2N-metyloaminowe analogi oraz odtlenione pochodne, N-tlenek 2-
N-metyloamino-3-metylopirydyny i jego izomery z grup metylow w pozycji 4, 5 lub 6,
2-N-etyloamino-3-metylo-5-nitropirydyna, 2-N-etyloamino-5-metylo-3-nitropirydyna, ich
2-N-metyloaminowe analogi.
2-Tionowe pochodne: 3-metylo-5-nitro-2-pirydynotion, 4-metylo-5-nitro-2-pirydynotion
oraz 6-metylo-5-nitro-2-pirydynotion.
2. Opracowanie i opisanie po raz pierwszy w literaturze wiatowej struktur krystalo-
graficznych nastpujcych pochodnych pirydyny i jej N-tlenku:
N-tlenku 2-N-etyloamino-4-nitropirydyny, N-tlenku 2-N-etyloamino-3-metylo-4-
nitropirydyny, N-tlenku 2-N-etyloamino-5-metylo-4-nitropirydyny, 2-N-etyloamino-5-
metylo-4-nitropirydyny, 2-piperydylo-5-nitro-6-metylopirydyny, wodoroselenianu 2-
-
Katedra Chemii Bioorganicznej
dr in. Jadwiga Anna Lorenc
40
amino-5-chloropirydynioego, 4-hydroksybenzenosulfon