Post on 27-Feb-2019
Instytut Biologii Molekularnej
i Biotechnologii dr hab. Piotr Ziółkowski
Przegląd prac dyplomowych
w Zakładach Instytutu Biologii Molekularnej i
Biotechnologii
www.ibmib.amu.edu.pl
Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii IBMiB
Finansowanie badań
BIOLOGIA
MOLEKULARNA BIOTECHNOLOGIA BIOCHEMIA BIOINFORMATYKA
Z. Biochemii
Z. Bioenergetyki
Z. Genetyki Mol. Człowieka
Z. Biologii Obliczeniowej
Z. Ekspresji Genów
Z. Biochemii
Z. Biotechnologii
Z. Biologii Genomu
Z. Ekspresji Genów
Z. Biologii Mol. i Komórk.
Z. Genetyki Mol. Człowieka
Z. Biotechnologii
Z. Biologii Genomu
Z. Eskpresji Genów
http://www.molcell.amu.edu.pl
Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej
Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek
http://www.molcell.amu.edu.pl
Skład osobowy:
dr hab. Krzysztof Leśniewicz
dr hab. Michał Rurek
dr Anna Kasprowicz-Maluśki
dr Tomasz Skrzypczak
Lokalizacja
Pokoje: 1.105-1.107
Kontakt
tel. 61 829 5968
przemow@amu.edu.pl
Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Przemysław
Wojtaszek
http://www.molcell.amu.edu.pl
Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej Tematyka badań: słowa kluczowe
http://www.molcell.amu.edu.pl
Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej Przykładowe tematy prac dyplomowych
Udział kompleksu gamma-sekretazy w regulacji endocytozy
zwierzęcych receptorów błonowych
Lokalizacja tkankowa wybranych roślinnych nukleaz S1/P1
Transformacja genetyczna organelli- osiągnięcia i perspektywy
http://dhmg.amu.edu.pl/
Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka
Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Hans Bluijssen
Skład osobowy:
Prof. dr hab. Joanna Wesoły
dr Katarzyna Kluzek
dr Adrian Paul Silesian
Lokalizacja
Pokoje: 1.116-1.118
Kontakt
tel. 61 829 5832
johannes.bluijssen@am
u.edu.pl
Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Hans Bluijssen
http://dhmg.amu.edu.pl/
http://dhmg.amu.edu.pl
Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka
Tematyka badań: słowa kluczowe
http://dhmg.amu.edu.pl/
Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka
Podstawy genetyczne pierwotnego nadciśnienia tętniczego
Ekspresja genów STAT i SOCS u pacjentów z pierwotnym
nadciśnieniem tętniczym
Mutacje w guzach jasnokomórkowego raka nerki
Przykładowe tematy pracy dyplomowych
http://ibmib.amu.edu.pl/index.php/pl/bioenerg-
start
Zakład Bioenergetyki
Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Wiesława
Jarmuszkiewicz
Skład osobowy:
prof. dr hab. Hanna Kmita
dr Nina Antos-Krzemińska
dr Andonis Karachitos
dr Małgorzata Wojtkowska
dr Andrzej Woyda-Płoszczyca
Lokalizacja
Pokoje: 1.73-1.96
Kontakt
tel. 61 829-5881
wiesiaj@amu.edu.pl
Zakład Bioenergetyki Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Wiesława Jarmuszkiewicz
Zakład Bioenergetyki Tematyka badań: słowa kluczowe
Zakład Bioenergetyki
Rola mitochondriów w procesie tanatozy
Konstrukcja kontroli metabolicznej dla komórek
drożdżowego modelu choroby Huntingtona
Elementy różnicujące funkcjonowanie komórek drożdżowego
modelu choroby Huntingtona z ekspresją izoform ludzkiego białka
VDAC
Przykładowe tematy prac dyplomowych
http://biochem.amu.edu.pl/
Zakład Biochemii
Kierownik Zakładu: dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM
Skład osobowy:
dr Joanna Wojtera
dr Zuzanna Wróblewska
Lokalizacja
Pokoje: 1.119-1.121
Kontakt
tel. 61 829 5907
mol@amu.edu.pl
Zakład Biochemii Kierownik Zakładu: dr hab. Mikołaj Olejniczak
http://www.biochem.amu.edu.pl
Zakład Biochemii Tematyka badań: słowa kluczowe
http://www.biochem.amu.edu.pl
Zakład Biochemii
Struktura niekodujących RNA oraz ich oddziaływania z
regulowanymi mRNA u E.coli
Regulacja translacji białek błonowych przez niekodujące
RNA bakterii
Klonowanie, nadekspresja i oczyszczanie bakteryjnych białek
opiekuńczych oraz ich mutantów
Przykładowe tematy prac dyplomowych
http://ibmib.amu.edu.pl/index.php/pl/biotech-
start
Zakład Biotechnologii
Kierownik Zakładu: dr hab. Agnieszka Ludwików, prof.
UAM
Lokalizacja
Pokoje: 1.90 i 1.101
Kontakt
tel. 61829-5964
ludwika@amu.edu.pl
Kierownik Zakładu: dr hab. Agnieszka Ludwików, prof. UAM
Zakład Biotechnologii
kinazy-MAP kinazy-MAP kinazy-MAP system-
dwuhybrydowy kaskady-sygnałowe kaskady-sygnałowe
kaskady-sygnałowe kaskady-sygnałowe kaskady-
sygnałowe pull-down pull-down pull-down PP2C PP2C
PP2C interackcje-białko-białko fosfatazy-białkowe
fosfatazy-białkowe transkrypcja chromatografia-gazowa
chromatografia-gazowa chromatografia-gazowa
tolerancja-na-stres MAPKKK18 proteasom proteasom
proteasom inhibitory-fosfataz inhibitory-fosfataz
degradacja-białek degradacja-białek degradacja-białek
http://ibmib.amu.edu.pl
Skład osobowy:
Prof. Jan Sadowski
dr Agata Cieśla
dr Arleta Małecka
Tematyka badań: słowa kluczowe
Zakład Biotechnologii
http://ibmib.amu.edu.pl
Mechanizmy degradacji kinazy kaskady MAP- MAPKKK18
przez proteasom 26S
Rola modyfikacji potranslacyjnych w regulacji stabilności
białek
Charakterystyka procesu formowania łańcuchów
poliubikwitynowych
http://ibmib.amu.edu.pl
Przykładowe tematy prac dyplomowych
Zakład Biotechnologii
http://dgb.home.amu.edu.pl
Zakład Biologii Genomu
Kierownik Zakładu: dr hab. Piotr Ziółkowski
Kierownik Laboratorium: dr hab. Piotr Ziółkowski
Kontakt
tel. 61829-5966
pzio@amu.edu.pl
Lokalizacja
Pokoje: 1.92 i 1.99
Zakład Biologii Genomu
http://dgb.home.amu.edu.pl
Skład osobowy:
dr Tomasz Bieluszewski
dr Anna Bieluszewska
dr Małgorzata Jakubowicz
dr Aneta Piechalak
Zakład Biologii Genomu
MMR MMR QTL QTL QTL CRISPR/Cas9 CRISPR/Cas9
CRISPR/Cas9 CRISPR/Cas9 CRISPR/Cas9 ChIPseq
ChIPseq ChIPseq ChIPseq SPO11 SPO11 acetylacja-
histonów acetylacja-histonów NuA4 NuA4 HEI10 HEI10
NuA4 NuA4 ekspresja-genów ekspresja-genów
chromatyna chromatyna chromatyna rekombinacja
rekombinacja rekombinacja rekombinacja rekombinacja
RNAseq RNAseq RNAseq crossing-over crossing-over
crossing-over crossing-over SPO11 SPO11 SUMO
ubikwitylacja Arabidopsis Arabidopsis H2A.Z H2A.Z
H2A.Z H2A.Z histony epigenetyka epigenetyka mejoza
naprawa-DNA warianty-histonowe
http://dgb.home.amu.edu.pl
Tematyka badań: słowa kluczowe
Edycja genomu przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 do
pozyskania mutantów w genach związanych z rekombinacją
mejotyczną
Mapowanie czynników kontrolujących częstość
rekombinacji mejotycznej u Arabidopsis thaliana
Antyrekombinacyjna funkcja genów systemu MMR (mismatch
repair)
Przykładowe tematy prac dyplomowych
Zakład Biologii Genomu
http://dgb.home.amu.edu.pl
Zakład Ekspresji Genów Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Zofia Szweykowska-Kulińska
Skład osobowy:
prof. dr hab. Artur Jarmołowski
dr hab. Andrzej Pacak
dr hab. Dorota Raczyńska
dr Katarzyna Kruszka
dr Izabela Sierocka
dr Aleksandra Świda-Barteczka
dr Dawid Bielewicz
dr Michał Taube
dr Jakub Dolata
Lokalizacja
Pokoje: 1.109-1.113
Kontakt
tel. 61 829 5953
zofszwey@amu.edu.pl
Laboratorium Ekspresji Genów Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Zofia Szweykowska-
Kulińska
http://zeg.amu.edu.pl/
http://zeg.amu.edu.pl
Laboratorium Ekspresji Genów Tematyka badań: słowa kluczowe
Zakład Ekspresji Genów
Rola splicingu w regulacji poziomu mikroRNA
znajdujących się w egzonach i intronach
Oddziaływaniami wiążących RNA w regulacji
biogenezy mikroRNA
Badania nad mechanizmem regulującym alternatywny
splicing
http://zeg.amu.edu.pl
Przykładowe tematy prac dyplomowych
Skład osobowy:
dr Ewa Stępniak-Konieczna
dr Agnieszka Piasecka
dr Patryk Konieczny
dr Katarzyna Taylor
Lokalizacja
Pokoje: 1.109-1.113
Kontakt
tel. 61 829 5958
ksobczak@amu.edu.p
l
Kierownik Laboratorium: dr hab. Krzysztof Sobczak, prof.
UAM
Laboratorium Terapii Genowej
Laboratorium Terapii Genowej
Nasze badania koncentrują się głównie na biologii i patologii rozmaitych cząsteczek RNA. Poznajemy
molekularny patomechanizm chorób genetycznych człowieka spowodowanych ekspansją powtórzeń
trójnukleotydowych, w których dochodzi do patogennego oddziaływania zmutowanych RNA z białkami. Są
nimi dystrofia miotoniczna (DM) oraz zespół drżenia i ataksji związany z łamliwym chromosomem X
(FXTAS). Głównymi celami naszych badań są charakterystyka białek oddziałujących z toksycznymi
cząsteczkami RNA w DM i FXTAS oraz opracowanie efektywnych strategii terapeutycznych nacelowanych
na RNA zawierający ekspansję powtórzeń trójnukleotydowych z zastosowaniem narzędzi interferencji RNA,
oligonukleotydów anstysensowych oraz związków niskocząsteczkowych.
Tematyka badań: słowa kluczowe
Kontakt
tel. 61 829 5855
wrobel@evosys.org
Laboratorium Systemów Ewolucyjnych Kierownik Laboratorium: prof. dr hab. Borys
Wróbel
http://www.evosys.org/pl/
Kontakt
tel. 61 829 5855
Laboratorium Systemów Ewolucyjnych
http://www.evosys.org/pl/
Wykorzystanie sztucznych sieci genowych w
robotyce ewolucyjnej
Wykorzystanie analizy czynności elektrycznej
mięśni w rehabilitacji
Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę
czynności elektrycznej mięśni
Przykładowe tematy prac dyplomowych
Lokalizacja
Pokoje: 1.124 & 1.126
Kontakt
tel. 61 829 5839
janbre@amu.edu.pl
Kierownik Laboratorium: dr Jan Brezovský, prof. UAM
Laboratorium Biomolekularnych Interakcji i Transportu
http://labbit.eu/
The main research topic of the laboratory is focused on solving fundamental questions about mechanisms
involved in a ligand transport through proteins, and implications of such processes for the function of the
living cell. To obtain a more comprehensive picture, we also investigate the protein-ligands interactions at
the functional sites as well as intra- and inter-protein interactions. To make achieving these goals more
effective, we develop new computational protocols and tools and apply them to the analysis of biomedically
and biotechnologically relevant proteins.
Tematyka badań: słowa kluczowe
Laboratorium Biomolekularnych Interakcji i Transportu
http://labbit.eu/
Identification of bioactive small molecules of
biomedically important proteins
Computational protein engineering towards
improved enzymes for biotechnologies
Study of molecular mechanisms of mutations in
biologically relevant enzymes underlying disease
development
Przykładowe tematy prac dyplomowych
Laboratorium Biomolekularnych Interakcji i Transportu
http://labbit.eu/
Kontakt
tel. 22 597 0750
iamb@genesilico.pl
Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej Kierownik Laboratorium: prof. dr hab. Janusz Bujnicki
http://bid.amu.edu.pl/
Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej
http://bid.amu.edu.pl/
Tematyka badań: słowa kluczowe
Rozbudowa narzędzi bioinformatycznych do wizualizacji
modelowania struktur kompleksów makromolekularnych
Rozwój i zastosowanie metod komputerowego modelowania
struktur kompleksów białek i kwasów nukleinowych
Przykładowe tematy prac dyplomowych
Kontakt
tel. 22 597 0750
iamb@genesilico.pl http://bid.amu.edu.pl/
Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej
ZAKŁAD BIOLOGII OBLICZENIOWEJ
www.combio.pl
kierownik zakładu:
prof. dr hab. Wojciech Karłowski
www.facebook.com/bioinformatyka/
D R M A R E K Z Y W I C K I D R M A C I E J S Z Y MA N S K I D R A N D R Z EJ Z I E L EZ I NS K I
A G N I E S Z K A T H O M PS O N M A R I AN N A P L U C I N S K A M E D HA T H E L M Y A G N I E S Z K A R A S I N S K A
Doktoranci
P R O F . D R H A B . W O J C I EC H K A R Ł O W S K I
Pracownicy
www.combio.pl www.facebook.com/bioinformatyka/
#06
PRZYKŁADOWE TEMATY PRAC DYPLOMOWYCH:
Wykorzystanie technologii nowej generacji do analizy transkryptomów
Identyfikacja genów uzyskanych na drodze Horyzontalnego Transferu
Biologia strukturalna cząsteczek RNA
Nowoczesne metody porównywania sekwencji
www.combio.pl www.facebook.com/bioinformatyka/
BIOINFORMATYKA
RNA-SEQ ANALIZA SEKWENCJI
GENY SIEROCE
HORYZONTALNY TRANSFER GENÓW
NGS BAZY DANYCH
APLIKACJE INTERNETOWE
GENOMIKA
EWOLUCJA GENÓW
SEKWENCJONOWANIE
STRUKTURA RNA
tRNA
DOMENY BIAŁKOWE
www.combio.pl www.facebook.com/bioinformatyka/
PREZENTACJE ZNAJDZIESZ: http://www.ibmib.amu.edu.pl