1. Protein & Asam Amino

download 1. Protein & Asam Amino

of 88

Transcript of 1. Protein & Asam Amino

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    1/88

     

    1

    BIOKIMI

    A

    ( 2 SKS)

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    2/88

    SILABUS BIOKIMIA

    2

    TUJUANINSTRUKSIONAL

    UMUM

    Setelah mengikuti matakuliah ini mahasiswa

    mampu menjelaskanbiomolekul essensial danmikroorganisma sertaaplikasina pada industri!

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    3/88

    "

    Pokok Bahasan

    I:Protein

    EnzimKarbohidrat

    Lipid

    Asam Nukleat

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    4/88

    PENAN!A" #IK"$BI$L$I #IK"$$"ANIS#E %ALA# IN%&S!"I

    #I'"$BIAL #E!AB$LIS#

    #I'"$BIAL #E%IA "$!* +

    '$N!"$L KUA#$I%IKASI & KUL$I'ASI MIK(OBA

    )

    Pokok BahasanII:

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    5/88

    Selamat *atangSelamat *atangdi dunia Biokimiadi dunia Biokimia

    +

    ,Mengajar tidak bertujuan mengisibotol kosong-

    tetapi mengajar adalah untuk

    menulut api dari suatu obor.

    Mi/hel de Montaigne

    +

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    6/88

    0ara Belajar0ara Belajar

    Ba/a bab ang akan dikuliahkansebelum perkuliahanBelajar "+ jam untuk setiap jam

    perkuliahan

    Latihan peme/ahan masalahIngat istilahistilah- struktur- dan jalurjalur

    metabolismeBelajar berkelompok

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    7/88

    %iloso3 4embelajaran

    5

    Menjelaskan- bukan mengindoktrinasi

    Menunjukkan hal ang perlu diketahui danang tidak perlu diketahui

    Menghargai pertanaan tentang hal angbelum diketahui

    Mempelajari semua hal adalah tidakmungkin- tetapi ang lebih penting adalahmengorganisir hal ang kita ketahui agardapat digunakan

    5

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    8/88

    BIOKIMIA

    6

    Kimia organik dari biomolekul Molekulna komplek Berat molekulna 77!!besar 88888

    #amun7!si9at kimia and 3sikana samaseperti senawa organik lainna 8

    biologi

    Kimiaorgan

    ik

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    9/88

    BI$#$LEK&L %ANSEL

    :

    ;irarkhi organisasi molekular

    Inti, mitokondria

    Kloroplast, badan

    golgi

    Ribosom,mikrotubul,

    Kompleks enzim,

    Sistem kontraktil

     Asam nukleat,

    Protein, lipid

    Polisakarida

    CO2, H2O, NH3 ,N2SEL

    Piruat, Sitrat, !alat"liseralde#id$3$pospat

    Nukleotida, asam amino

    !onosakarida,

    asam lemak, gliserol

    Organel

    Supramolekul

    Makromolekul Building block

    Intermediet metabolit

    Prekursor 

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    10/88

    #etabolisme

    Biomolekul

    1<

     Sen%a&a pen%usunSen%a&a pen%usun

     "ula seder#ana"ula seder#ana  Asam amino Asam amino

     NukleotidaNukleotida

     Asam lemak Asam lemak

     !akromolekul

     Polisakarida  Protein 'peptida(

     RNA atau )NA

     *ipida

    Katabolik 

     Anabolik 

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    11/88

    11

    BiosintesisMembutuhkan

    Molekul

    Sederhana

    untuk

    *igabung

    se/ara Ko=alen

    melalui Berbagai0ara 7

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    12/88

    12

    P"$!EIN

    http://id.wikipedia.org/wiki/Berkas:Milk_glass.jpg

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    13/88

    1"

    Berasal dari bahasa >unani ?

     , 4rotos ,

    @erardus Mulder 16"6

    ,o9 prime importan/eC

    ang pertama atau angterpenting

     !olekul %ang sangat ital untuk organisme

    Si+at +isik dan kimia&i

     dipengaru#iole# asam amino pen%usunn%a1"

    P"$!EIN

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    14/88

    4(O$DI# ?

    1)

    Eat organik terbanak dalam sel hidup )< F 5< G-Hat ang paling utama pada kulit- otot- urat-

    sara9- darah- enHim- anti bodi dan hormon 

    polimer alam ang disusun oleh rantai asam

    amino melalui ikatan ko=alen ang spesi3k ?PEP!I%A 

    molekul protein single terdiri dari ratusan F ribuanunit asam amino- ang disusun oleh 2< jenis asamamino

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    15/88

    K$#P$SISI &NS&",&NS&"PEN-&S&N P"$!EIN

    1+

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    16/88

    %ungsi protein

    1

     Sour/e o9 energ)k/algram

     @rowth- Maintenan/e -(epair

     DnHmes

     ;ormones and Antibodies

     %luid Balan/e

     A/idBase Balan/e buJers

     $ransporter o9 substan/es

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    17/88

    15

    %ungsi 4rotein

    15

    Pada sebagian besar aringan tubu#, proteinmerupakan komponen terbesar setela# air-

    Sebagai zat pembangun, protein merupakan ba#an

    pembentuk aringan$aringan baru danmemperta#ankan aringan %ang tela# ada-

    Kekurangan protein dalam &aktu lama dapatmengganggu berbagai proses dalam tubu# dan

    menurunkan da%a ta#anProtein %ang dikonsumsi manusia akan diserap ole#

    usus dalam bentuk asam amino

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    18/88

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    19/88

    1:

    Sour/e o9 energ

    1:

    Protein merupakankomponen utama dalamdaging-

    Setiap gram proteinmeng#asilkan energi

    'k.algram(Pada keadaan starasi

    'staration( dan dietrenda# karbo#idrat ,

    protein merupakansumber energ% %angterak#ir %ang akandigunakan-

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    20/88

    2<

    Kebutuhan 4rotein

    2<

    Kebutu#an protein untuk tubu# manusia rata$rata

    sebesar 4 g proteinkg berat badan per #ariKebutu#an manusia akan protein dapat di#itung

    dengan mengeta#ui umla# nitrogen %ang #ilang-

    5ila seseorang mengkonsumsi ransum tanpa

    protein, maka nitrogen %ang #ilang tersebut pasti

    berasal dari protein tubu# %ang dipe.a# untuk

    memenu#i kebutu#an metabolisme

    6ubu# kita tidak men%impan asam amino, sepertilemak dan karbo#idrat, maka dibutu#kan suplai

    asam amino tiap #ari untuk membentuk protein

    baru-

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    21/88

    Importance of Proteins in Our BodyImportance of Proteins in Our Body

    21

    Vitalactivity Example ofproteins Functions

    Nutrition Digestive enzymes

    e-g- tr%psin, 7  Catal%zes t#e#%drol%sis o+ proteins topol%peptides

    am%lase 7 Catal%zes t#e#%drol%sis o+ star.# to

    maltose

    lipase 7 Catal%zes t#e#%drol%sis o+ +ats to +att%a.ids and gl%.erol

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    22/88

    Importance of Proteins in Our BodyImportance of Proteins in Our Body

    22

    Vitalactivity

    Example ofproteins

    Functions

    Respirationandtransport

    Haemoglobin 7 Responsible +or t#etransport o+ o8%gent#roug#out t#e bod%

    Immuneresponse

     Antibodies 7 9ssential to t#ede+en.e o+ t#e bod%'e-g- against ba.terial

    inasion(

    "ro&t# Hormones'e-g- t%rosine(

    7 Controls gro&t# andmetabolism

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    23/88

    Importance of Proteins in Our BodyImportance of Proteins in Our Body

    2"

    Vital activity Example ofproteins

    Functions

    Support andmoement

     A.tin and m%osin 7 Responsible +ormus.le .ontra.tion

    Collagen 7 "ies strengt# &it#

    +le8ibilit% in tendonsand .artilage

    Sensitiit% and.oordination

    Hormones'e-g- insulin(

    7 Controls bloodsugar leel

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    24/88

    KLASI.IKASI

    P"$!EIN

    2)

    Berdasarkan komposisi

    Berdasarkan kon9ormasi

    Berdasarkan 9ungsi biologis

    I/ Berdasarkan Komposisi ? a/ Protein sederhana  ? pada hidrolisisna

    hana menghasilkan asam amino

    b/ Protein kon0u1asi  ? pada hidrolisis

    dihasilkan asam amino dan komponenorganik dan anorganik lain u1us P"$S!E!IK ! Misal ? nu/leo protein- lipoprotein- 9os9o protein- metallo protein- glu/o

    protein

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    25/88

    II/ Berdasarkan Konormasi ?

    a/ Protein Serat  ? Hat pembentuk struktur

    pada hewan- tidak larut dalam air! Merupakanserat ang kaku- kuat dan dibangun oleh rantaipolipeptida ang ditata sejajar sepanjang satusumbu! Misal ? keratin- kolagen- sutera

    2+

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    26/88

    2

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    27/88

    b/ Protein lobular  ? rantai polipeptida melipat kedalam menjadi bentuk globular bulat! Umumnalarut dalam air - mempunai 9ungsi ang mobil dan

    dinamis dalam sel! Misal ? enHim- hormon-haemoglobin- mioglobin!

    3/ Protein den1an konormasi antara seratdan 1lobular  ? protein ang bentukna sepertiserat tapi larut dalam air dan larutan garam!Misal ? mosin dan 3brinogen

    25

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    28/88

    III. Berdasarkan Fungsi Biologis

    26

    a/ Seba1ai Enzim  ?katalis biologis!;ampir semuareaksi biologis

    dikatalis olehenHim- dari reaksiang sangatsederhana sepertireaksi transportasi0O2 sampai angsangat rumit sepertireplikasi kromosom!

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    29/88

    2:

    b/ Protein 'adan1an - misal ? o=albumin- /asein

    3/ Protein !ransport  - misal ? haemoglobin-moglobin- lipoproteinBanak molekul dengan BM ke/il serta beberapa

    ion dapat diangkut atau dipindahkan oleh proteinprotein tertentu! Misalna hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit- sedangkan

    moglobin mengangkut oksigen dalam otot!

    Stru/tur " * moglobin-warna menunjukkan alpha heli/

    Merupakan protein angpertama kali dipelajari strukturn*engan ra /rstallograph

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    30/88

    "<

     $ransport lipid dalamdarah ? Lipoproteins

    Mekanisme transportmaterial melewatimembran /ell

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    31/88

    "1

    d/ Protein Pelindun1  - misal ? antibodi- 3brinogen4ertahanan tubuh biasana dalam bentuk antibodi-

    aitu suatu protein khusus ang dapat mengenal

    dan menempel atau mengikat bendabenda asingang masuk ke dalam tubuh seperti =irus- bakteri-dan selsel asing lain! 

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    32/88

    "2

    Antibodi adalah protein ang dapatmenahan melawan atau menginakti9kan bakteri - =irus dan selselasing lain ang menebabkan in9eksi

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    33/88

    e/ *ormon

    ""

     $idak semua hormon merupakan

    protein! Misalna- . hormon steroid .bukan protein8 

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    34/88

    ")

    *e3siensi Insulin pada

    manusia merupakanpenebab utama daridiabetes mellitus!

    Stru/ture insulin bo=inehal!"" ditentukan olehSanger tahun 1:+"!;uman insulin berbeda

    dari bo=ine insulin hanapada tiga asam aminopada rangkaian ini

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    35/88

    "+

    Bo4ine Insulin hormon 5an1men1atur metabolisme 1lu3osa

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    36/88

    "

    / Protein Struktural- misal ? glu/oproteinmerupakan dinding sel

    1/ Protein Kontraktil - misal ? Mosinmerupakan 3lamen tebal dalam mo3bril

    h/ !oksin - misal ? bisa ular

    4erbandingan ukuran molekul beberapaprotein! *ari kiri ke kanan ? antibod Ig@-hemoglobin- insulin hormone- adenlatekinase enHme- dan glutamine snthetase enHme!

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    37/88

    ASA# A#IN$ 6

    A#IN$ A'I%

    "5

      "ugus R  rantai samping , berbeda$beda

      pada setiap enis asam amino

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    38/88

    "6

    Merupakan monomer ang menusun proteinMerupakan monomer ang menusun protein

    AdaAda 20 jenis20 jenis  asam amino pembentuk proteinasam amino pembentuk protein angang

    disebut sebagaidisebut sebagai asam amino standar asam amino standar @ugus amino terikat pada atom@ugus amino terikat pada atom '' gugus karboksilatgugus karboksilat

    Mempunai kon3gurasi L sejenis dengan gliseralMempunai kon3gurasi L sejenis dengan gliseral

    dehid - ke/uali asam aminodehid - ke/uali asam amino 1lisin1lisin 

    CH

    H ! C ! H

    CH"H

    # ! $liseral de%id

    CH

    H"& ! C ! H

    '

    (sam ! #! amino

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    39/88

    ":

    Asam amino ke 21 disebut

    seleno35stein jarang ditemukan $erdapat di beberapa enHim seperti

    gluthatione peroidase

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    40/88

    )<

     Asam amino dapat digolongkan menadi dua

    kelompok %aitu asam amino eksogen dan asamamino endogen-

     Asam amino endogen dapat dibentuk dalam

    tubu# manusia, sedangkan 4: asam amino

    eksogen tidak dapat dibentuk ole# tubu#

    manusia, karena itu disebut asam amino

    esensial, artin%a #arus didapatkan dari makanan

    ;ntuk orang de&asa, umla#asam amino essensial < ma.am

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    41/88

    )1

    *alam teknologi pangan- asam aminomempunai beberapa si9at ang

    menguntungkan maupun ang  kurang menguntungkan!

     

    Misalna *tripto9an mempunai rasa

    manis "+ kali kemanisan sukrosa-sebalikna Ltripto9an mempunai rasaang sangat pahit!

    Asam glutamat sangat penting peranannadalam pengolahan makanan- karena dapatmenimbulkan rasa ang leHat!

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    42/88

    ASAM AMI#O AMI#O A0I*S

    )2

    Essential (78) Phen5lalanin

    e

    9aline

    !hreonine !r5ptophan

    Isoleu3ine

    #ethionine

    *istidine Ar1inine

    Leu3ine

    L5sine

    Nonessential(78)

    Alanine

    Aspara1ine

    Asparti3 a3id '5steine

    lutami3 a3id

    lutamine

    l53ine Proline

    Serine

    !5rosine

    'onditionall5essential ()'5steinelutamine

    !5rosine

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    43/88

    )"

    4erbedaan rantaisamping ,(Cmenebabkan

    perbedaan dari jenisasam amino- seperti ?

    ! Struktur

    ! Ukuran

    ! Muatan elektrik

    ! Si9at kelarutan didalam air

    Asam amino angpaling sederhanaadalah @l/ine-dimana ( ;

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    44/88

    SI.A!,SI.A! ASA#A#IN$

    ))

    1! *alam larutan- kedua gugus asam dan amino bersi9at dipolar ion (zwitter ion)

     

    Seperti larutan ang mempunai moment dipol tinggi

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    45/88

    )+

    !isal, asam amino alanin mempun%ai rantai samping

    netral- Alanin dapat digunakan untuk menggambarkan

    si+at asam amino pada berbagai pH

    Bentuk dipolar ion dari alanin adalah ?

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    46/88

    )

    2! Bersi9at amphoter- aitu dapat bersi9at sebagaiasam pada p* tin11i dan bersi9at sebagai basa pada p* rendah

    " Nika asam amino diletakkan dalam medan listrik-maka asam amino akan bergerak ke katoda padap* rendah dan bergerak ke anoda pada p*tin11i

    '! C ! CH

    )&H

    *

    HH

    &H*

    )

    H'! C ! CH

    )H'! C ! C

     + 

    &H"

     +  + 

    )H

     = H

    pada pH rend a# dip olar ion

    'netral(pada pH tinggi

    'asam( 'basa(sebagai basa sebagai asam

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    47/88

    )5

     $itik disaat asam amino tidak lagi bergerak ketikadiletakkan dalam medan listrik disebut ? titikisoelektrik, atau pH isolelektrik ( pI )/

    ;arga  pIsoelektrik  merupakan ratarata dari duaharga pKa! Misal pKa1  pKa2 2 ! *iagram p;untuk alanin ?

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    48/88

    )6

    *%sin, mempun%ai rantai samping basa,

    memberikan bentuk kesetimbangan %ang

    lebi# kompleks-

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    49/88

    ):

    ) Bersi9at optis akti9 

    Semua asam amino bersi9at /hiral- ke/ualigl/ine dan mempunai kon3gurasi leu=o- L-

    sama seperti gl/eraldhde pada /arbon

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    50/88

    +<

    +! Kristal non =olatilang melelehdenganterdekomposisi

    pada $ tinggi

    ! $ak larut dalampelarut non polar-/ukup larut dalamair

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    51/88

    +1

    Asam amino

    Klasi;kasi Asamamino

    )iklasi+ikasikan berdasar gugus R 'rantai samping(5iasan%a mempun%ai si+at$si+at seperti> #idro+obik

    #idro+ilik, polarnon polar, ada tidakn%a gugus terionisasi

    A"$#A!IK 

    P$LA"

    A'I%I' (,)BASI' (

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    52/88

    +2

    Asam amino non

    polar!emiliki gugus R ali+atik"lisin, alanin, alin, leusin, isoleusin dan prolin

    5ersi+at #idro+obik- Semakin #idro+obik suatu a-aseperti Ile 'I(  biasa terdapat di bagian dalamprotein-

    Prolin berbeda dengan a-a  siklis- 6api

    mempun%ai ban%ak kesamaan si+at dengankelompok ali+atis ini-;mum terdapat pada protein %ang berinteraksi

    dengan lipid

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    53/88

    +"

     Asam amino polar 

    !emiliki gugus R %ang tidak bermuatan

    Serin , t#reonin, .%stein, metionin, asparagin, glutamin

    5ersi+at #idro+ilik  muda# larut dalam air Cenderung terdapat di bagian luar protein

    C%stein berbeda dgn %g lain, karena ggs R terionisasi

    pada pH tinggi 'pH ?

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    54/88

    +)

     Asam amino dengan gugus R aromatik

    @enilalanin, tirosin dan tripto+an5ersi+at relati+ non polar  #idro+obik

    @enilalanin bersama dengan , * B I  a-a paling

    #idro+obik

    6irosin  gugus #idroksil , tripto+an  .in.in indol

    Se#ingga mampu membentuk ikatan #idrogen  

    penting untuk menentukan struktur ensim

     Asam amino aromatik mampu men%erap sinar ; 2

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    55/88

    ++

     Asam amino dengan gugus R bermuatan 'D(

    *isin, arginin, dan #istidinPun%a gugus bersi+at basa pada rantai samping

    5ersi+at polar  terletak di permukaan protein dapat

    mengikat air-

    Histidin mempun%ai muatan mendekati netral 'pada

    gugus imidazol( dibanding

    lisin  gugus amino

    arginin  gugus guanidinoHistidin dpt terionisasi pada pH mendekati pH +isioligis  

    sering berperan dalam reaksi ensimatis %ang melibatkan

    pertukaran proton

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    56/88

    +

    Asam amino dengan gugus (

    bermuatan  Aspartat dan glutamat

    !empun%ai gugus karboksil pada rantai

    sampingn%a  bermuatan '$( a.id pada pH E

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    57/88

    +5

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    58/88

    +6

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    59/88

    +:

     P"$!EIN

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    60/88

    <

    P"$!EIN

    Hydrolysis

    Pol%peptide dapat di#idrolisis dengan .ara re+luks selama2 am menggunakan HCl ,-

    Hasil #idrolisis dapat dipisa#kan menadi asam$asamamino %ang terpisa# satu dengan %ang lainn%a dengancation!exc%ange resin

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    61/88

    1

    Pada metoda orisinil, eluen diperlakukan dengan

    nin%ydrin, untuk mendeteksi dan menentukan enis

    asam amino %ang keluar dari kolom- Saat ini analisa

    .ampuran asam amino dilakukan dengan H#C

    Degradasi Edman

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    62/88

    2

    Degradasi Edman 

    Degradasi Edman untuk pemutusan rangkaian dan

    identi+ikasi N !terminal asam amino- 9+ekti+ bila rantai

    polipeptida terdiri dari F: residu asam amino- 

    $ (nalisa N !/erminaldengan metoda 0anger  

    ;ung N $terminal pol%peptida dilabel dengan "12!dinitrofluoro3enzene, selanutn%a di#irolisis- Asam

    amino N $terminal %ang dilabel dipisa#kan dari

    .ampurann%a dan diidenti+ikasi ter#adap standar

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    63/88

    "

    Penggunaan metoda Sanger tidak seluas

    penggunaan metoda 9dman

    (nalisa asam amino C !/erminal 

     Asam amino C $terminal se.ara selektidi#idrolisa menggunakan enz%m

    .arbo8%peptidase- 9nz%m ini se.ara

    kontinu akan memutuskan atau

    melepaskan asam amino C $terminal %angbaru- Hasil #idrolisis dapat dianalisis

    dengan HP*C

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    64/88

    )

     Analisa dengan metoda 0anger dan Edman lebi#aplikati+ untuk polipeptida %ang rantai asam aminon%a

    tidak terlalu panang 'kira$kira F: residu asam amino

    ;ntuk protein dan pol%peptida dengan 5! besar,sampel di#idrolisa parsial dengan asam en.er-

     Pol%peptida dengan 5! besar dapat uga diputusmenadi rantai$rantai %ang lebi# pendek dengan reagentsite-specific   atau dengan enzymatis

    !ass spe.trometr% dapat uga digunakan untukdeterminasi rantai polipeptida dan protein- !assspe.tra dari +ragment pol%peptida %ang berasal dariprotein dibandingkan ter#adap database rantaipol%peptida standar

     i

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    65/88

    ++

    asam aminostandar

    Kromato1ram *PL' AsamA i

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    66/88

    Amino

    Sampel Bulu A5am 

     =enis dan kadar asam amino dari bulu

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    67/88

    5

     No Jenis asam amino Kadar (% b/ b)

    1234

    56789101112131415

    Aspartat!"tamat#erina$istidina

    !sina&'reoninaArininaA!anina&rosinaet'ionina*a!ina+eni!!atanina,so!e"sina-e"sina-sina

    6.199.1710.460.26

    5.724.255.783.052.050.256.164.103.966.200.77

    a5amdari kromato1ram *PL'

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    68/88

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    69/88

    Ikatan dalam peptida

    protein

    :

    amide linka1e

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    70/88

    5<

    Asam amino dengan bantuan enHim akanberpolimerisasi membentuk rantai Amida-

    ang biasa disebut peptida. 

    Ikatan amino ini disebut ? IKA!ANPEP!I%A

     4rotein dapat terdiri dari satu atau lebih rantai

    polipeptida dan juga dapat berasosiasidengan molekul atau ion lain

    Sebuah molekul ang terdiri dari dua buahasam amino disebut ? dipeptida! Kalau adatiga asam amino disebut ? tripeptida - dst

    %ipeptida

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    71/88

    51

    )ipeptida teradi melalui penggabungan dua molekul

    as-amino dengan melepaskan satu molekul air,'H2:(

    %ipeptida

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    72/88

     $(I4D4$I*A

    52

    aa7

    aa2aa

    6ripeptida teradi melalui penggabungan tiga

    molekul as-amino

    ikatan peptida

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    73/88

    5"

    Suatu rantai pol5peptida residu N,terminal berada sebelah kiri danresidue ',terminal disebelah kanan

    4olpeptida

    S$(UK$U( ASAM AMI#O

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    74/88

    5)

    7/ Struktur Primer  : Struktur rantai polipeptida linier ang terjadikarena ikatan peptida residu asam aminodengan residu asam amino lainna!

     Pada struktur primer dapat dianalisis ?  Urutan aa dalam suatu rantai poli peptida  Nenis aa penusun rantai  Numlah aa

      Urutan dan jenis asam amino dapat dianalisadengan metoda Sanger atau Ddman untukresidu asam amino ujung-N dan reduksidengan LiB;) untuk residu asam amino

    ujung-5)

    S$(UK$U( ASAM AMI#O*ALAM 4(O$DI#

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    75/88

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    76/88

    ". 0truktur 0ekunder 

    5

    Struktur sekunder protein distabilkan olehikatan Hidrogen

    Bila ikatan hidrogen terjadi antara atom ! 

    dr gugus amino residu asam amino-" dengan atom O dari gugus /arbonil residuasam amino-#- akan terjadi struktur

    sekunderα

    "-F ;eli

    Untuk struktur P pleated sheet- ikatanhidrogen terjadi antar rantai peptida

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    77/88

    55

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    78/88

    Struktur sekunder G$ pleated s#eet

    56

    3 0truktur /ersier ?

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    79/88

    5:

    3- 0truktur /ersier  ? 

    Struktur sekunder ang membelok dan berlipatke dalam tiga dimensi- membentuk proteinserat dan 1lobular

     

    4rotein globular myoglobin-

    dengan gugus heme

    2 0truktur 45arterner ?

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    80/88

    6<

    Hemoglobin adala# protein

    globular %ang ber+ungsi sbg alat

    transports o8%gen dalam dara#

    Hemoglobin terdiri dari subunitpol%peptida '2α, B 2 β(

    6iap subunit protein memba&a

    gugus #eme

    2. 0truktur 45arterner   ?Merupakan gabungan antara strukturstruktur

    tertier!

    Banak protein BM tinggi merupakan agregatdari beberapa sub unit! Agregat inimenebabkan terjadina struktur kwarterner

    protein! Misal pada hemoglobin;emoglobin

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    81/88

    61

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    82/88

    62

    S!"&K!&"ASA#A#IN$dalamProtein :

    PrimerSekunder!ertierkuarterner

    *i khi St kt

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    83/88

    *ierarkhi StrukturProtein0truktur rimer > berbentuk rantai asam amino

    linear sebagaimana polipeptida %ang di#asilkan

    ole# suatu translasi

    0truktur sekunder > perkembangan berupa

    pelipatan dari struktur primer akibat adan%aikatan Hidrogen antar asam amino 'tiap aa(

    0truktur tertier > bentuk tiga dimensi #asil

    pelipatan struktur sekunder karena ikatan ion,

    ikatan disul+ida antar gugus R asam amino

    0truktur kuarterner > gabungan beberapa

    polipeptida berstruktur tersier 6"

    Si9 t i9 t 3 ik ki i t i

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    84/88

    Si9atsi9at 3siko kimia protein

    6)

    Si9at 3sikokimia setiap protein tidak sama-tergantung pada jumlah dan jenis asamaminona!

    Berat molekul protein sangat besar

    Ada protein ang larut dalam air- ada pula

    ang tidak dapat larut dalam air- tetapisemua protein tidak larut dalam pelarutlemak non polar!

    Si9atsi9at 3sikokimia protein

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    85/88

    6+

    Bila dalam suatu larutan protein

    ditambahkan garam- daa larut proteinakan berkurang- akibatna protein akanterpisah sebagai endapan! 4eristiwapemisahan protein ini disebut salting out !

    Apabila protein dipanaskan atauditambahkan alkohol maka protein

    akan menggumpal!

    4rotein dapat bereaksi dengan

     asam dan basa

    #akanan sumber

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    86/88

    #akanan sumberprotein

    6

    Makanan ang

    mengandungprotein?

     *aging- ikan- telur)5G

    0ereals 1:GSaur dan buah

    buahan 5G *air produ/ts

    21G $umbuhan

    polong2an +!)G

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    87/88

  • 8/19/2019 1. Protein & Asam Amino

    88/88

    What

    do we

    do now??