Post on 04-Jan-2016
description
Wprowadzenie do użytkowania infrstruktury PLGrid. Usługi QCG dla gridu dziedzinowego: chemia kwantowa i fizyka molekularnaczyli
PLGrid Plus i Chemia kwantowaprof. Jacek Komasa (UAM)
dr Krzysztof Kurowski (PCSS)Piotr Kopta (PCSS)
Tomasz Piontek (PCSS)Mariusz Mamoński (PCSS)
Poznań, 31 listopada 2012 r.
Agenda
1. PLGrid Plus i gridy dziedzinowe2. Dostęp do infrastruktury3. Zlecanie zadań4. Granty
Konsorcjum
Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie
Poznańskie Centrum SuperkomputerowoSieciowe w Poznaniu
Interdyscyplinarne Centrum ModelowaniaMatematycznego i Komputerowego w Warszawie
Wrocławskie CentrumSieciowo - Superkomputerowe we Wrocławiu
Akademickie Centrum Komputerowe CYFRONET AGH w Krakowie
Gridy dziedzinowe
• Przygotowanie specyficznych środowisk i usług dostosowanych do potrzeb różnych grup naukowców (początkowo 13 grup użytkowników: AstroGrid, HEPGrid, Nanotechnologie, Akustyka, LifeScience, Chemia kwantowa i fizyka molekularna, Ekologia, SynchroGrid, Energetyka, Bioinformatyka, Zdrowie, Materiały, Metalurgia).
• Stworzenie platformy do współpracy i wymiany doświadczeń pomiędzy grupami naukowców pracującymi nad podobnymi zagadnieniami
• Umożliwienie przeprowadzenia eksperymentów obliczeniowych, jakie z powodu swojej złożoności i czasochłonności nie były możliwe do wykonania z wykorzystaniem mniejszej ilości zasobów
Chemia kwantowa i fizyka molekularna
• Udostępnienie zintegrowanego środowiska uruchamiania skomplikowanych, wieloetapowych eksperymentów obliczeniowych na platformie gridowej (w Infrastrukturze PL-Grid)
• Utworzenie platformy do efektywnego modelowania komputerowego własności mechanicznych i termomechanicznych materii na różnych poziomach złożoności struktury i dla różnych skal przestrzennych i czasowych
• Migracja użytkowników do nowoczesnych pakietów oprogramowania• Wsparcie dla grup tworzących oprogramowanie• Zaangażowane instytucje:
– Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, – Poznańskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe, – Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego
Koszt dostępu
• Dostęp do infrastruktury gridowej oferowanej w ramach projektu PL-Grid jest nieodpłatny dla naukowców i wszystkich osób prowadzących działalność naukową, związaną z uczelnią lub instytutem naukowym w Polsce.
Zasoby
6.5
TB
99
5.7
5 T
B4
08
03
4.4
T
Flo
ps
9.7
TB
35
7 T
B4
84
85
1
TF
lop
s
13
.95
TB
12
65
TB
41
52
41
.34
T
Flo
ps
13
.5 T
B9
80
TB
74
64
73
.5
TF
lop
s7.68 TB 30721.02 TB 29.92 TFlops
51.33 TB ram 23616 rdzenie3.6 PB dyski 230.16 TFlops peak
Aplikacjehttp://www.plgrid.pl/oferta/oprogramowanie_naukowe
Od czego zacząćregulamin użytkownika
• Użytkownikiem infrastruktury PL-Grid może być każda osoba prowadząca badania naukowe, związana z jednostką naukową w rozumieniu ustawy z dnia 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki.
• Z konta dostępowego do infrastruktury ma prawo korzystać wyłącznie właściciel tego konta. Zabronione jest udostępnianie konta osobom trzecim.
• Użytkownik jest uprawniony do korzystania z zasobów infrastruktury PL-Grid jedynie w celu wykonywania obliczeń oraz przechowywania danych zgodnie z zadeklarowanym tematem badań.
• Zabrania się wykorzystywania zasobów niezgodnie z prawem oraz wszelkich działań umyślnych, które mogą zakłócić poprawne funkcjonowanie infrastruktury.
• Użytkownik jest zobligowany do załączenia informacji o wykorzystaniu infrastruktury PL-Grid w publikacjach, które powstały w oparciu o wyniki uzyskane przy użyciu tej infrastruktury.
• Użytkownik ma obowiązek raportowania wszystkich takich publikacji poprzez funkcjonalność udostępnianą w Portalu Operacyjnym, w celu rozliczenia grantu, nie rzadziej niż co rok. Brak wypełnienia obowiązku rozliczenia użycia zasobów może spowodować zawieszenie usług.
Od czego zacząć –zasady funkcjonowania
• Aby zostać użytkownikiem infrastruktury PL-Grid należy dokonać rejestracji w portalu PL-Grid. W trakcie procesu rejestracji wymagana jest akceptacja regulaminu używania infrastruktury oraz określenie dziedziny i tematyki badań. W wyniku rejestracji nadawany jest użytkownikowi identyfikator PL-Grid, który jednoznacznie identyfikuje użytkownika w infrastrukturze.
• W procesie rejestracji użytkownika dane weryfikowane są przez operatora Centrum Operacyjnego PL-Grid z wykorzystaniem bazy danych: "Ludzie nauki" dostarczanej przez Ośrodek Przetwarzania Informacji (zwanej dalej bazą OPI). Użytkownik musi potwierdzić wprowadzone dane poprzez odpowiedź na e-mail wysłany przez operatora na adres zarejestrowany w bazie OPI.
• Osoby niezarejestrowane w OPI (doktoranci, studenci) lub osoby, których dane w bazie OPI są niekompletne bądź nieaktualne, zobowiązane są wskazać opiekuna naukowego, którego dane w OPI są aktualne i który spełnia warunki określone dla użytkownika infrastruktury PL-Grid. Opiekun naukowy potwierdza autentyczność danych osobowych i związek z działalnością naukową wykonywaną za jego wiedzą.
• Opiekun naukowy nie jest prawnie odpowiedzialny za niezgodne z prawem działania potwierdzonego przez niego użytkownika. Potwierdzenie użytkownika przez opiekuna naukowego jest traktowane jako potwierdzenie tożsamości użytkownika i jego udziału w pracach naukowych.
Dostęp do infrastrukturyPortal
• Umożliwia założenie konta bądź zalogowanie się do niego
• Sprawdzenie zużycia zasobów
• Aplikowanie o dostęp do zasobów
• Składanie wniosków o grant
https://portal.plgrid.pl
Dostęp do infrastrukturyZakładanie konta
• Wymagane informacje:• dane osobowe (imię, nazwisko, pesel, login, email,
numer telefonu, hasło)• numer z bazy OPI (swój lub opiekuna naukowego) http://nauka-polska.pl/dhtml/raportyWyszukiwanie/
wyszukiwanieLudzieNauki.fs
• Cała procedura dokładnie opisana w Podręczniku użytkownika
http://plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
Generowanie certyfikatów
• Certyfikat poświadcza tożsamość użytkownika• Simple CA vs Polish Grid CA• Potrzebny przy zlecaniu zadań i dostępie do
infrastruktury obliczeniowej• Generowanie w portalu (przycisk wygeneruj
certyfikat SimpleCA w zakładce Moje konto, w ramce Certyfikaty SimpleCA)
Aplikowanie o dostępdo zasobów
• Ramka Usługi w zakładce Moje Konto
• Umożliwia włączenie/wyłączenie dostępu lub uzyskanie informacji o usługach oferowanych w projekcie PLGrid
• Do zlecania zadań w przez nas prezentowany sposób należy aplikować o usługę Globalny dostęp QosCosGrid
• Czas propagowania się informacji na wszystkie systemy
Zlecanie zadańInfrastruktura QCG
• Zestaw narzędzi do zarządzania zasobami i zadaniami uruchomionymi na wielu klastrach dostęp do lokalnych systemów klastrowych
• Wspiera m. in. obsługę zadań wielo-klastrowych, parametrycznych, typu workflow.
• Zainstalowany na wszystkich maszynach infrastruktury PL-Grid
• Zawiera zarówno tekstowe, graficzne, jak i portalowe narzędzia dostępowe.
http://www.qoscosgrid.org
Zlecanie zadańQCG-Icon
• Aplikacja graficzna napisana dla systemów Windows, Linux oraz Mac OS.
• Umożliwia zlecanie zadań w bardzo prosty i intuicyjny dla użytkownika sposób.
• Aktualnie obsługuje aplikacje: Matlab, Mathematica, Gamess, LAMMPS, Molpro, Ansys-Fluent, NAMD, Gaussian-09, Ansys-CFX, a także skrypty w językach Bash oraz R.
• Istnieje możliwość dodania innych aplikacji używanych przez użytkowników.
• Pozwala na dostęp do plików wyjściowych w trakcie działania aplikacji.
• Wymaga od użytkownika posiadania certyfikatu PL-Grid.
Zlecanie zadańQCG-Icon
http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/
Zlecanie zadańGaussView via QCG-Icon
• Dostępny jest skrypt instalacyjny która pozwala zlecić zadanie bezpośrednio z poziomu aplikacji GaussView (wersja 5).
• Cały mechanizm uruchomienia zadania jest przeźroczysty dla użytkownika.
http://www.qoscosgrid.org/trac/qcg-icon/downloads
Zlecanie zadańKlient tekstowy
• Umożliwia większą kontrolę nad zleceniem zadania, transferem plików we/wy, wykorzystaniem modułów oraz ustawień środowiska.
• Obsługa zbliżona do poleceń systemu kolejkowego.• Możliwość uruchomienia dowolnego kodu, oraz poleceń
systemu operacyjnego.• Umożliwia zautomatyzowanie zlecenia większej ilości zadań
(np. zadania parametryczne)
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Granty
• Każdemu użytkownikowi przysłguje odnawialny grant osobisty (1000 „rdzenio –godzin” obliczeń, 40 GB) udzielany na 6 miesięcy
• Większa ilość zasobów może być wykorzystywana przez uzyskanie grantu właściwego
• Aktywację grantu osobistego dokonuje się przyciskiem Stwórz grant podstawowy w panelu Granty użytkownika w zakładce Zespoły i granty
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Zespół użytkowników
• Zespół użytkowników umożliwia wspólne obliczenia w ramach grantu właściwego oraz współdzielenie pamięci dyskowej na klastrze
• Każdy zespół musi mieć co najmniej jednego kierownika• Grant właściwy jest przypisywany do zespołu użytkowników
i wnioskować o niego może jeden z kierowników• Zakładanie i zarządzanie zespołami dokonuje się w panelu
Zarządzanie zespołami w zakładce Zespoły i granty
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Grant właściwy
• Aplikowanie o grant właściwy odbywa się poprzez zdefiniowanie:– szkicu– opisu merytorycznego– wymagań zasobowych
• Po zdefiniowaniu szkicu i opisu merytorycznego można wysłać grant do recenzji
• Wymagania zasobowe grantu definiowane są w systemie Bazaar
Dokładny opis w podręczniku użytkownika
Ankieta
• Ankieta w wersji elektronicznej dla użytkowników projektu PlGrid Plus
• Dzięki niej możemy lepiej dostosować system do oczekiwań użytkowników
http://plgrid.pl/ankieta
Gdzie znaleźć informacje
• PLGrid PlusStrona główna http://plgrid.pl/plus Portal https://portal.plgrid.plPodręczniki http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
• QCGStrona główna http://www.qoscosgrid.org/ Klient tekstowy http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika QCG-Icon http://www.plgrid.pl/podrecznik_uzytkownika
Osoby kontaktowe
• Kierownik gridu dziedzinowego chemii kwantowej i fizyki molekularnej
Prof. Jacek Komasa komasa@man.poznan.pl• Pracownicy PCSSPiotr Kopta pkopta@man.poznan.plMariusz Mamoński mamonski@man.poznan.plTomasz Piontek piontek@man.poznan.pl