GEEK GIRLS CARROTS

“Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji”

Agata Malinowska

Warszawa, dn. 16 sierpnia 2012 r.

Ile waży białko, czyli historia pewnej informacji

Agata MalinowskaLaboratorium Spektrometrii Mas,

IBB PAN

Spektrometr mas

=

Spektrometr mas

Spektrometr mas

Masa

TożsamośćStruktura

Ilość

Punkt izoelektryczny

Funkcja biologiczna

RozpuszczalnośćAktywność

TożsamośćStruktura

Ilość

Punkt izoelektryczny

Funkcja biologiczna

RozpuszczalnośćAktywność

TożsamośćStruktura

Ilość

Punkt izoelektryczny

Funkcja biologiczna

RozpuszczalnośćAktywność

Peptide massfingerprinting

Specyficzny enzym

MASA

Peptide massfingerprinting

MASA

Specyficzny enzym

Specyficzny enzym

Peptydy składają się z aminokwasów

K A

W A

W A

K A

K A W A

Specyficzny enzym

Fragmentacjaw aparacie

Widmofragmentacyjne

K A W A

K A

W A

W A

K A

K A W A

Specyficzny enzym

Fragmentacjaw aparacie

Widmofragmentacyjne

K A W A

Specyficzny enzym

Fragmentacjaw aparacie

MASA

Identyfikacja!

Masy peptydów Sekwencje peptydów

TożsamośćStruktura

Ilość

Punkt izoelektryczny

Funkcja biologiczna

RozpuszczalnośćAktywność

MAAVKTLNPKAEVARAQAALAVNISAARGLQDVLRTNLGPKGTMKMLVSGAGDIKLTKDG NVLLHEMQIQHPTASLIAKVATAQDDITGDGTTSNVLIIGELLKQADLYISEGLHPRIIT EGFEAAKEKALQFLEQVKVSKEMDRETLIDVARTSLRTKVHAELADVLTEAVVDSILAIR KKDEPIDLFMVEIMEMKHKSETDTSLIRGLVLDHGARHPDMKKRVENAYILTCNVSLEYE KTEVNSGFFYKSAEEREKLVKAERKFIEDRVKKIIELKKKVCGDSDKGFVVINQKGIDPF SLDALAKEGIVALRRAKRRNMERLTLACGGIALNSFDDLNPDCLGHAGLVYEYTLGEEKF TFIEKCNNPRSVTLLVKGPNKHTLTQIKDAIRDGLRAVKNAIDDGCVVPGAGAVEVALAE ALIKYKPSVKGRAQLGVQAFADALLIIPKVLAQNSGFDLQETLVKVQAEHSESGQLVGVD LSTGEPMVAAEMGVWDNYCVKKQLLHSCTVIATNILLVDEIMRAGMSSLKG

MAAVKTLNPKAEVARAQAALAVNISAARGLQDVLRTNLGPKGTMKMLVSGAGDIKLTKDG NVLLHEMQIQHPTASLIAKVATAQDDITGDGTTSNVLIIGELLKQADLYISEGLHPRIIT EGFEAAKEKALQFLEQVKVSKEMDRETLIDVARTSLRTKVHAELADVLTEAVVDSILAIR KKDEPIDLFMVEIMEMKHKSETDTSLIRGLVLDHGARHPDMKKRVENAYILTCNVSLEYE KTEVNSGFFYKSAEEREKLVKAERKFIEDRVKKIIELKKKVCGDSDKGFVVINQKGIDPF SLDALAKEGIVALRRAKRRNMERLTLACGGIALNSFDDLNPDCLGHAGLVYEYTLGEEKF TFIEKCNNPRSVTLLVKGPNKHTLTQIKDAIRDGLRAVKNAIDDGCVVPGAGAVEVALAE ALIKYKPSVKGRAQLGVQAFADALLIIPKVLAQNSGFDLQETLVKVQAEHSESGQLVGVD LSTGEPMVAAEMGVWDNYCVKKQLLHSCTVIATNILLVDEIMRAGMSSLKG

Wymiana proton-deuter

MASA

TożsamośćStruktura

Ilość

Punkt izoelektryczny

Funkcja biologiczna

RozpuszczalnośćAktywność

Specyficzny enzym

EQVKVSK

DMKKRVENA

KSAEEREKLV

LAKEGIVA

AGLVYEYT

RSVTLLVKG

EQVKVSK

DMKKRVENA

KSAEEREKLV

LAKEGIVA

AGLVYEYTRSVTLLVKG

KAWA

STARTEKSPRES

KAWAEKSPRESSTART

AAGGCCTGGGCTGAGAAGAGCCCCCGGGAAAGTAGTACAGCGAGGACT

15N 15N

15N

15N

15N

KAWAEKSPRESSTART15N 15N 15NKAWA

15N

EKSPRES15N

START15N

„Ciężkie” białko„Ciężkie” wersjepeptydów

Gen kodujący białko

Kultura bakteryjnaw pożywce z ciężkim azotem

Specyficzny enzym

EQVKVSK

DMKKRVENA

KSAEEREKLV

LAKEGIVA

AGLVYEYT

RSVTLLVKG

EQVKVSK

DMKKRVENA

KSAEEREKLV

LAKEGIVA

AGLVYEYTRSVTLLVKG

KAWA

STARTEKSPRES

KAWAEKSPRESSTART15N 15N 15N

KAWA15N

EKSPRES15N

START15N

15N15N 15N

5 µg

4 µg 10 µg 6 µg

Krystalografia rentgenowska Knock-out

Badania aktywności

Modelowanie komputerowe

Spektrometria mas

Dziękuję za uwagę :)

GEEK GIRLS CARROTSspołeczność kobiet kochających nowe technologie

www.geekgirlscarrots.pl@ggcarrots