单元操作模型参考手册 - Shandong University · 1- ASPEN PLUS 10 版 单元操作模型 第1章 混合器和分流器 本章说明混合和分离物流的单元操作模型
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ChemOffice2008实用教程 ——化学结构绘图 分子模拟 数据整合 主编：曾炜、孙延辉、李红霞 时间：2009年8月
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ChemOffice2008实用教程
——化学结构绘图 分子模拟 数据整合
主编：曾炜、孙延辉、李红霞
时间：2009年8月
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目录
1. ChemOffice基础知识
2. ChemDraw操作基础
3. Chem3D操作基础
4. ChemFinder操作基础
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1. ChemOffice基础知识
ChemOffice 2008的模块1.2
ChemOffice2008简介1.1
ChemOffice 2008的安装与启动1.3
其他绘图软件1.4
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1.1 ChemOffice2008简介
图1-1 ChemOffice发展历史
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1.2 ChemOffice2008模块
ChemDraw：化学结构绘图（Chemical Structure Drawing Standard）
Chem3D：分子模拟分析绘图（Molecular Modeling and Analysis）
ChemFinder：化学信息搜寻整合系统（Searching & Information Integration）
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1.2.1 ChemDraw模块组件
• AutoNom：是Beilsteiny最强的软件，现已包含于ChemDraw Ultra中，它可按照IUPAC的标准自动命名化学结构。
• ChemNMR：预测13C和1H-NMR谱图，节省实验费用。• ChemProp：预测沸点（BP）、熔点（MP）、临界温度（Tc）、
临界气压（CP）、吉布斯自由能（G）、logP、折射率（n）、热结构（HF）等性质。
• ChemSpec：提示用户输入JCAMP及SPC频谱数据，以比较ChemNMR预测的结果。
• ClipArt：高质量的实验室玻璃仪器图库，用于搭配ChemDraw使用。• NameStruct：输入IUPAC化学名称后可自动生成ChemDraw结
构。
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1.2.2 Chem3D模块组件
•Excel Add-on：与微软的Excel完全整合，并可与ChemFinder联合使用。•Gaussian Client：量子化学计算软件Gaussian 03W的客户端接口，可直接在Chem3D中运行Gaussian，并提供数种坐标格式（需要安装Gaussian 03W）。Gaussian是做半经验计算和从头计算时使用最广泛的量子化学软件，可以研究分
子能量和结构、过渡态的能量和结构、化学键、反应能量、分子轨道、偶极矩和多极矩、原子电荷和电势、振动频率、红外和拉曼光谱、NMR、极化率和超极化率、
热力学性质以及反应路径等。计算可以模拟在气相和溶液中的体系，模拟基态和激发态。Gaussian 03还可以对周期边界体系进行计算。Gaussian是研究取代效应、反应机理、势能面和激发态能量的有力工具（需另外获得GAMESS）。•CS GAMESS：量子化学计算软件GAMESS的客户端接口，可直接在Chem3D中运行GAMESS的计算。•MOPAC：Fujitsu公司的量子化学计算软件MOPAC已包含在Chem3D Ultra中，搭配Chem3D的图形界面。分子计算的方法有AM1、PM3、MNDO、MINDO/3和新的MINDO/d，可以计算瞬时的几何形状及物理特性等。
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1.2.3 ChemFinder模块简介
ChemFinder（化学信息搜寻整合系统）模块可以建立化学数据库、储存数据及搜索化学数据库，并可与ChemDraw和Chem3D联合使用，也可以使用现
成的化学数据库。ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提供的ChemInfo信息系统是目前世界上最丰富的数据库之一，包括ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN以及ChemMSDX，并不断有新的数据库加入。ChemFinder可以从本机或网上搜寻Word、Excel、PowerPoint、ChemDraw和ISIS格式的分子结构文件。还可以与微软的Excel结合，可连接的关联式数据库包括Oracle及Access，输入的格式包括ChemDraw、MDL、ISIS、SD及RD文件。
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1.2.4 其他模块
ChemOffice组件中还包括ChemOffice WebServer——化学网站服务器数据
库管理系统。用户可将ChemDraw和Chem3D发表在网站上，使用者可以使用ChemDrawPro Plugin网页浏览工具在Web上查看ChemDraw的图形，或使用Chem3D Std Plugin网页浏览工具查看Chem3D的图形。同时ChemOffice WebServer提供250000种化学品数据库，包括Sigma、Aldrich和Fisher Acros等国外著名公司提供的信息。
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1.3 ChemOffice 2008的安装与启动
系统配置要求1
安装、启动及退出2
如何获得帮助3
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1.3.1 系统配置要求
ChemOffice 2008可以在Windows上运行（ChemDraw 2008可在Macintosh操作系统上运行）。操作系统要求Windows 2000、Windows XP或Windows Vista。需注意的是，到目前为止，ChemOffice 2008只支持32位操作系统，而不支持64位Windows XP或Windows Vista系统。除此之外，ChemOffice2008的运行还需Internet Explorer 6.0或更高版本的浏览器，同时也可支持Mozilla Firefox 1.5（包括Mozilla Firefox 2.0）、Netscape 7.x和Mozilla 1.x等其他浏览器。需特别注意的是，为了能顺利运行Chem & Bio 3D，显示器分辨率至少要设置为800×600或以上。【注意】在本教程的撰写过程中以Windows XP作为操作平台，因此在后面的介绍中，所有的软件安装及使用都以Windows XP作为默认操作平台。
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-2 安装启动界面
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-3 自定义安装路径
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-4 选择安装组件
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-5 程序启动界面
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1.3.2 安装、启动及退出
程序的退出可直接单击窗口右上角的（关闭）按钮，或单击菜单栏中的“File（文件）”→“Exit（退出）”命令，或按快捷键<Alt＋F4>。
如果在工作状态下退出程序，系统会提醒用户保存当前的作业后再退出。
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1.3.3 如何获得帮助
用户可以通过多种不同的方式轻松获得ChemOffice 2008的帮助：
①在ChemOffice窗口模式下的“Help”菜单获取帮助文件；
②登录美国剑桥软件公司的主页（http://www. cambridgesoft.com/）获取技术支持。
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1.4 其他绘图软件
ChemWindow1
ChemSketch2
ISIS/Draw 33
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2. ChemDraw操作基础
文件基本操作2
绘图操作基础3
自定义ChemDraw的工作界面4
ChemDraw的工作环境11
利用ChemDraw绘制图形5
ChemDraw的扩展功能6
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2.1 ChemDraw的工作环境
工作界面1
标题栏2
菜单栏3
工具栏4
图形工具箱5
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2.1.1 工作界面
图2-1 ChemDraw 11.0的工作界面
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2.1.2 标题栏
图2-2 ChemDraw Ultra 11.0多文件操作窗口
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2.1.3 菜单栏
图2-3 ChemDraw 11.0的菜单
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2.1.4 工具栏
图2-4 主工具栏 图2-5 文本工具栏
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2.1.5 图形工具箱
图2-6 图形工具箱
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2.2 文件基本操作
新建文件1
打开文件2
保存文件3
打印文件4
关闭文件5
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2.2.1 新建文件
• 在ChemDraw的文件操作中，当打开软件时会默认建立一个新的文件，默认的文件名为“Untitled Document-1”。
• 通过单击菜单栏中的“File（文件）”→“New（新建）”（快捷键为<Ctrl＋N>）或“Open Special”命令建立一个新的文件。
• 通过单击工具栏中的“新建（New）”按钮来新建文件。
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2.2.2 打开文件
图2-7 “Open（打开）”对话框 图2-8 “Files of type（文件类型）”下拉列表
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2.2.3 保存文件
图2-9 “Save As（另存为）”对话框
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2.2.4 打印文件
图2-10 “Print（打印）”对话框
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2.2.5 关闭文件
• 关闭文件的操作非常简单，可以直接单击菜单栏中的“File（文件）”→“Close（关闭）”命令，或按快捷键<Ctrl+W>，或单击窗
口右上角的（关闭）按钮。
•【注意】文件在被关闭之前，如果未保存，系统会弹出对话框提醒用户保存文件。
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2.3 绘图操作基础
图形基本操作1
撤销与重做命令2
插入对象3
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2.3.1 图形基本操作
图2-11 采用“套索” 或“蓬罩”工具套选图像
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2.3.1 图形基本操作
ChemDraw 11.0的文件基本操作包括剪切、复制、粘贴、清除、选择、图形的放大或缩小等。可以通过不同的方法来完成这些操作。
（1）通过菜单栏完成操作
（2）通过工具栏完成操作
（3）通过快捷键完成操作
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2.3.2 撤销和重做命令
与Word等软件相同，ChemDraw具有保持前一步所做工作的功能。在绘图区右击，弹出的快捷菜单中即包括“Undo（撤销）”和“Redo（重做）”命令；
也可以单击工具栏中的（Undo）和（Redo）按钮进行操作。
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2.3.3 插入对象
图2-12 “Insert Object（插入对象）”对话框
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2.4 自定义ChemDraw的工作界面
页面参数设置1
文档设置2
工具条的显示及隐藏3
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2.5 利用ChemDraw绘制图形
绘图工具1
文本的操作2
绘制结构式、反应式及生物分子3
化学查询工具及高级绘图技巧4
综合实例5
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2.6 ChemDraw的扩展功能
显示分析信息、物理性质、元素周期表1
预测NMR谱图2
结构式与名称的相互转换3
ChemDraw与Word及Chem3D关联4
ChemDraw的在线工具5
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3. Chem3D操作基础
工作环境及工作界面1
Chem3D模型的建立及操作2
化学计算3
综合实例4
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3.1 工作环境及工作界面
自定义工作界面4
工作环境1
文件基本操作2
图形基本操作3
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3.1.1 工作环境
图3-1 Chem3D工作界面
图3-2 标准工具栏
图3-3 构建工具栏
图3-4 动画工具栏
图3-5 模型显示工具栏
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3.1.2 文件基本操作
新建文件
打开文件
保存文件
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3.1.3 图形基本操作
撤销及重做
复制、剪切及粘贴
全选及清除
打印
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-6 “Preferences（参数）”对话框中的选项卡及功能
图3-7 “General（整体设置）”选项卡
图3-8 “OpenGL（3D接口设置）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-9 “GUI（图形用户界面）”选项卡
图3-10 “Popup Info.（弹出信息）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-11 “File（文件）”选项及设置 图3-12 “Dhedral Driver（二面角设置）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-13 “Model Settings（模型设置）”对话框中的选项卡及功能
图3-14 “Colors & Fonts（颜色和字体）”选项卡
图3-15 “Model Display（模型显示）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-16 “Model Building（建模）”选项卡图3-17 “Stereo & Depth（立体和透视图）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-18 “Atom & Bond（原子和化学键）”选项卡
图3-19 “Background（背景）”选项卡
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3.2 Chem3D模型的建立及操作
2D图形与3D图形的转换4
3D模型的建立1
对模型的操作2
利用Chem3D进行分析3
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3.3 化学计算
MM2计算1
GAMESS计算2
Gaussian计算3
Jaguar计算4
MMFF94计算5
MOPAC计算6
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3.4 Chem3D综合实例
预测红外光谱1
预测核磁共振谱2
计算过渡态能量3
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4. ChemFinder操作基础
1.ChemFinder的工作环境
2.ChemFinder的窗体
3.ChemFinder的数据库
4.创建个性化的数据库
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4.1 ChemFinder的工作环境
1.工作界面
2.工具栏
3.状态栏
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4.1.1 工作界面
图4-1 ChemFinder的工作界面
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4.1.2 工具栏
图4-2 主工具栏
图4-3 窗体工具栏
图4-4 检索工具栏
图4-5 记录工具栏
图4-6 文本工具栏
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4.1.3 状态栏
• 状态栏（The Status bar）位于ChemFinder窗口左下角，显示菜单项和其他
信息的帮助。当在记录之间切换时，右下角的计数器也会同时变化以表明当前的记录、当前的列表大小、数据库总大小等。• 第一次打开一个窗体时，当前的列表大小等于总数据库大小。只有当添加或
删除记录时，总数据库大小才会变化。如果检索到的子项在数据库中，那么当前列表大小的变化表明检索的次数。• 这些计数器的左侧另有3个记录器，表明数据库的总体状况。第1个记录器显示“READ”时，表明所使用的是只读数据库。例如，当读取一个CD-ROM光盘中的数据库时，或者在打开数据库时选择了“Open as read-only（作为只读文件打开）”的对话框，均显示“READ”，这表明已打开的文件是只读形式的文件。第2个记录器显示“ADD”，表明输入了一个新的记录。第3个记录器显示“QRY”，表
明正在进行一个检索。• 显示或隐藏状态栏，可通过菜单栏中的“View（视图）”→“Status Bar（状态栏）”命令进行控制。
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4.2 ChemFinder的窗体
1.创建及保存窗体
2.编辑窗体
3.窗体安全性
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4.2.1 创建及保存窗体
图4-7 创建窗体
图4-8 未保存窗体即关闭时提示框
图9-9 “保存副本为”对话框
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4.2.2 编辑窗体
图4-10 “Box Properties（框特性）”对话框
图4-11 在数据框周围创建框图框
图4-12 输入框图框名称图4-13 创建框图框
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4.2.2 编辑窗体
图4-14 设置框属性 图4-15 设置框类型
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4.2.3 窗体安全性
图4-16 “Box Properties（框属性）”对话框的“Form（窗体）”
选项卡
图4-17 设置用户名 图4-18 设置密码
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4.3 ChemFinder的数据库
1.创建数据库
2.打开数据库
3.数据库检索
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4.4 创建个性化的数据库
1.在窗体中关联已有数据库
2.增加记录
3.BioViz组件
4.设置子窗体
5.化合物剖面图
