1

Katedra i Zakład Mikrobiologii Lekarskiej UM w Poznaniu

Ćwiczeniowe Materiały Informacyjne z Mikrobiologii

dla studentów II roku medycyny

1. Bakterie w otoczeniu człowieka. Diagnostyka mikrobiologiczna. Techniki wykonywania preparatów mikrobiologicznych. Metody hodowli bakterii. Sterylizacja i dezynfekcja. Antybiotyki - metody badania lekooporności. Ziarenkowce Gram dodatnie – Staphylococcus. Ziarenkowce Gram dodatnie – Streptococcus. Ziarenkowce Gram ujemne – Neisseria, Moraxella. Diagnostyka mikrobiologiczna czynników zakażeń przeprowadzana jest za pomocą: technik laboratoryjnych: mikroskopia (kształt, wielkość, układ, ruch oraz niektóre elementy komórki- ziarnistości); hodowla na podłożach; testach biochemicznych; wykrywanie DNA, RNA drobnoustrojów (np. PCR), serodiagnostyka. Materiał do badań: plwociny, moczu, krwi, płynu mózgowo-rdzeniowego, kału, wymazy z nosogardła, ran i przetok, z pochwy, szyjki macicy, ucha, spojówki oka, kieszonek zębowych. Metody barwienia: barwienie proste - jeden barwnik; barwienie złożone - dwa lub więcej barwników i odbarwiaczy np. metoda Grama (różnicowanie na Gram-dodatnie i Gram-ujemne ze względu na budowę ściany komórkowej). Metoda Ziehl-Neelsena –stosowana do obrazowania bakterii, u których w ścianie komórkowej zawarte są woski (kwasy mikolowe) np. u Mycobacterium spp. Metoda Moellera (modyfikacja metody Ziehl-Neelsena) stosowana do obrazowania bakterii przetrwalnikujących(endospory). Podłoża do hodowli drobnoustrojów - proste, wzbogacone, wybiórczo-różnicujące i selektywne- specjalne. Warunki hodowli - tlenowe lub beztlenowe. Immunologiczne wykrywanie/różnicowanie mikroorganizmów – reakcja antygen-przeciwciało. Sterylizacja – celem wyjaławiania jest zabicie, względnie usunięcie wszystkich drobnoustrojów, niezależnie od formy w jakiej występują, znajdujących się na przedmiotach, w materiałach, preparatach lub w określonym środowisku tzn. usunięcie żywych bakterii i ich przetrwalników, grzybów i zarodników. grzybów drożdżopodobnych, wirusów, pierwotniaków, a niektórych przypadkach także większych fragmentów zniszczonych komórek, np. endotoksyn. Wyjaławianie - czynniki fizyczne i chemiczne, a także w pewnych przypadkach urządzeni mechaniczne. Dezynfekcja –niszczenie drobnoustrojów w określonym środowisku. Dezynfekcja przeprowadzana jest za pomocą czynników fizycznych i chemicznych. Antyseptyka to niszczenie (lub usuwanie) drobnoustrojów na skórze człowieka, błonach śluzowych, zakażonych ranach. Do antyseptyki stosowane są liczne związki chemiczne i preparaty: Aseptyka –niedopuszczenie do zanieczyszczenia lub zakażenia drobnoustrojami osobnika chorego lub zdrowego, określonego środowiska, materiału, sprzętu, narzędzi, aparatury, czy przedmiotu. Normy dotyczące usuwania odpadów - (Ustawa, Rozporządzenie Ministra Zdrowia)

2

Klasyfikacja odpadów (medyczne, komunalne, zakaźne). Unieszkodliwianie odpadów (procesy przekształceń odpadów do stanu nie stanowiącego zagrożenia dla życia, zdrowia i środowiska). Antybiotyki Podział ogólny preparatów o działaniu przeciwdrobnoustrojowym: Antybiotyk- substancja o aktywności przeciwdrobnoustrojowej, wytwarzana przez mikroorganizmy (bakterie, grzyby) lub uzyskana na drodze półsyntetycznej lub syntetycznej mająca zawsze naturalny wzorzec. Chemioterapeutyk- substancja o aktywności przeciwdrobnoustrojowej, uzyskana na drodze syntezy chemicznej, nie posiadająca naturalnego wzorca. Główne grupy antybiotyków i chemioterapeutyków: Antybiotyki betalaktamowe: Penicyliny: - naturalne (penicylina benzylowa) - alfaaminopochodne (ampicylina, amoksycylina) - karboksypenicyliny (tikarcylina, karbenicylina) - ureidopenicyliny (azlocylina, piperacylina, mezlocylina) - oporne na działanie penicylina gronkowcowych (kloksacylina, metycylina) - z inhibitorami betalaktamaz (ampicylina+ sulbactam; amoksycylina+kwas klawulanowy; piperacylina +tazocactam) Cefalosporyny I, II, III, IV generacji: -cefalosporyny I generacji (cefalorydyna) -cefalosporyny II generacji (cefuroksym) - cefalosporyny III generacji (ceftazydym) - cefalosporyny IV generacji (cefepim) Cefamycyny (cefoksytyna) Monobaktamy (aztreonam) Trójbaktamy (sanferinem) Karbapenemy (tienamycyna) Inhibitory betalaktamaz (kwas klawulanowy, sulbaktam, tazobactam) Aminoglikozydy: -naturalne: pochodne streptydyny (streptomycyna) -naturalne: pochodne didezoksystreptaminy (gentamycyna) -pólsyntetyczne (amikacyna) Ansamycyny (rifampicyna) Tetracykliny ( tetracyklina, doksycyklina) Makrolidy: - stara generacja (erytromycyna) -nowa generacja (roksytromycyna) -ketolidy (trolitromycyna) Linkozamidy (klindamycyna) Streptograminy (synercid) Oksazolidynony (linezolid) Glikopeptydy (wankomycyna, teikoplanina) Polimyksyny (kolistyna)

3

Sulfonamidy (kotrimoksazol: trimetoprim+ sulfametoksazol) Nitroimidazole (metronidazol) Nitrofurany (nitrofurantoina, furagin) Chinolony: -stare (kwas nalidyksowy) -nowe (ciprofloksacyna, norfloksacyna) Leki przeciwgrzybicze: -polieny (nystatyna, amfoteryczna B) -azole (flukonazol, itrakonazol, ketokonazol) -antymetabolity (5-flucytozyna) Leki przeciwwirusowe (acyklowir, zydowudyna, gancyklowir) Mechanizm działania antybiotyków i chemioterapeutyków na drobnoustroje: - blokowanie biosyntezy ściany komórkowej (betalaktamy; glikopeptydy; fosfomycyna; bacytracyna) - uszkodzenie błony protoplazmatycznej (polimyksyny; leki przeciwgrzybicze) - blokowanie biosyntezy białka przez wiązanie z podjednostką 30s i 50s rybosomu (chloramfenikol; aminoglikozydy; tetracykliny; makrolidy; kwas fusydowy; linezolid) - blokowanie syntezy DNA (kotrimoksazol; chinoliny; nitrofurany; metronidazol; rifamycyny; leki przeciwwirusowe) Podział antybiotyków ze względu na sposób działania: - działanie bakteriostatyczne –zahamowanie wzrostu (makrolidy; linkozamidy; tetracykliny; chloramfenikol; trimetoprim; sulfonamidy). MIC (ang. minimal inhibitory concentration) minimalne stężenie hamujące wzrost bakterii w określonym innokulum. MBC (ang. minimal bactericidal concentration) minimalne stężenie bakteriobójcze w określonym innokulum. Metody określania wrażliwości: Dyfuzyjno-krążkowa, Metoda rozcieńczeń w bulionie, Określanie wartości MIC za pomocą E-testów, Metody półautomatyczne lub automatyczne. Diagnostyka Serologiczna Efektem reakcji antygen – przeciwciał in vitro mogą być 4 zasadnicze typy odczynów serologicznych:

1. AGLUTYNACJA – oznacza zlepianie się komórek pod wpływem swoistych przeciwciał (aglutynin) dla antygenów powierzchniowych. W rutynowych testach diagnostycznych komórki często zastępowane są cząsteczkami polistyrenu, lateksu lub węgla opłaszczonymi antygenem, z którym reagują swoiste przeciwciał – aglutynacja bierna. Aglutyniny stanowią przeciwciała głównie klasy IgM. Zastosowanie: typowania serologiczne bakterii, odczyn Widala, odczyn Wrighta.

2. PRECYPITACJA – oznacza tworzenie się strątów (precypitatów) w mieszaninie swoistych przeciwciał (precypityn) i rozpuszczalnego antygenu w środowisku płynnym lub żelu (testy immunodyfuzyjne i immunoelektroforetyczne). Precypityny stanowią przeciwciał głównie klasy IgG. Zastosowanie: odczyny kłacz kujące (VDRL).

4

3. WIĄZANIE DOPEŁNIACZA – oznacza zjawisko lizy komórek (bakteriolizę, hemolizę) w następstwie związania dopełniacza przez kompleks antygen – przeciwciało wiążące dopełniacz. Odczyn opiera się o wykrywanie zużyci dopełniacz w mieszaninie dwóch układów litycznych o wspólnym dopełniaczu. Drugi układ lityczny („uczulone erytrocyty” – krwinki opłaszczone swoistymi dla nich przeciwciałami hemolitycznymi – amboceptor) stanowi wskaźnik zużycia dopełniacz w reakcji antygen – przeciwciał – dopełniacz. Wystąpienie hemolizy krwinek dowodzi, że nie nastąpiło związanie dopełniacza w pierwszym układzie litycznym – wynik ujemny. Przeciwciała wiążące dopełniacz są immunoglobulinami klasy IgG i IgM. Zastosowanie: odczyn Wassermanna, gonoreakcja.

4. NEUTRALIZACJA TOKSYN – oznacza zahamowanie aktywności biologicznej głownia egzotoksyn bakteryjnych przez swoiste dla nich przeciwciała. Reakcja toksyna – przeciwciało polega na przestrzennym zablokowaniu grupy toksycznej lub na wywołaniu zmian allosterycznych całej cząsteczki toksyny. Antytoksyny są przeciwciałami głównie klasy IgG. Zastosowanie: test antystreptolizynowy (ASO) dla wykrywania przeciwciał przeciwko streptolizynie O.

Staphylococcus Gram-dodatnie ziarenkowce , układające się w grona. Najbardziej chorobotwórczy: S.aureus, jest odpowiedzialny za choroby skóry (zapalenie mieszków włosowych, czyraki, zespół oparzonej skóry, liszajec), a także przyczyną poważnych chorób inwazyjnych (zapalenia płuc, zatruć pokarmowych, zapalenia szpiku, posocznicy.) Diagnostyka opiera się na hodowli na podłożu agarowym krwawym oraz podłożu Chapmana. Ważne patogeny koagulazo-ujemne: - S.epidermidis (zakażenia miejscowe związane z obecnością biomateriałów) - S.saprophyticus (zapalenia dróg moczowych u młodych kobiet). Streptococcus Najważniejsze klinicznie gatunki: Streptococcus pyogenes, S.pneumoniae, S.agalacitiae, Streptokoki to względne beztlenowce, katalazo-ujemne, Gram-dodatnie ziarenkowce, występujące w parach albo łańcuszkach. Ważne patogeny: - S.pyogenes (GAS)- gatunek najczęściej powodujący zakażenia górnych dróg oddechowych (zapalenie gardła, zapalenie migdałków) oraz skórne infekcje (liszajec, róża, zapalenie tkanki łącznej), posocznicę. - S.agalactiae(GBS) gatunek odpowiedzialny za posocznicę i zapalenie opon mózgowych u noworodków. - S.pneumoniae najczęstszy czynnik etiologiczny pozaszpitalnego zapalenia płuc oraz bakteriemii, może powodować zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zapalenie ucha środkowego i zapalenie zatok u dzieci. - S.mutans gatunek odpowiedzialny za powstawanie próchnicy oraz zapalenie wsierdzia. W diagnostyce mikrobiologicznej streptokoki różnicowane w zależności od sposobu wzrostu na podłożu krwawym z 5% krwią baranią oraz rodzaju hemolizy. W diagnostyce różnicowej wykorzystywane są: badania serologiczne, wykrywanie antygenu (grupy Lancefield), wrażliwość na optochinę (dla S.pneumoniae), test wrażliwości na bacytracynę, ASO (dla S.pyogenes). Neisseria Gram-ujemne, tlenowe dwoinki. Chorobotwórcze dla człowieka są dwa gatunki: N.gonorrhoeae i N.meningitidis. N.gonorrhoeae droga przenoszenia kontakty seksualne i podczas porodu. ten szerzy się na drodze kontaktów seksualnych oraz podczas porodu. Czynniki zjadliwości: fimbrie, LOS, białka błony zewnętrznej, proteazę IgA.

5

Znaczenie kliniczne – rzeżączka, zakażenia układu moczowo-płciowego. Może powodować również zapalenie jajowodów i zapalenia w obrębie miednicy. Zakażenie odbytu, zapalenie gardła, zapalenie oka u noworodków. Diagnostyka mikrobiologiczna: Wymaz z cewki moczowej, kanału szyjki macicy. Podłoże hodowlane selektywne: MTM (zmodyfikowany Martin-Thayer), Barwienie metodą Grama, PCR. N.meningitidis jest jednym z najczęstszych czynników etiologicznych zapalenia opon mózgowych-rdzeniowych, może również powodować piorunującą postać bakteriemii meningokokowej, wraz z wykrzepianiem wewnątrznaczyniowym, zapaścią oraz powodować wstrząs septyczny. Serotypy: lipooligosachatydowa otoczka jest antygenowo zmienna, wyróżniamy 13 serotypów, najważniejsze z nich to: A,B,C,W i Y. Zjadliwość: otoczka wielocukrowa (polisacharydowa) , LOS, fimbrie i białka błony zewnętrznej. Diagnostyka mikrobiologiczna: podłoże hodowlane selektywne- Thayer-Martina, barwienie metodą Grama, odczyn aglutynacji lateksowej, PCR. Leczenie i profilaktyka: cefalosporyny III generacji, szczepienia

Moraxella Gram-ujemne dwoinki. Najważniejszym klinicznie gatunkiem jest M.catarrhalis. Przyczyna zakażeń dróg oddechowych, ucha środkowego, oczu, zapalenia stawów.

6

2. Pałeczki Gram dodatnie - rodzaje: Corynebacterium, Listeria, Lactobacillus. Bakterie kwasooporne: Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, inne prątki. Promieniowce. Pałeczki Gram ujemne: Haemophilus, Bordatella, Pseudomonas, Brucella, Franciscella, Pasteurella, Legionella. Corynebacterium Gram dodatnie pałeczki. Występują w charakterystycznych skupiskach (pismo chińskie). Niektóre gatunki są naturalnymi komensalami nosogardła, dróg moczowo-płciowych i skóry, morfologicznie przypominają C.diphtheriae, nazywane są dyfteroidami, nie produkują egzotoksyny. Najważniejszy gatunek: C.diphtheriae. Tylko lizogenne szczepy C.diphtheriae zarażone bakteriofagiem beta produkują toksynę błoniczą. Diagnostyka: barwienie metodą Grama i Neissera. Hodowla: podłoże Clauberga. HPLC, test Eleka. Leczenie: neutralizacja toksyny (podanie antytoksyny), eradykacja drobnoustroju z organizmu (antybiotykoterapia). Zapobieganie: immunizacja toksoidem błoniczym (szczepionki DTP, DTaP). Inne gatunki: C.jejkeium, C.urealyticum, C.ulcerans Listeria Krótkie, gram dodatnie pałeczki, ruchliwe (tylko w temp. 25°C). Fakultatywny patogen wewnątrzkomórkowy. Najważniejszy gatunek: L.monocytogenes Czynnik etiologiczny listeriozy:

o u noworodków: postać wczesna i późna (zapalenia opon mózgowo rdzeniowych, posocznica), o u kobiet ciężarnych: poronienia, o u osób z immunosupresją: zapalenie CUN, posocznica, zatrucia pokarmowe.

Diagnostyka laboratoryjna: materiał do badania: krew, pmr, płyn owodniowy, wymaz z kanału szyjki macicy, bioptaty z narządów wewnętrznych. Hodowla na podłożu Palcam. Identyfikacja: posiew kłuty podpowierzchniowy, podłoże półpłynne z peptonem (parasol) Leczenie: antybiotykoterapia. Lactobacillus Gram dodatnie, względnie beztlenowe pałeczki (GRAS). Komensale naturalnej flory mikrobiologicznej błon śluzowych (głównie pochwa, przewód pokarmowy). Produkują duże ilości kwasu mlekowego:

o utrzymanie kwaśnego pH błon śluzowych (np. pochwy), o utrzymanie prawidłowej mikroflory jelit, o w jamie ustnej - tworzenie próchnicy.

Najważniejsze gatunki: L.acidophilus, L.rhamnosus, L.casei, L.crispatus, L.fermentum. Diagnostyka laboratoryjna: hodowla na podłożu Rogosa

7

Mycobacterium Prątki to długie, cienkie pałeczki, bezwzględnie tlenowe. Ściana komórkowa Mycobacterium zawiera beta-hydroksylowane kwasy tłuszczowe – kwasy mykolowe. Najważniejsze gatunki:

• M.tuberculosis • M.leprae.

M.tuberculosis, M.bovis i M.africanum tworzą wspólnie mycobacterium tuberculosis complex, są czynnikami etiologicznymi gruźlicy. Gruźlica pierwotna – faza początkowa

o ognisko zawsze w płucach o choroba pierwotna – utworzenie gruzełków (ziarniniaków).

Gruźlica pozapłucna. Gruźlica prosówkowa – ostra infekcja. MDR-TB – (multidrug resistant tuberculosis) – pierwotna wielolekooporność, XDR-TB – (extensively drug resistant tuberculosis) – gruźlica wielolekooporna o rozszerzonej oporności, XXDR-TB – (extremely drug resistant tuberculosis) – gruźlica o bardzo szerokim zakresie oporności na leki. Diagnostyka laboratoryjna: Materiał do badania: plwocina (postać płucna), z miejsca rozwoju choroby (postać pozapłucna). Barwienie kwasooporne Ziehl-Neelsena. Podłoża do hodowli: podłoże Middlebrook’a, podłoże Lowensteina-Jensena, długi czas hodowli. Metoda weryfikacji: PCR, quantiFERON-TB test (QTF), T-SPOT Tb test, próba tuberkulinowa, zdjęcia RTG. Leczenie i zapobieganie: zalecana terapia wielolekowa. Szczepienia: szczepionka BCG (Bacillus Calmette-Guérin), zawiera atenuowane prątki M.bovis. Mycobacterium leprae – kwasooporne prątki, czynnik etologiczny trądu (choroby Hansena):

• postać tuberkuloidowa (skąpoprątkowa) • postać lepromatyczna (bogatoprątkowa)

Diagnostyka laboratoryjna: Materiał do badania: bioptaty i wymazy ze zmian skórnych, zeskrobiny. Nie namnaża się na sztucznych podłożach hodowlanych ani na liniach komórkowych. Barwienie kwasooporne metodą Ziehl-Neelsena. Leczenie: terapia wielolekowa. MOTT (Mycobacterium other than tuberculosis)- prątki inne niż gruźlicze M.avium – intrracellulare complex M.kansassii M.marinum Actinomyces Gram dodatnie pałeczki, czasem w postaci rozgałęzionych filamentów, czasem ziarnikopodobne, nieruchliwe, względnie beztlenowe. Większość gatunków to naturalna flora saprofityczna w jamie ustnej człowieka. Najważniejszy gatunek: A. israelii Czynnik etiologiczny promienicy. 3 postacie promienicy: szyjno-twarzową, gardłową i brzuszną. Diagnostyka laboratoryjna.

8

Preparat przyżyciowy: żółte ziarna siarkowe. Barwienie metodą Grama i wg Kinyouna, hodowla na podłożu BHA (agar z wyciągiem mózgowo-sercowym). Leczenie: chirurgiczne opracowanie ropni i przetok, antybiotykoterapia. Nocardia Gram dodatnie pałeczki, tlenowe, większość szczepów słabo kwasoopornych. Kolonie mogą produkować barwniki. Najważniejszy gatunek: N.asteroides. Nocardia sp. to saprofity występujące w glebie i kurzu. U pacjentów z immunosupresją mogą być odpowiedzialne za infekcje skóry, infekcje oskrzelowo-płucne i ropnie mózgu (nokardiozy). Diagnostyka laboratoryjna. Preparat przyżyciowy: białe , żółtawe ziarna siarkowe. Barwienie metodą Grama i wg Kinyouna, hodowla na podłożu Sabouarda lub MTM . Leczenie: antybiotykoterapia. Haemophilus Rodzaj Haemophilus to Gram-ujemne ziarniako-pałeczki. Należą do patogenów wybrednych do wzrostu wymagają czynników zawartych we krwi: czynnika X (hemina) i/lub czynnika V (NAD). H.influenzae powoduje zakażenia układu oddechowego oraz zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zapalenia stawów, zapalenie tkanki łącznej. Szczepy otoczkowe H.influenzae podzielono na serotypy. Wyróżniamy ich sześć a-f, podstawą podziału są różnice w budowie wielocukrowych antygenów otoczkowych. W patogenezie zakażeń istotną rolę odgrywa otoczka, która chroni patogen przed fagocytozą. Ważne patogeny: H.parainfluenzae(zapalenie górnych dróg oddechowych, zapalenie płuc, zapalenie wsierdzia), H.ducreyi (wrzód miękki), H.aegyptius (zapalenie spojówek). Bordatella Małe, Gram-ujemne, bezwzględnie tlenowe pałeczki o dużych wymaganiach wzrostowych. Jedynie B.pertussis jest wyłącznym patogenem człowieka, powoduje krztusiec. Do zakażenia dochodzi drogą kropelkową, zapadalność u nie immunizowanych osób 90%. Produkuje wiele adhezyn oraz egzotoksyn, które determinują chorobotwórczość. Objawy krztuśca rozpoczynają się fazą nieżytową (kataralną) trwającą 7-14 dni, następnie przechodzą w fazę napadowego kaszlu (u małych dzieci możliwość wystąpienia bezdechu, sinicy, drgawek, wymiotów), która utrzymuje się około 6 tygodni. Faza zdrowienia trwa 1-3 tygodnie. Pseudomonas Gram-ujemne, niefermentujące, urzęsione pałeczki. Są bezwzględnymi tlenowcami, katalazo- i oksydazo-dodatnie. Występują powszechnie w środowisku (gleba, woda, ścieki, miejsca wilgotne, respiratory, wentylatory, cewniki, syfony umywalek, mogą żyć w roztworach środków dezynfekcyjnych, mydeł) i otoczeniu człowieka (żywność), mają bardzo małe wymagania odżywcze; stanowią czynnik etiologiczny zakażeń szpitalnych. Mogą żyć w szerokim zakresie temperatur. Najczęściej izolowanym gatunkiem jest

9

P.aeruginosa (pałeczka ropy błękitnej). Cechą charakterystyczną tej bakterii jest zapach, przypominający kwiat jaśminu oraz wytwarzanie piocyjaniny – barwnika dyfundującego do podłoża. Chorobotwórczość związana jest z zakażeniami szpitalnymi; szpitalne zapalenie płuc związane z respiratorami, zakażenia dróg oddechowych u pacjentów z mukowiscydozą, zakażenia układu moczowego, zakażenia skóry, ran i tkanek miękkich (zwłaszcza ran oparzeniowych). Wśród pozaszpitalnych zakażeń wyróżniamy: zapalenie ucha zewnętrznego (ucho pływaka), zakażenia rogówki u pacjentów korzystających z soczewek kontaktowych. Brucella Drobne, nieurzęsione, Gram-ujemne pałeczki. Bezwzględnie tlenowe, wytwarzają oksydazę i katalazę. Należą do względnych pasożytów wewnątrzkomórkowych. Spośród pałeczek Brucella chorobotwórcze dla człowieka są: B. abortus (rezerwuar-bydło), B. melitensis (rezerwuar-kozy), B. suis (rezerwuar-świnie), B.canis (rezerwuar-psy). B. abortus jest czynnikiem etiologicznym brucelozy - zoonozy. Drogi zakażenia: pokarmowa-niepasteryzowane mleko i jego przetwory, a także surowe mięso; droga przezskórna - bezpośredni kontakt z chorym zwierzęciem lub jego wydalinami, wydzielinami; droga aerogenna. Franciscella Drobne, ziarniakopodobne, nieurzęsione pałeczki Gram-ujemne (barwią się biegunowo). Są bezwzględnymi tlenowcami, katalazo-dodatnie. Należą do względnych pasożytów wewnątrzkomórkowych. F. tularensis –wywołuje chorobę odzwierzęcą tularemię, występującą naturalnie wśród zającowatych i dziko żyjących gryzoni (choroba zajęcza). F. tularensis należy do patogenów kategorii A broni biologicznej. Tularemia może przebiegać w postaci wrzodziejąco-węzłowej, oczno-węzłowej, żołądkowo-jelitowej, płucnej i durowej. Hospitalizacja pacjentów jest obowiązkowa. Pasteurella Małe, pleomorficzne, nieurzęsione pałeczki Gram-ujemne, barwiące się dwubiegunowo, względnie beztlenowe. Do najczęściej izolowanych gatunków z zakażeń u człowieka należy P. multocida. Występuje jako normalna flora jamy gębowej kotów, psów oraz dzikich zwierząt. Do zakażenia człowieka dochodzi w wyniku zadrapania lub ugryzienia przez zwierzę. P. multocida powoduje zakażenia przyranne z limfoadenopatią, posocznice u osób z obniżoną odpornością (szczególnie z marskością wątroby), zaostrzenie przewlekłej choroby układu oddechowego. Bartonella Bartonella henselae: choroba kociego pazura. Legionella Rodzaj Legionella obejmuje 42 gatunki najważniejsza dla człowieka jest L. pneumophila. Bakterie z rodzaju Legionella są bezwzględnymi tlenowcami. Są to Gram-ujemne, urzęsione, pleomorficzne, katalazo-dodatnie, oksydazo-ujemne pałeczki. Legionella są fakultatywnymi pasożytami wewnątrzkomórkowymi. Zakażenia dotyczą przede wszystkim płuc i mogą występować w postaci tzw. Gorączki Pontiac (zakażenie grypopodobne) oraz choroby legionistów (atypowe zapalenie płuc).

10

3. Pałeczki Gram ujemne: rodzina Enterobacteriaceae: Escherichia, Salmonella, Shigella, Klebisiella, Proteus, Serratia, Yersinia. Rodzaje: Chlamydia, Rickettsia. Rodzaj: Mycoplasma. Pałeczki gram ujemne, względnie beztlenowe, nieprzetrwalnikujące. Drobnoustroje z rodziny Enterobacteriaceae posiadają 3 główne antygeny:

• antygen rzęskowy H, • antygen somatyczny O (część endotoksyny LPS), • antygen otoczkowy K (u Salmonella jako ag wirulencyjny Vi).

Wszystkie gram ujemne pałeczki posiadają endotoksynę LPS zbudowaną z: • swoistego łańcucha polisacharydowego (antygen O), • polisacharydowego rdzenia, • lipidu A – centrum endotoksyny.

LPS wywołuje gorączkę i może aktywować układ dopełniacza, kininy i czynniki krzepnięcia. Escherichia Bakterie z rodzaju Escherichia coli kolonizują przewód pokarmowy człowieka. Większość to drobnoustroje oportunistyczne, niektóre są pierwotnymi patogenami. Chorobotwórczość: zespoły biegunkowe, zakażenia układu moczowego (UPEC), zakażenia wewnątrzbrzuszne, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych u noworodków (E.coli K1), posocznica. Patotypy wywołujące zaburzenia żołądkowo-jelitowe:

• EPEC (enteropatogenne E.coli) • EIEC (enteroinwazyjne E.coli) • EAEC (enteroagregacyjne E.coli) • ETEC (enterotoksynogenne E.coli) • EHEC/VTEC (enterokrwotoczne E.coli) – powikłania: zespół hemolityczno-mocznicowy,

krwotoczne zapalenie jelita cienkiego. Salmonella Patogen pierwotnie chorobotwórczy, fakultatywny pasożyt wewnątrzkomórkowy. Salmonella Typhi – czynnik etiologiczny duru brzusznego (uwaga: tylko u ludzi). Salmonella Paratyphi A, B, C – czynnik etiologiczny durów rzekomych (uwaga: tylko u ludzi). Salmonellozy – zatrucia pokarmowe najczęściej wywoływane przez bakterie z rodzaju Salmonella (S.enteritidis, S.choleraesuis). Diagnostyka laboratoryjna. Materiał do badania: kał, krew, mocz, żółć. Hodowla na podłożach: SS, Wilson-Blair. Identyfikacja serologiczna serowarów (ag Vi i O (gr D i H:d)). Leczenie: antybiotykoterapia + leczenie objawowe.

11

Shigella Patogen pierwotnie chorobotwórczy, fakultatywny pasożyt wewnątrzkomórkowy (uwaga: tylko u ludzi). S.flexnerii, S.sonnei, S.boydii – czerwonka bakteryjna (przebieg łagodniejszy niż przy S.dysenteriae). S.dysenteriae – czynnik etiologiczny czerwonki bakteryjnej, możliwe wystąpienie HUS Diagnostyka laboratoryjna: Materiał do badania: kał, wymaz z odbytu. Hodowla na podłożach: SS, Wilson-Blair. Diagnostyka serologiczna: określenie grupy serologicznej. Leczenie: antybiotykoterapia. Klebisiella sp. Wchodzi w skład fizjologicznej flory przewodu pokarmowego, sporadycznie kolonizuje śluzówkę jamy nosowogardłowej u 1-6% zdrowych osób (bezobjawowe nosicielstwo). Charakterystyka: krótkie, bezrzęse pałeczki Gram-ujemne, wytwarzają śluzowate polisacharydowi otoczki, fermentują laktoze, wytwarzają ureaze, są indolo-ujemne (nie rozkładają tryptofanu). Najważniejsze czynniki zjadliwości: otoczka polisacharydowa, fimbrie, endotoksyna. Chorobotwórczość: pozaszpitalne i szpitalne zapalenie płuc, pozaszpitalne i szpitalne zapalenie układu moczowego, posocznica. Diagnostyka mikrobiologiczna: hodowla tlenowa. Podłoże wybiórczo-różnicujące – agar Mac Conkey, a z laktozą. Testy biochemiczne: manualne; automatyczne. Leczenie: preferowane antybiotyki batalaktamowe (cefalosporyny II i III generacji); karbapenemy. Alternatywnie tygecyklina. Poważny problem terapeutyczny stanowią szczepy ESBL(+), KPC. Proteus Najważniejszy klinicznie gatunek Proteus mirabilis. Wchodzi w skład fizjologicznej flory przewodu pokarmowego, są szeroko rozpowszechnione w środowisku naturalnym (gleba, woda, ścieki); występują w środowisku szpitalnym (szpitalny patogen układu moczowego). Charakterystyka : proste, urzęsione (rzęski dookoła komórki) pałeczki Gram-ujemne, wykazują dimorfizm tzn. morfologia komórek zależna od środowiska wzrostu. Antygen O jest podstawą klasyfikacji serologicznej pałeczek Proteus (wyróżnia się O1- O49 antygenów). Wytwarzają ureaze i sa H2S dodatnie. Najważniejsze czynniki zjadliwości: fimbrie, otoczka polisacharydowi, endotoksyna (LPS), uraza, protezy. Chorobotwórczość : szpitalne zapalenie płuc; szpitalne i pozaszpitalne zapalenie pęcherza moczowego; szpitalne zakażenie ran; posocznica Diagnostyka mikrobiologiczna: hodowla tlenowa; podłoża wybiórczo-różnicujące – agar Mac Conkey,a z laktozą. Wytwarzają cuchnąco-gnilny zapach. Wzrost mgławicowy. PCR, genotypowania. Leczenie : preferowane: antybiotyki batalaktamowe penicyliny szerokowachlarzowe (aminopenicyliny, ureidopenicyliny); penicyliny z inhibitorem (amoksycylina/ klawulonian); cefalosporyny I, II, III i IV generacji; cefalosporryna z inhibitorem (cefoperazon z sulbactamem); karbapenemy (imipenem); aminoglikozydy. Alternatywnie flurochinolony. Poważny problem terapeutyczny stanowią szczepy Proteus mirabilis ESBL (+).

12

Serratia Najważniejszy klinicznie gatunek Serratia marcescens. Wchodzi w skład fizjologicznej flory przewodu pokarmowego, są szeroko rozpowszechnione w środowisku naturalnym (gleba, woda, ścieki, warzywa); wystepują w środowisku szpitalnym- w miejscach wilgotnych (zlewy, nawilżacze). Charakterystyka : krótkie, urzęsione (rzęski dookoła komórki) pałeczki Gram-ujemne. Nie wytwarzają urazy, nie fermentują laktozy, nie rozkładają tryptofanu do indolu. Uwalniają trzy enzymy hydrolityczne: nukleaze, lipaze, żelatynaze. Najważniejsze czynniki zjadliwości: endotoksyna (LPS), egzoenzymy (nukleaza, lipaza, żelatynaza). Chorobotwórczość: szpitalne zapalenie płuc i posocznica; szpitalne zapalenie pęcherza moczowego; szpitalne zakażenie miejsca operowanego. Diagnostyka mikrobiologiczna: hodowlatlenowa; podłoże wybiórczo-różnicujące – agar Mac Conkey,a z laktozą. Leczenie : preferowane: antybiotyki batalaktamowe (cefalosporyny III i IV generacji); karbapenemy. Alternatywnie flurochinolony, tygecyklina. Mogą sporadycznie występować szczepy wytwarzające kodowaną chromosomalnie indukowaną cefalosporynaze AmpC, enzym, który rozkłada penicyliny oraz cefalosporyny I-III generacji. Ponadto szczepy ESBL(+).

Yersinia Najważniejsze gatunki: Y.pestis – czynnik etiologiczny dżumy.

o dżuma dymienicza (limfadenopatia, bakteriemia) – droga zakażenia: ugryzienie pchły, o dżuma płucna (zapalenie płuc) – droga zakażenia kropelkowa.

Diagnostyka laboratoryjna: Materiał do badania: plwocina, aspiraty z dymienic. Barwienie metodą Grama lub Giemzy (barwienie dwubiegunowe – „agrafka”). Hodowla na podłoży MacConkey’a. Diagnostyka serologiczna: wykrycie ag F1 w pobranym materiale, p-ciała anty-F1 w surowicy. Leczenie: antybiotykoterapia. Y.enterocolitica – czynnik etiologiczny jersiniozy, postać brzuszna i posocznicowa.

o Powikłania: reaktywne zapalenie stawów, rumień guzowaty Diagnostyka laboratoryjna: Materiał do badania: kał, krew, płyn otrzewnowy, wysięki z płynu stawowego, węzły chłonne krezki. Hodowla: podłoże MacConkey’a, podłoże YSA. Diagnostyka serologiczna (jersinioza przewlekła): p-ciała anty-Yop, ag O w surowicy. Leczenie: antybiotykoterapia. Y.pseudotuberculosis – zatrucia pokarmowe.

Chlamydia Chlamydia są bezwzględnymi wewnątrzkomórkowymi pasożytami. Posiadają cechy zarówno bakterii jak i wirusów. Chlamydia mają unikalny cykl rozwojowy, z trzema postaciami morfologicznymi: ciałkiem elementarnym, ciałkiem siateczkowatym, oraz ciałkiem pośrednim Chlamydia trachomatis jest odpowiedzialna za choroby takie jak: jaglica i ślepota, wtrętowe zapalenie spojówek u niemowląt i dorosłych, nierzeżaczkowe zapalenie cewki moczowej u mężczyzn (NGU), ziarniniak weneryczny, zapalenie płuc u niemowląt . Chlamydia pneumoniae wywołuje: zapalenie gardła, krtani, zatok, oskrzeli, atypowe zapalenie płuc.

13

Rickettsia Rickettsie są Gram -ujemne , bezwzględnymi wewnątrzkomórkowymi bakteriami, zakażają ssaki i stawonogów. Organizmy te są małe, pleomorficzny ziarniakopałeczki. Ich struktura jest typowo bakterii Gram - ujemnych . Rickettsie - replikacja w cytoplazmie i jądrze komórki gospodarza; wywołują gorączkę plamistą i dur (tyfus) - Rickettsia prowazekii i R. typhi. Rickettsia rickettsi (gorączka Gór Skalistych), Rickettsia akari (ospa riketsjowa). Coxiella Coxiella burnetii - replikacja wyłącznie w fagosomie wykazują zmienność antygenową. Zdolne do replikacji w kwaśnym środowisku. Większość zakażeń – asymptomatyczna, zakażenia kliniczne jawne przebiegają łagodnie z objawami grypopodobnymi. U mnie niż 5% osób choroba ma ostry przebieg – zapalenie płuc, zapalenie wątroby, gorączka . Wywołuje gorączkę Q. Mycoplasma Mycoplasma i Ureaplsama – najmniejsze wolno żyjące bakterie. Brak ściany komórkowej, w błonie cytoplazmatycznej zawierają sterole. Mycoplasma pneumonia –ścisły patogen człowieka. Zakażenia układu oddechowego (zapalenie tchawicy, oskrzeli, atypowe zapalenie płuc). Mycoplasma hominis – układ oddechowy, drogi moczowo-płciowe, odmidniczkowe zapalenie nerek, gorączka połogowa, ogólnoustrojowe u pacjentów z immunosupresją. Mycoplasma genitalium – układ moczowo-płciowy – nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej (NGU), zapalenie narządów miednicy mniejszej. Ureaplasma urealyticum – układ oddechowy, drogi moczowo-płciowe- NGU, odmiedniczkowe zapalenie nerek, poronienia, przedwczesne porody.

14

4. Bakterie spiralne: rząd Spirochaetales - rodzaje: Treponema, Leptospira, Borrelia. Pałeczki: Campylobacter, Helicobacter, Vibrio. Treponema Ruchliwe, spiralne bakterie o ruchu korkociąga, słabo barwiące się metodą Grama. Nie rośnie w warunkach in vitro. Kiła jest chorobą przenoszoną drogą płciową lub zakażeniem wrodzonym. Jest relatywnie bezbolesną, wolno rozwijającą się chorobą. Okres inkubacji to 10-90 dni, mimo, że krętki rozmnażają się natychmiast w organizmie. Krętek przedostaje się przez wrota zakażenia i szybko namnaża w śródbłonku naczyń krwionośnych, a następnie dochodzi do rozsiewu bakterii drogami chłonnymi i drogą krwi – co prowadzi do choroby ogólnoustrojowej. Zmiany związane z zakażeniem mogą dotyczyć każdego narządu. Kiła I - okresu rozwija się tydzień do miesiąca po zakażeniu i charakteryzuje się pojawieniem niebolesnego wrzodu twardego, najczęściej w okolicy narządów płciowych. Kiła II - okresu pojawia się 2-24 tygodni po okresie bezobjawowym i charakteryzuje się osutką kiłową, która trwa 2-6 tygodni i może następnie ustępować. Po tym okresie może rozwinąć się wieloletni okres latencji bez objawów klinicznych. Stadium III-rzędowe może dotyczyć każdego narządu i zakończyć się śmiercią, najczęściej z powodu zmian sercowo-naczyniowych lub neurologicznych. W Kile III-rzędowej pojawiają się charakterystyczne zmiany – kilaki. Kiła wrodzona charakteryzuje się deformacją płodu lub śmiercią płodu. Diagnostyka laboratoryjna: Obserwacja krętków w mikroskopie ciemnego pola lub PCR materiału pobranego z wrzodu twardego lub techniki immunologicznej VDRL, RPR, FTA, TPHA, TPPA, ELISA. Leptospira Cienkie, ruchliwe, zagięte krętki z periplazmatyczną wicią, tlenowe. Główny gatunek to L. interrogans, a najczęściej występujące serowarianty to Icterohaemorrhagiae, Canicola, Pomona,Pyrogenes i Grippotyphosa. Choroba powodowane przez te drobnoustroje to leptospiroza, przenoszona ze zwierząt na ludzi (zoonoza). Leptospiroza może przebiegać z żółtaczką (choroba Weila) lub mieć formę bezżółtaczkową. Diagnostyka laboratoryjna opiera się o badania serologiczne, PCR, hodowlę lub obserwację w mikroskopie ciemnego pola. Leczenie obejmuje antybiotykoterapię i czasami dializowanie pacjenta. Borrelia Ruchliwe, mikroaerofilne krętki, przenoszone przez stawonogi. Dwa gatunki – B. burgdorferii i B. recurentis odpowiedzialne są za choroby u ludzi. B. burgdorferii powoduje chorobę z Lyme, przenoszoną przez kleszcze. Infekcja przebiega w 3 stadiach: rumień wędrujący (erythrema migrant), stadium neurologiczno-kardiologiczne i stadium stawowe. W diagnostyce laboratoryjne stosuje się testy serologiczne, hodowlę oraz PCR. B. recurentis powoduje dur powrotny (endemiczny – przenoszony przez kleszcze, epidemiczny – przenoszony przez wesz odzieżową.

15

Diagnostyka laboratoryjna bazuje na testach serologicznych lub mikroskopii mikroorganizmów w próbkach krwi pobieranych w fazie gorączkowej. Leczenie zakażeń wywołanych przez krętki Borrelia opiera się na antybiotykoterapii – brak szczepionki. Campylobacter Gram-ujemne, zakrzywione lub w kształcie litery S, ruchliwe, mikroaerofilne pałeczki. Większość gatunków jest patogenami w świecie zwierząt. Dwa gatunki – C. jejuni i C. fetus są odpowiedzialne również za choroby u ludzi. C. jejuni powoduje ostre zapalenie żołądka i jelit. Konsekwencją tego zakażenia może być rozwój zespołu Guillaina – Barrego. C. fetus może powodować bakteriemię lub infekcję centralnego układu nerwowego u pacjentów o obniżonej odporności. Diagnostyka oparta jest o hodowlę drobnoustrojów w warunkach mikroaerofilnych przez 3 – 5 dni. Helicobacter Główny gatunek: Helicobacter pylori Gram-ujemne, spiralny, może tworzyć kokoidalne formy, mikroaerofilny. Drobnoustrój ten może przetrwać w niskim pH w żołądku. Patogenność związana jest z produkcji enzymu ureazy, cytotoksyną VacA, białkiem CagA, obecnością wici. Patogen jest odpowiedzialny za wrzody żołądka i dwunastnicy, ostre i przewlekłe zapalenie żołądka, raka żołądka i chłoniaka. Metody wykrywania zakażenia H. pylori są podzielone na 2 kategorie: - nieinwazyjne (oddechowy test ureazowy, badania serologiczne, wykrywanie antygenów w kale) - inwazyjne (hodowla, barwienie, szybki test ureazowy i PCR) . Leczenie obejmuje potrójną terapię (PPI i 2 antybiotyki). Vibrio Gram-ujemne, krótkie, zakrzywione, ruchliwe pałeczki. Rodzaj Vibrio można podzielić na 2 grupy drobnoustrojów: szczepy Vibrio 01 i 0139 odpowiedzialne za jednostkę chorobową cholerę i szczepy inne niż Vibrio 01 . Przecinkowe Vibrio cholerae 01 dzieli się na 2 biotypy (klasyczny i El-tor) i 3 serotypy (Inaba, Ogawa, Hikojima). Chorobotwórczość przecinkowców cholery związana jest z produkcją enterotoksyny (choleragenu) i czynników adhezyjnych. Diagnostyka laboratoryjna opiera się na hodowli drobnoustrojów, identyfikacji biochemicznej i serologicznej szczepów. Inne gatunki przecinkowców – Vibrio parahaemolyticus – odpowiedzialne są za zakażenia żołądka i jelit, oraz V. vulnificus i V. alginolyticus – za infekcje tkanek miękkich.

16

5. Bakterie przetrwalnikujące tlenowe: Bacillus; beztlenowe: Clostridium. Nieprzetrwalnikujące bakterie beztlenowe: Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella, Peptococcus, Peptostreptococcus, Veillonella. Grzyby chorobotwórcze z rodzaju: Aspergillus, Candida, Cryptococcus. Bacillus Gram dodatnie laseczki, przetrwalnikujące, fakultatywnie tlenowe. Występują w glebie, wodzie. Najbardziej znane: Bacillus anthracis, Bacillus cereus, Bacillus subtilis. Bacillus anthracis powoduje wąglik. Głownie choroba zwierząt roślinożernych. Zakażenie u ludzi poprzez kontakt z chorym zwierzęciem lub pośrednio z produktami zakażonych zwierząt. Dwa główne czynniki wirulencji otoczka i binarna egzotoksyna składająca się z 3 komponentów: toksyna letalna i toksyna obrzęku.Postaci kliniczne: wąglik skórny, wąglik pokarmowy, wąglik wziewny („choroba sortowaczy wełny”). Leczenie: Penicylina, Doksycyklina, ciprofloksacyna. Zapobieganie: szczepienie Bacillus cereus - produkcja dwóch entrotoksyn: ciepłostałej i ciepłochwiejnej. Powoduje zapalenie żołądka i jelit, zakażenie oczu, ciężkie zapalenie płuc. Bacillus subtilis: wywołuje zapalnie płuc u osób z obniżoną odpornością. Clostridium Clostridium botulinum, Clostridium tetani, Clostridium perfringens, Clostridium difficile. Gram dodatnie laseczki, bezwzględnie beztlenowe, wytwarzające przetrwalniki. Szeroko rozpowszechnione w środowisku naturalnym, występują w glebie, wodzie i ściekach, wchodzą w skład flory fizjologicznej przewodu pokarmowego ludzi i zwierząt. C.botulinum – laseczka jadu kiełbasianego. Wytwarza toksynę botulinową. 7 typów toksyn A-G, Choroba u ludzi spowodowana przez toksynę A i B lub E i wyjątkowo F. Chorobotwórczość: zatrucie jadem kiełbasianym, postać klasyczna, botulism przyranny, botulism niemowląt, botulism aerogenny. Diagnostyka: rozpoznanie na podstawie objawów oraz laboratoryjne – wykrycie I określenie toksyny botulinowej w surowicy, kale, treści żołądkowej, produktach pokarmowych Hodowla, barwienie Grama Leczenie: surowica przeciwbotulinowa C.tetani: laseczka tężca – terminalnie zlokalizowane przetrwalniki , wytwarza toksynę tężcową (tetnospazminę), tetanolizynę Chorobotwórczość: tężec – postać uogólniona, miejscowa, Diagnostyka na podstawie zespołu objawów, wykrywanie tetanospazminy, hodowla trudna Leczenie: surowica przeciwtężcowa, anatoksyna tężcowa, metronidazol C. perfringens – laseczka zgorzeli gazowej. Najważniejsze czynniki zjadliwości ; otoczka polisacharydowa, egzotoksyny, enterotoksyna, perfringolizyna, kolagenazy, nukleazy, hemolizyny, lipazy, proteazy, elastazy Chorobotwórczość: zgorzel gazowa, martwicze zapalenie powięzi, zatrucie pokarmowe, martwicze zapalenie jelit, posocznica. Diagnostyka: badanie bezpośrednie próbek kału Hodowla: wykrywanie enterotoksyny Leczenie: zatruciu pokarmowym – objawowe; w zgorzeli gazowej: chirurgiczne, antybiotykoterapia, komora hiperbaryczna C difficile – Najważniejsze czynniki chorobotwórcze to egzotoksyny A i B, toksyna binarna Chorobotwórczość: zespół CDAD Diagnostyka – badanie bezpośrednie próbek kału, wykrywanie toksyny A i B, PCR

17

Hodowla, testy biochemiczne, chromatografia gazowo-cieczowa Leczenie; przerwanie aktualnej antybiotykoterapii, metronidazol, glikopeptydy Bacteroides Bacteroides fragilis – Gram ujemna pałeczka bezwzględnie (obligatoryjnie) beztlenowa. Czynniki zjadliwości: fimbrie, otoczka polisacharydowa, endotoksyna, egzotoksyna Chorobotwórczość: zakażenia wewnątrzbrzuszne, ropnie płuc I ropniaki, ropnie mózgu, pourazowe zapalenie kości, ostre zapalenie jelit, posocznica Diagnostyka: badanie bezpośrednie próbek klinicznych, Hodowla, testy biochemiczne, PCR Leczenie: metronidazol, Penicyliny z inhibitorami Beta laktama, cefalosporyny, karbapenemy, klindamycyna, chloramfenikol Fusobacterium Gram chwiejna długa pałeczka o punktowatym zakończeniu. Może występować jako normalna flora fizjologiczna jamy ustnej, żeńskich dróg rodnych i jelita. Bardzo wolno rosnące Chorobotwórczość: Ropnie jamy brzusznej, zapalenie oskrzeli, Zapalenie płuc Ropnie mózgu, osteoporoza, Zapalenie migdałków znane jako angina Vincenta lub wrzodziejące zapalenie jamy ustnej. Prevotella, Porphyromonas Występowanie: flora fizjologiczna jamy ustnej i układu moczowo-płciowego (pigmentowane). Infekcje: jama ustna, układ oddechowy, układ moczowo-płciowy; trudne leczenie. Peptostreptococcus Ziarenkowiec Gram dodatni, zakażenia narządu płciowego, jamy brzusznej, kości i stawów. Propionibacterium acnes Laseczka nieprzetwanikująca Gram dodatnia. Chorobotwórczość: trądzik pospolity, zakażenia po operacji katarakty. Veillonella Gram negatywne ziarniaki. Grzyby Grzyby są zróżnicowaną grupą organizmów, tworzącą odrębne królestwo. Pod względem struktury wyróżnia się grzyby jednokomórkowe, np. drożdże, oraz wielokomórkowe tworzące strzępki (hyphae). Strzępki tworzą sieci znane jako grzybnia (mycelium). Klasyfikacja grzybów jest w dużej mierze oparta na morfologii. Zakażenia grzybicze nazywane są grzybicami. Wśród grzybic wyróżniamy: powierzchowne,

18

podskórne i grzybice układowe. Wniknięcie grzyba może nastąpić: bezpośrednio przez skórę, poprzez ranę, przez inhalację lub z występującego u pacjenta głębokiego ogniska zakażenia. Przykłady to grzybica skóry lub aspergilloza. Grzyby komensalne, takie jak gatunki z rodzaju Malassezia na skórze lub gatunki z rodzaju Candida w przewodzie pokarmowym mogą przejść we florę patogenną, np. przy spadku odporności gospodarza, co pozwala na ich rozwój i inwazję tkanek, wywołując zakażenie endogenne. Grzybice powierzchowne są najczęściej występującymi u człowieka zakażeniami grzybiczymi. Należą do nich: grzybice skóry (dermatofitozy), powierzchowne kandydozy, zakażenie Malassezia, a także rzadziej łupież czarny (tinea nigra) i piedra. Dermatofity są grupą grzybów, które mają zdolność do inwazji tkanek zrogowaciałych. Należą tu 3 rodzaje: Trichophyton, Epidermophyton i Microsporum. Zakażenia dermatofitami są zazwyczaj nazywane łacińską nazwą tinea (grzybica) wraz z podaniem miejsca zakażenia, np. t. capitis – grzybica głowy, t. pedis – grzybica stóp, t. manuum – grzybica rąk, t. unguium – grzybica paznokci. Powierzchowne kandydozy są to zakażenia wywołane przez drożdżaki z rodzaju Candida, które często dotyczą błon śluzowych, skóry lub paznokci. Grzybice podskórne w większości przypadków rozwijają się po urazie i wniknięciu organizmów środowiskowych do gospodarza, gdzie dochodzi do zakażenia tkanki podskórnej, skóry i struktur sąsiednich. Najczęściej spotykane są mycetoma, sporotrychoza, chromoblastomykoza i feohyfomykoza. Grzybice ogólnoustrojowe są zakażeniami, które przeważnie dotyczą systemów lub narządów wewnętrznych, takich jak płuca lub układ krwionośny. Istnieją dwie główne grupy grzybów, które powodują choroby ogólnoustrojowe: patogeny układu oddechowego (Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis, Blastomyces dermatitidis, Paracoccidoides brasiliensis) i systemowe patogeny oportunistyczne (gatunki z rodzajów Candida, Aspergillus, Rhizopus, Absidia, Rhizomucor oraz Cryptococcus neoformans). Diagnostyka laboratoryjna: metody laboratoryjne stosowane w diagnostyce zakażeń grzybiczych obejmują wykrywanie organizmu w tkankach, izolację patogenu w hodowli (zbieranie próbek, bezpośrednie badanie mikroskopowe, metody hodowli - agar Sabourauda, identyfikacja grzybów) i badanie specyficznej odpowiedzi gospodarza z wykorzystaniem technik immunologicznych (badania serologiczne). Leki przeciwgrzybicze i zasady leczenia najczęstszych zakażeń grzybiczych.

19

6. Wirusy Wirusy człowieka – obowiązek znajomości rodzin i najważniejszych patogenów:

Wirusy o genomie z jednoniciowym DNA (ssDNA) Rodzina: Parvoviridae (wirusy bezosłonkowe) Podrodzina: Parvovirinae

Rodzaj: Erythrovirus – ludzki parwowirus B19 (HPV-B19) Wirusy o genomie z dwuniciowym DNA (dsDNA) Rodzina: Papillomaviridae (wirusy bezosłonkowe)

Rodzaj: Alphapapillomavirus – ludzkie wirusy brodawczaków człowieka 16, 18 (HPV-16; HPV-18) Betapapillomavirus – ludzkie wirusy brodawczaków człowieka 5, 8 (HPV-5; HPV-8) Rodzina: Adenoviridae (wirusy bezosłonkowe)

Rodzaj: Mastadenovirus (ludzkie adenowirusy) Podrodzaj: A (Adv12, 18, 31)

B (Adv3, 7) C (Adv1, 2, 5 i 6) D (Adv8, 19 i 37) E (Adv4) F (Adv40 i 41) Rodzina: Herpesviridae (wirusy osłonkowe) Podrodzina: Alphaherpesvirinae

Rodzaje: Simplexvirus – ludzkie wirusy opryszczki (HSV-1 i HSV-2) Varicellowirus – wirus ospy wietrznej i półpaśca (HSV-3) Podrodzina: Betaherpesvirinae Rodzaje: Cytomegalovirus – ludzki wirus cytomegalii (HSV-5) Rosedovirus – ludzki herpeswirus 6 (HSV-6) Podrodzina: Gammaherpesvirinae Rodzaje: Lymphocryptovirus – wirus Epsteina-Barr (HSV-4) Rhadinovirus – wirus mięsaka Kaposiego - KSHV (HHV-8 ) Rodzina: Poxviridae (wirusy osłonkowe) Podrodzina: Chordopoxvirinae

Rodzaje: Orthopoxvirus – wirus ospy prawdziwej Molluscipoxvirus – wirus mięczaka zakaźnego (MCV)

20

Wirusy o genomie z jednoniciowym RNA o dodatniej polarności (+)ssRNA Rodzina: Picornaviridae (wirusy bezosłonkowe)

Rodzaje: Enterovirus – wirusy polio 1, 2, 3; rinowirusy człowieka; Coxackie A, B; Echowirusy Hepatovirus – wirus A zapalenia wątroby (HAV) Rodzina: Togaviridae (wirusy osłonkowe) Rodzaj: Rubivirus – wirus różyczki Rodzina: Flaviviridae ( wirusy osłonkowe)

Rodzaje: Flavivirus – wirus żółtej gorączki, wirus kleszczowego zapalenia mózgu, wirus Dengue, wirus zapalenia mózgu Zachodniego Nilu

Hepacivirus – wirus C zapalenia wątroby (HCV) Rodzina: Coronoviridae (wirusy osłonkowe) Podrodzina: Coronovirinae

Rodzaj: Coronovirus – ludzkie koronowirusy (CoV, SARS-CoV) Rodzina: Hepeviridae (wirusy bezosłonkowe)

Rodzaj: Hepevirus – wirus E zapalenia wątroby (HEV) Wirusy o genomie z jednoniciowym RNA o ujemnej polarności (-)ssRNA Rodzina: Orthomyxoviridae (wirusy osłonkowe)

Rodzaje: Influenzavirus A – wirusy grypy człowieka A Influenzavirus B – wirusy grypy człowieka B Influenzavirus C – wirus grypy C

Rodzina: Paramyxoviridae (wirusy osłonkowe) Podrodzina: Paramyxovirinae

Rodzaje: Paramyxovirus – ludzkie wirusy parainfluenzy 1, 2, 3, 4 Morbillivirus – wirus odry Rubulavirus – wirus nagminnego zapalenia przyusznic (świnki)

Podrodzina: Pneumovirinae Rodzaj: Pneumovirus – ludzki wirus RS Rodzina: Filoviridae (wirusy osłonkowe) Rodzaje: Ebolavirus – wirus Ebola Rodzina: Rhabdoviridae (wirusy osłonkowe) Rodzaj: Lyssavirus – wirus wścieklizny Rodzina: Bunyaviridae (wirusy osłonkowe) Rodzaj: Hantavirus – ludzki wirus Hantaan

21

Wirusy o genomie z jednoniciowym RNA o ambisensowej polarności (+/-)ssRNA Rodzina: Arenaviridae (wirusy osłonkowe) Rodzaj: Arenavirus – wirus Lassa, wirus argentyńskiej gorączki krwotocznej (Junin),

wirus boliwijskiej gorączki krwotocznej (Machupo), wirus wenezuelskiej gorączki krwotocznej (Guanarito), wirus Sabia

Wirusy o genomie z dwuniciowym RNA dsRNA Rodzina: Reoviridae (wirusy bezosłonkowe) Rodzaj: Rotavirus – rotawirusy człowieka Wirusy RNA i DNA wykorzystujące odwrotną transkryptazę (RT) Rodzina: Retroviridae (+)ssRNA (wirusy osłonkowe) Podrodzina: Orthoretrovirinae Rodzaj: Lentivirus – HIV-1, HIV-2 Rodzina: Hepadnaviridae dsDNA (wirusy osłonkowe) Rodzaj: Orthohepadnowirus – wirus B zapalenia wątroby (HBV)

Diagnostyka wirusologiczna

Podstawowe metody diagnostyki wirusologicznej: • Hodowla wirusów i ich identyfikacja:

- efekt cytopatyczny (nieodwracalne zmiany cytopatogenne zakażonych komórek – CPE; mikroskop świetlny – wykrywanie ciałek wtrętowych) - diagnostyka mikroskopowa (mikroskopia elektronowa – identyfikacja wirusów)

• Wykrywanie antygenów wirusów: - mikroskopia immunofluorescencyjna, - testy immunoenzymatyczne (ELISA), - odczyn aglutynacji lateksowej, - metoda optycznych immunotestów (RIPA).

• Wykrywanie genomów wirusów: - metody biologii molekularnej (zapewniają wykrycie około 10 fg DNA).

• Diagnostyka serologiczna (wykrywanie przeciwciał): - Testy neutralizacji – wykrywanie przeciwciał zobojętniających patogenne właściwości wirusa w zastosowanym układzie biologicznym (miano neutralizacji oznacza to rozcieńczenie surowicy, przy którym występuje zahamowanie efekty cytopatycznego-CPE w 50% zakażonych komórek). Uwaga: Znaczenie rozpoznawcze w diagnostyce aktualnie występującego zakażenia wirusowego ma jedynie badanie par surowic uzyskanych od chorego w odstępie 7 – 14 dni. Wynik dodatni odczynu neutralizacji stwierdza się wówczas, gdy w kolejnej próbie surowicy miano przeciwciał zobojętniających jest zwiększone przynajmniej 4-krotnie. - Odczyn zahamowanie hemaglutynacji (OZH) – wykrywanie przeciwciał swoiście hamujących odczyn hemaglutynacji (Uwaga: hemaglutynacja bierna oznacza aglutynację krwinek czerwonych wywoływaną przez wirusy). - Odczyn wiązania dopełniacza (OWD). - Testy immunoenzymatyczne (ELISA).